按照拿破侖的命令，杜高師沿尼羅河的兩麵支流溯河而上，保護由船隻運送的輜重、彈藥和文職人員；佩裏上校的炮艦負責護航。拿破侖自己則率德塞、雷尼埃、邦和維埃的4個師抄近路，走沙漠，向尼羅河上的拉曼尼亞進軍。
這段沙漠雖隻有52英裏，但法軍是在最炎熱的7月進軍的，沙漠裏沒有水；法軍又連水壺都沒帶，結果部隊幹渴難熬，一路上還要謹防阿拉伯人的襲擊，跟不上隊的掉隊者會遭到貝督因人的淩辱和肢解。部隊因而不敢歇息，一氣走到了尼羅河邊，在那裏又暴食西瓜，許多士兵都腹瀉了，部隊士氣都很低落。
盡管部隊進軍未得到好休息，拿破侖還是命令繼續向前進軍，他想趁馬穆魯克驚魂未定時打個措手不及。在拉馬尼亞，杜高師與拿破侖的沙漠縱隊彙合了。拿破侖率領5個師的兵力來到舒卜拉基特，在這裏他連夜創造性地布置了一個大方陣，等待著馬穆魯克的騎兵來衝鋒。因為此前他已獲悉馬穆魯克的前衛已抵達這裏。
7月13日上午，馬穆魯克的12萬名騎兵果然出現了。這些騎兵策馬到法軍的方陣試探一陣後，即發起了猛烈的衝鋒。法軍用滑膛槍和霰彈迎頭痛擊，這一萬多騎兵反複衝殺，卻始終未能破法軍方陣。在法軍的左翼，由佩裏指揮的炮艦和駁船這時也遇到了麻煩，馬穆魯克的大艘炮艦咬住了他，幸虧佩裏炮艦上發射的一發炮彈命中了馬穆魯克旗艦的彈藥艙，艦上的人全被炸死，其餘的炮艦才慌忙撤走。
在舒卜拉基特的會戰中，拿破侖運用步兵方陣取得勝利。這種方陣對付騎兵進攻十分有效。此後過了10天，拿破侖又用同樣的方陣在因巴拜擊敗了馬穆魯克的騎兵。因巴拜已距開羅不遠，此地遠遠望去，金字塔又赫然聳現。馬穆魯克其時尚有17萬部隊守著因巴拜，但拿破侖的兵力有25萬人，經過2個小時遊戰後，損失了七八百人的馬穆魯克，不得不棄陣而逃了，法軍乘勝進占了開羅。
拿破侖在陸地上的進軍取得了勝利，但他在海上的艦隊不久卻遭到了大厄運。
原來，他留在亞曆山大的艦隊是由布律埃斯將軍指揮的，但拿破侖走時未對其下一步行動路線作明確指示。布律埃斯把他的13艘艦隊和4艘快速炮帆船停泊在阿布基爾灣，艦隊一字擺開，距海岸約一英裏半。到8月1月下午，英軍納爾遜的14艘戰艦突然駛進阿布基爾灣，雙方艦隊不期而遇，於是一場激烈的海戰發生了。戰鬥中，法艦兩側都受到近距離炮火的掃射。布律埃斯雖然指揮士兵進行了英勇的抗擊，但最後都被擊敗，法軍旗艦“東方號”起火爆炸，布律埃斯將軍當晚戰死。整個法軍艦隊，僅剩下了亞曆山大港的兩艘快速炮帆船和幾艘傳遞公文的船隻。
阿布基爾的海戰發生後，拿破侖征服埃及的形勢就不太妙了。盡管他曾擊敗過馬穆魯克，但並沒有消滅他們。到了9月2日，即離此次海戰一月後，土耳其也向法國正式宣戰。
拿破侖在新近獲悉敘利亞的土耳其總督傑查正在阿克附近集結一支土耳其軍隊準備入侵埃及的消息後，決定先發製人。他計劃進軍阿克，擊敗傑查，然後率領新召募的5萬大軍，逼蘇丹言和，進而協助他進軍印度。11月19日，拿破侖向傑查下了最後通牒：“如果你繼續在埃及邊界為易卜拉欣提供避難所，我將視之為戰爭行為並將向阿克進軍。”
