與布洛爾合著《癔病研究》後，到1896年，他倆在學術觀點上的分歧越來越劇烈。弗洛伊德提出了抑製學說，並認為精神神經症是自我與原欲衝突的結果。從這時起，他製定了一整套科學心理學規劃。
秋天，81歲的父親雅各布·弗洛伊德去世了。父親的去世，讓他非常不安，幾個月以來，夢的啟示一直在他前意識的門前顫動。一係列啟示性的夢境為他解開這個謎提供了線索，他終於把握住了最終的真相：父親之死造成的精神神經症原來是他無意識中的殺父娶母的犯罪感引起的！
於是他開始自我分析，導致對創傷理論的否定，並確立了幼年性欲學說和“俄狄浦斯情結”的觀點。1898年，他發表了《性的因素在精神神經症中的地位》，這是他關於幼兒性欲最初的論文，1900年，他出版了《釋夢》並撰寫《日常生活的精神病理學》，初步完成了無意識理論的體係化。這兩本書意味著弗洛伊德心理學不僅適用於變態心理，而且也適應於正常心理。但《釋夢》的出版又是一如既往地得不到公眾的回應。
但隨著時間的推移，他的理論的影響逐漸顯現出來了。1902年，他被任命為副教授，又同阿爾弗雷德·阿德勒等人創建了“星期三晚間研討會”。1904年他發表“少女杜拉”的病例報告，書名為《少女杜拉的故事》，《日常生活的精神病理學》也正式出版。第二年，他寫成《性學三論》和《笑話及其與無意識的關係》。他係統地探索了自幼年時代起的人類性欲發展規律。
1906年，他開始與卡爾·榮格交流。現在，總共有17人組成了這個“星期三晚間研討會”，學會沒有官員，沒有規章製度，也不必交納會費。每星期三的聚會都有半數以上的會員參加，他們都進行精神分析課題的研究並就此撰寫論文，輪流在會上宣讀，然後一起討論。西格蒙德感到自豪的是，其中有幾篇論文已經發表，而且四年來沒有一位會員退出，雖然有些人對論文的批評是相當尖銳的。但這恰恰也是最好的讚揚。
他自己的著作在醫學界和教育界的廣為流傳也給他增添了信心。現在雖然隻有幾篇文章譯成外文，但他卻每天都收到好幾封東麵來自俄國的，南麵來自意大利和西班牙的信件；還有來自澳大利亞、印度、南美等地的，有的想進一步了解他的著作的詳情，有的向他請教。而在“星期三晚間研討會”成立以前，如果一星期能接到兩封就他的著作提出問題的信件，他就會感到幸運。西格蒙德認為這些通信者有可能成為自己的學生，因而總是在收信的當天就認真答複，從不馬虎。“星期三晚間研討會”的不斷擴大，他的信件的不斷增加，都活生生地證明了他的思想正漸漸深入人心。這增強了他的信心和勇氣。
這些同仁成了他的摯友。他感謝所有這些使他結束了孤立處境的人。自他成為弗洛伊德教授以來，其他情況也有了很大的變化。由於獲得了整個中歐最令人敬仰的稱號，他的門診也在日益興旺。
1908年是他卓有成效的一年，他在科學雜誌上發表了5篇文章：《創作家和白日夢》、《癔病性幻想及其與兩性同體的關係》、《“文明化了”的性道德和現代神經病》、《兒童的性理論》。但他的專論《性格和肛門期情欲》流傳開之後，他又一次遭到暴風雨般的攻擊。更有些反對者們現在開始捂著嘴稱他為“臭狗屎”和“萬物的屁眼”。
1908年4月15日，星期三晚間研討會第一次在他新居裏召開。西格蒙德提議，他們把自己的組織改稱為“維也納精神分析學會”。西格蒙德當選為主席，奧托蘭克任秘書。阿爾弗雷德·阿德勒建議大家開始收集和他們的課題有關的一切領域的科學文獻，準備建圖書館。會員們決定訂閱幾份迄今為止隻有在大學圖書館才能看到的醫學雜誌，並且他們同意全體會員都出席第一屆精神分析學代表大會。1909年，弗洛伊德與榮格應邀赴美講學。研究一個5歲兒童的病曆，進一步論證了得自成人癔病研究的結論，即癔病與“性”有關，特別是與幼年的性經驗有關。在美國他還與哲學家威廉·詹姆斯見了麵。