這次進攻打擾了幾乎整個德·艾爾隆軍團。英國軍隊的左翼沒有被摧毀。於是拿破侖改變自己的計劃，把主要的打擊目標轉到英國軍隊的中路和右翼。在3點半鍾的時候，聖特農莊被德·艾爾隆軍團左翼的師團占領了。但是這個軍團沒有力量擴展自己的戰果。
拿破侖不知為什麼，竟把整個進攻的指揮權交給了內伊，這真是一個致命的錯誤。雖然內伊作戰勇敢，但他剛愎自用，反複無常，缺少戰術意識，而且以前在耶拿、包岑和鄧尼維茨會戰中，因為他的失誤，曾多次造成不良的後果。就在前一天，在卡特爾布拉斯他又喪失過一次極好的戰機。拿破侖不知為何沒有親自指揮作戰。內伊受命指揮，又盲目地率領法國縱隊衝向緩坡，迎著槍林彈雨正麵攻擊英軍方陣，結果損失慘重，不得已而後撤。
此時，拿破侖還有一個不智之舉，就是讓他最小的弟弟熱羅姆指揮雷耶軍的第六師。熱羅姆以往在征俄戰役中就曾弄得一敗塗地，此時他又率部對霍左蒙特的敵軍發動毫無必要的進攻，對這一目標本應是迂回作戰的。雷耶感到有義務支援他，將一個又一個旅徒勞無益地投入攻奪該地的戰鬥中，而且始終未能攻下。
與此同時，德·艾爾隆軍在內伊的催促下，奪取密集縱隊進攻威靈頓中央的拉海聖，結果被尤布裏奇的2個騎兵旅衝垮，損失慘重。
現在，拿破侖又麵臨著增援而來的布呂歇爾的威脅。這位老將帶著比羅、皮爾赫和齊騰的生力軍。行進中，一支法軍騎兵巡邏隊捕獲了一名送信的普魯士軍官，從他身上搜出的這封信中得知，布呂歇爾正在準備與威靈頓會合。拿破侖命蘇爾特迅即給格魯希送去第二份通報：目前我們正在蘇瓦納森林前麵的滑鐵盧附近交戰。敵軍中央位於聖讓山。因此，請立即移軍與我右翼會合。
再者，截獲的敵軍信件表明，比羅將進攻我軍右翼。我們認為可以遙望已在聖朗貝特山頂之上的該部。所以請不失時機地向我靠攏，與我協同作戰，粉碎比羅。在此次行動中，比羅終將成為你的獵物。一名軍官攜帶這份命令出發，由於道路狀況不好，從下午2點15分走到下午6時才抵達格魯希的司令部，而且喝得醉醺醺的。當時格魯希與提裏曼鏖戰正急，也無法行動。
此時拿破侖理應中止對威靈頓陣地的正麵進攻，而集中全部騎兵掩護右翼，攻擊普軍的先頭部隊。他的確從總預備隊中抽調部分兵力向弗裏西蒙運動。包括洛鮑的第六軍和多蒙、絮貝維埃2個輕騎兵師。洛鮑軍僅有2個師，計7000人，因為此前拿破侖已將其特斯特師調至格魯希的右翼。大約下午4時30分，比羅的前衛從普朗努瓦前麵的森林衝出，這樣，洛鮑的當麵之敵達3萬之多，而且敵軍後麵還有皮爾赫軍25萬多人。洛鮑被逐出了普朗努瓦。
在此危急關頭，內伊沒有接到拿破侖的指示，競擅自率領米豪德的騎兵軍對拉海聖和霍古蒙特之間的英軍方陣發起一係列衝鋒：這5000騎兵的衝擊的確銳不可擋，他們實際上已突破方陣，奪取了若幹炮兵陣地，但是在尤布裏奇的騎兵隊的反衝擊下又狼狽而回。爾後，克勒曼的騎兵軍為支援米豪德也曾發起衝擊，從未讓這2個兵種互相協同聯合作戰。
下午6時，拿破侖再次鋌而走險，試圖突破威靈頓的正麵；他命令內伊再作一次努力奪取拉海聖。由於守軍彈藥耗盡，戴爾隆的2個師終於拿下了這個目標，但內伊的騎兵也全都精疲力盡，未能擴大戰果。
下午7時，會戰進入高潮。普軍在普朗努瓦已集結了大量兵力，並威脅著法軍的退卻線。拿破侖手中現在隻剩下惟一的預備隊——老近衛軍。他孤注一擲，把其中2個營驅逐普朗努瓦的普軍，而將8個營交給內伊作最後掙紮，想突破威靈頓的防線。但內伊不去擴張拉海聖已被撕開的口子，而是向左攻擊英軍近衛步兵據守的防區，當法軍進人陣前20碼以內時，英軍突然彈雨進發，法軍近衛軍頓時傷亡慘重，潰不成軍，落荒而逃。拿破侖手裏的最後一點預備隊打光了，威靈頓的英軍卻發出號令全線反擊。拿破侖的軍隊放棄了戰鬥，他不得不隨軍敗走。
法國軍隊遭到了失敗，損失了幾乎全部炮隊，幾十萬奧地利生力軍正逼近法國邊境，還有幾十萬俄國軍隊不久即將到來。所有這一切使拿破侖陷於完全絕望的境地，這一點他在離開結束他血戰生涯的滑鐵盧戰場之後很快就意識到了。從滑鐵盧到巴黎，一路上拿破侖表麵是安靜的、沉著的，但是他的麵部表情卻不像萊比錫戰役之後那樣陰沉，雖然現在事實上他已經永不複返地失去了一切。
五、死亡之謎
