隨後，拿破侖愉快的心情被一種不安所取代，壞消息接連傳來：戰鬥非常殘酷，法軍幾乎一個團隊接一個團隊地被消滅，他的好多軍官死在戰場上，盡管最終占領了博羅迪諾，但兵力損失極大。普洛鬆將軍戰死，孔潘將軍受傷，達武元帥被震得失去了知覺，內伊元帥兩度占領巴格拉季昂的那些鈍角堡，又兩度失去它們，最後，繆拉奪回了鈍角堡，但損失慘重。
法軍需要有一個橫貫戰場的開闊地帶展開騎兵運動，但是內伊和繆拉把他們的全部兵力都調來，還是不能打開局麵。他們向拿破侖請求增援，並保證說，隻要奪過巴格拉季昂手中的一塊陣地，就能贏得這次戰役的勝利。拿破侖派了一個師去增援，他拒絕派更多的部隊，他認為他們判斷失誤，俄軍看上去要退出戰場，而實際上並沒有退出戰場，如果把主要的後備力量投入進去，就會在關鍵時刻到來之前把兵力消耗掉。
白天的時候，法軍莫南將軍以猛烈的炮火攻下了位於博羅迪諾和謝苦諾夫之問的拉耶夫斯基的俄炮兵陣地，但是俄軍又以白刃戰奪回了陣地。與此同時，巴格拉季昂也以慘重的代價從內伊和繆拉手中奪回了三個鈍角堡。在接下來的幾小時之內，鈍角堡又幾度易手。士兵們不隻一次地進行肉搏，700門大炮一起轟炸，其中，法軍有400門，俄軍有300門。抱成一團的士兵們往往一起被不知來自何方的炸彈炸死。
這一天，俄軍和法軍戰士都特別英勇，壯烈的場麵使巴格拉季昂感到快意，但是他中了一顆流彈，受了致命傷，俄軍花了好大的勁才把他抬出博羅迪諾戰場。拿破侖這時承認他是俄軍中最優秀的將軍。
中午，拿破侖的情緒徹底地變了。內伊和繆拉還在堅決地、不斷地向他請求增援，但是他不能派出僅剩下的近衛部隊，他不能讓近衛部隊在離法國幾千公裏的地方冒險，另外還有一個原因使他不能這樣做：俄國騎兵和哥薩克突然襲擊法軍的側翼，近衛部隊正忙於應付，無法脫身，後來總算把他們擊潰了，如果把近衛部隊調走，法軍的縱深地帶就無法保障了。下午3點鍾，拿破侖命令重新進攻拉耶夫斯基的俄炮兵陣地，到晚上，拉耶夫斯基的軍團幾乎全被消滅。多麵堡被法軍在反複猛攻下占領了。俄軍在晚上撤出了謝苦諾夫村，這時，拿破侖的心情更加抑鬱，一句話也不說。
天黑下來了，將近300門法軍大炮開始向緩慢撤退的俄軍射擊。但是這並未產生預期的效果，士兵們倒下去了，卻沒有逃散。俄軍的一半在9月7日這一天被消滅了，但在博羅迪諾勝利了的卻是俄軍。
晚上，在戰鬥以後，拿破侖得到報告說，他的47位將軍和幾萬名士兵，有的被打死，有的受了傷。他以為庫圖佐夫在莫斯科的城堡底下會進行新的戰鬥，但是這一次庫圖佐夫堅持了自己的意見，他要拯救另一半俄軍，在博羅迪諾戰役結束兩天之後，俄軍在費尼亞舉行了軍事會議，決定不戰而放棄莫斯科。
9月15日拿破侖進入克裏姆林宮。在深夜，莫斯科燃起了大火。從9月16日清晨起。火勢更厲害了。從16日夜晚到17日，刮了一晝夜大風，克裏姆林宮附近的中心地帶、莫斯科河南岸一帶成了汪洋火海。克裏姆林宮的一部分已經燒起來了，有些大門已經不能通過。元帥們開始堅決請求他們的皇帝立即遷往城外的彼得羅夫宮。拿破侖沒有馬上同意。而這幾乎要了他的命。最後，當他和隨從人員離開克裏姆林宮的時候，火星直往他和隨從人員的身上落，使他感到呼吸困難。
二、兵敗莫斯科
拿破侖在這座被燒的城市無法久待，而集結在莫斯科附近的俄軍在隨時準備襲擊。法軍中不少高級將領對日漸迫近的冬日都頗為恐懼，於是紛紛建議撤出莫斯科。
拿破侖此時希望與沙皇談判達成和平協議，他派特使幾經周折找到庫圖佐夫，誰知這位總指揮卻不加理睬。拿破侖處於進退兩難之地。10月8日，繆拉的騎兵在離莫斯科50英裏的地方又受到俄軍突襲，傷亡了不少士兵。拿破侖終於意識到莫斯科不可久留。便下令大軍團開始撤出此地。
由於冬季的到來，拿破侖大軍團的撤退，變成了一個做不完的噩夢。大軍團的兵力已銳減至65萬人。其中包括15萬騎兵。
由於庫圖佐夫窮追不舍，結果11月3日，兩軍在維亞澤瑪惡戰一場，法軍傷亡5000人。11月5日，天降大雪。這就加劇了撤退的困難。由於法軍未像俄軍那樣在馬蹄上加釘防滑釘，以致法軍戰馬越過冰凍的江河湖沼時，常常摔斷馬腿。
11月6日，法國軍隊到了多洛哥布什，能夠作戰的人數隻剩下將近5萬人。就在這時。巴黎傳來了馬萊將軍發動騷亂的消息。這件事情對拿破侖產生了強烈的影響，他覺得他必須回巴黎去。他於11月9日到達斯摩棱斯克。他認為停留在斯摩棱斯克是不可思議的，必須在俄軍截斷渡口之前通過別列金納，不然的話，他和其餘部隊都有被俘的危險。