1886年4月初，弗洛伊德回到了維也納，不久，便開設了醫治精神神經症的私人診所。9月，他和瑪莎·伯奈斯結了婚，並在漢堡北邊波羅的海沿岸的避暑盛地特拉弗明德鎮快樂無比地度過了兩個星期。
診所成立之初生意清淡，他的論文《論男性瘴病》在醫學協會的會議上宣讀之後，卻引起了保守的大腦解剖學權威邁內特教授的反感，弗洛伊德在綜合醫院裏名聲掃地。但有了瑪莎和朋友們的鼓勵和支持，他仍能潛心研究神經病學，特別是小兒腦麻痹症，又擔任了卡索維茨兒童疾病研究所的工作。
經過對無數病例的診治與觀察，弗洛伊德突然意識到一個問題，他猶如屹立在濃霧包圍之中的高山之巔，忽見濃霧散去，露出了下麵的平原：人類精神的輪廓。他看到了無意識這個活生生的世界。這可能嗎？人類是不是有兩種各自獨立發揮作用的精神結構？這一觀念是毀滅性的。他的這些念頭把他的思緒攪得紛亂如麻，不敢相信自己得出的證據，而使他感到驚恐、迷茫、畏懼。
他確信精神神經症是一種主要疾病。死於精神神經症的病人肯定大有人在，究竟有多少他不清楚。他深深感到了未知的神秘領域對他巨大的誘惑力。
然而今天，他隻是一個無足輕重的開業醫生。由於不在綜合醫院、薩爾拜特利爾醫院或南希醫學院這樣的大醫院裏工作，他對無意識的研究也就難以進行，他這個探險家將會長期沒有用武之地，他感到非常痛苦。
他沒有絕望，而是振作起精神，著手研究和撰寫兩篇論文，第一篇是《論失語症》，因為對這個問題曆來眾說紛紜、莫衷一是，所以他覺得有必要發表一下自己的見解；第二篇是和兒科醫生奧斯卡·李合寫的《兒童單側麻痹的臨床研究》。西格蒙德原本就想當一名醫學院教授，然而事態的發展卻清楚地表明他離這個目標是多麼遙遠。
1889年12月，他去法國南希向貝恩海姆學習了暗示法。
在研究過程中，他的興趣已從一般精神病學轉向精神神經症、病理學。精神神經症的每一個病例都各不相同，都很有吸引力。但伴隨著成功的是數不清的失敗，他還無法找出造成這些病症的根本起因，就連他懷疑為同性戀的那種病例的起因他也沒有把握。在他看來，從患者的無意識中呈現出來的是一個既不可思議又毫無意義的大雜燴。出於無奈，他試用了利波爾——貝恩海姆隻求消除病症而不求了解觀念性病因的方法，但大多數病人不是拒絕他的暗示療法，就是不能按照他的暗示去做。對於這些失敗他非常急躁。這些痛苦的疾病都起源於無意識中的某個關得死死的區域，而他卻沒能找到一把鑰匙去打開它。
就是這個無意識心理，成了他生活中唯一的誌趣和目標。在每一個病例的詳細記錄中，都遍布著他自己的思索推測和探求。他想象著安東·馮·列文虎克用自己所改進的顯微鏡進行觀察，從而成為世界上第一個看清麇集的原生物和細菌的人時的心情，現在西格蒙德似乎也體會到這種滋味了。他想道：“無意識心理將成為我的折射區。它將導致對人類行為疾病的起因及治療進行科學的識別和描述。我將成為它的一名助產士；不！我懷著如此強烈的激情，懷著一個顫動著的生命，我無疑將成為它的母親。”
1891年，《論失語症》一書出版了。但《論失語症》在同仁中並未引起好評，他意識到這背後隱藏著觀念性的原因。
如今，他已經麵臨著一項他認為是他這個時代中意義最深遠的醫學發現。他迫不及待地要發表他的病例，向全世界報告他所發現的對於治療深受精神折磨和感情折磨的病人具有神奇效果的療法，能把他們從完全喪失生活能力的疾病、甚至從不得不禁鎦在瘋人院裏直至死亡的命運中拯救出來。
他敢於繼續發表這種文章嗎？向整個醫學界公布他的發現和理論？他知道自己不能單槍匹馬地幹，因為他在維也納醫學界根本沒有足夠的地位或威望來促使人們接受他如此革命的觀念。在城裏，有六七個醫生把病人推薦到他這裏來，知道他有時確實能解決問題。但是除此之外，他是不被醫學院或大學科研機構所承認的，也從來沒有人邀請他加入他們的行列。盡管他發現了可卡因從而使外科醫生能夠進行前幾年幾乎是不可思議的眼科手術，還促進了魏格諾·喬利格的麻醉皮膚區域的研究，但是他仍然遭到攻擊，而且在一家有聲望的刊物上，有人批評他提倡把可卡因當作藥物卻沒有意識到它也可能成為使人上癮的麻醉品。不過，在他的意識深處，他也知道這種指責並不是完全沒有道理的。