拿破侖在滑鐵盧之戰後回到巴黎，並不為自己的王位而戰，而是放棄了自己的一切陣地。他感覺到他的角色已經扮演完了。
1815年7月25日，拿破侖坐上了一隻橫帆二桅船“雅什特列布”號，這隻船要把他帶到“別列洛風”號上去。他身上穿的是他始終喜愛的近衛輕騎兵的製服，頭戴三角帽。“雅什特列布”號接近“別列洛風”號後，梅特蘭船長在梯子的下端迎接了皇帝，向他低頭鞠躬。拿破侖登上船，看見了在他麵前隊列的英國軍艦的全體人員，梅特蘭向他介紹了自己的部下。隨後，拿破侖走進梅特蘭為他準備的船上最好的房間。
英國人是決不會給他另一個東山再起的機會的。甚至當他還被流放在厄爾巴島的時候，他說曾得到這樣的報告，說他的敵人們正在維也納開會，考慮把他流放到一個更遙遠的海島去，當時就已經提到了聖赫勒拿島的名字。具有諷刺意味的是：1804年，正當拿破侖處於他的權力的最高峰的時候，他也曾考慮過，要派遣一支海軍遠征隊去占領這座聖赫勒拿島。“占領這個目標需要1200至1500人”，他這樣估計道。如今，英國人為了看守他，卻派出了比他原來的計劃多一倍以上的兵力。
英國人已經告訴了他在這次流放中，最多隻能帶3名官員和12名侍者同行。結果，他挑選了貝特朗、蒙托隆、拉斯卡斯以及古爾戈4名官員，其中拉斯卡斯是一個新來的人，出身於一個舊貴族的家庭。他有兩樣有用的資本，一是英語說得流利，一是文章寫得好。他們要在一起撰寫一部回憶錄。12名侍從以路易·馬爾商為首。此外，拿破侖還挑選了一位醫生，他是“伯雷勒芬”號艦上的醫生，名叫巴利·奧默阿拉，是一位天主教徒，24歲。拿破侖在艦上和他混熟了，奧默阿拉接受了拿破侖的邀請，願意跟他到聖赫勒拿島去。
8月7日，拿破侖帶著他這個經過壓縮的由27人組成的奇形怪狀的混雜班子，換乘了一艘新船“諾桑伯蘭”號，向聖赫勒拿島駛去。
在聖赫勒拿島，拿破侖在僅僅渡過5年多的時光之後，便於1821年5月5日病逝了。拿破侖死前，他已經對私人醫生作了這樣的囑咐：“在我死後，不要馬上埋葬。我要你解剖我的屍體，……我委托你檢查這次解剖的一切細節”。拿破侖一直懷疑自己的病與某種謀害有關，所以解剖屍體這個念頭在病重後就一直糾纏著他。“在你解剖我的屍體之前，你絕對弄不清我得的什麼病。”他對私人醫生這樣說。
第二天上午，拿破侖的貼身侍從即開始為屍體解剖之事做準備。在拿破侖死後，這位侍從在副手的幫助下，曾用麥油精把皇帝的屍體洗刷幹淨，然後將屍體從用作病房的客廳搬回到寢室的鐵製行軍床上，這張鐵床伴隨拿破侖到過一個一個的戰場。現在，為了解剖屍體，馬爾商又把彈子房的彈子台搭起來。拿破侖赤裸的屍體被放置到了這座台上。
下午2點，17名手術參加者和觀察員開始進入彈子房。這17人中有馬爾商和他的助手；兩名法國官員——蒙托龍和貝特蘭；駐聖赫勒拿島英國總督的代表和7位醫生。
在場的人心裏都清楚，這場屍體解剖是一個重大的政治事件。拿破侖死後，英國駐島總督已派一名官員乘上一艘快船，把消息送到了英國去。這個消息使歐洲在位的君主們都感到了寬慰。法王路易十八更放了心。因為這二十多年來，拿破侖率領著那支所向無敵的軍隊，曾征服了整個歐洲，打垮過各國的封建王國的軍隊，並把法國的革命火種帶向了歐洲各國。如今，由於他的死亡，各國的君主們也期望這革命的思潮會隨他的死亡而一起被埋葬。
拿破侖死了，僅僅5l歲的年齡就死了，他為什麼過早地會死去？人們自然會對這個曾經精力充沛而充滿傳奇式的人物加以關注，並引起疑問。拿破侖身邊伴隨的人也咒罵聖赫勒拿島的惡劣環境，責怪英國政府故意把拿破侖送到這裏來折磨死。赫德森·洛——這位英國總督也很擔心他本人和他本國的政府受世人指責。現在，他們都想知道解剖的結果。
在現場的7名醫生中，有6位是英國人，都是軍醫。他們事先也都得到總督的告誡。明白在屍體解剖中的發現所能引起的糾葛。第七位醫生是31歲的安東馬爾西，科西嘉人，是拿破侖的私人醫生。這次解剖，即由他主刀，那幾位英國醫生隻是觀察員。安東馬爾西在人們無言的監督下，剖開死者的胸腔，把心髒割下，又切了死者的胃，讓其他醫生檢查，在醫生們完成了對各個內髒器官的檢查之後，助手們用香水清洗了被剖開的胸腔，然後又由安東馬爾西用手術針把剖開的刀口縫合起來。