沒有得到對方答複，拿破侖便照計劃開始入侵了。他組織了由4個師彙集的遠征隊，自己親自帶兵出征。1799年2月10日，拿破侖從開羅出發。17日到達阿裏什。此時雷尼埃師和克萊貝爾師久攻土耳其的要塞未克。拿破侖在出發時曾將所有的攻城重炮裝船海運，準備在阿克卸載供他使用。此時沒有重炮，他便集中所有野戰炮對敵要塞猛轟。土耳其守軍終於動搖投降，900名士兵當了戰俘。法軍乘勝前進。24日，未遇抵抗便進入加沙；3月3日，法軍來到雅法城下，受到守軍的頑強抵抗，3月7日，法軍在城牆炸開缺口，攻陷了此城。法軍入城後大肆奸淫擄掠。拿破侖在此還下令屠殺了二千多名戰俘，成了他的生平及其人格上的一個汙點。
3月17日，拿破侖率兵到達海法並在卡梅爾山設立了司令部。由此向北望去，隔海就是傑查的老巢阿克要塞。這座要塞以前是一個古堡，它三麵環海，地理位置十分重要。駐守要塞的守將是一個土耳其人，他有250門炮，此外還有英軍史密斯準將率領的2艘戰列艦和12艘炮艦的支持。在史密斯的炮艦上，還有一位英軍上校菲利波，以前他曾是法國炮兵軍官，並與拿破侖在巴黎時是同班同學，但兩人一向關係並不和睦。
當拿破侖到達卡梅爾山的時候，運載其攻城炮的船隻也到了阿克港外，不幸這些運載船由於霧大，正好落入英國海軍艦隊的懷抱。因此拿破侖攻城時不僅沒用上這些重炮，反而倒遭了這些重炮的轟擊，但拿破侖並不氣餒，經過十餘天的布置，3月28日，開始了第一次強攻，此次沒有成功。4月1日又一次實施進攻，結果也傷亡慘重沒有成功。此時，史密斯又派3800名陸戰隊員增援土耳其守軍，法軍一時難以攻克。在圍城戰的最後一周，那位菲利波上校卻由於瘟疫而病死了。在拿破侖久攻不克時，大馬士革的帕夏又派出了一支土耳其大軍從後方攻擊圍城的法軍，克萊貝爾率領的一個2000人支隊在阿東南厄斯德累伊倫平原的塔波爾山遭到了攻擊。經過了長達10小時的英勇抗擊，法軍眼看支撐不住了，千鈞一發之際，拿破侖親率邦師趕到，及時擊退了這股土耳其人。當晚，拿破侖在一個修道院過夜，後來的5周，拿破侖不顧傷亡，仍然組織部隊向要塞強攻，結果都沒成功，而且總工程師加法雷利將軍也戰死了。眼看無法攻克，傷亡又越來越增大，拿破侖隻得放棄了攻城計劃。
接著，法軍開始撤退。5月24日，法軍到達雅法。6月14日回到開羅。一星期後，他命令海軍將軍岡托姆在亞曆山大港準備兩艘快速炮帆船準備出港。
7月14日，拿破侖獲得情報，一支土耳其艦隊已抵亞曆山大港並準備登陸。他立即率一個縱隊沿尼羅河而下至拉曼尼亞，在此才獲悉，由史密斯海軍中隊護送的土耳其運兵船隊已在阿布基爾灣登陸38萬人，並俘虜了據守該要塞的法軍。這支土耳其部隊此時尚集結在灘頭掘豪自守。拿破侖立刻集結了一萬餘人，於7月25日拂曉向土軍發起進攻。繆拉準將率一個騎兵旅衝破了士軍防線，他還親手砍傷並俘虜了土軍司令。無路可走的大軍被攆進大海，有數千人戰死或被淹死。
此戰結束之後，拿破侖從一份報紙中獲悉，法國國內局勢正急轉直下，法軍在意大利和德國分別被奧軍和俄軍擊敗。法國民眾驚惶不安，“祖國處於危險之中！”拿破侖立刻想到了一個好借口。於是決定返回法國。他聲稱要赴埃及視察，於18日悄悄離開了開羅，走時帶了一批精選的人才。22日來到亞曆山大港，當晚即登上早已備好的快速炮帆船。淩晨，這艘炮艦駛至港口。走前，他給克萊貝爾留了一封信，命令他暫時代理東方軍團司令。