伯恩斯坦對馬克思主義的修正，引起了許多人的不滿，1889年，《新時代》編輯部就停止發表伯恩斯坦的文章。在1889年10月斯圖加特召開的黨代會上，蔡特金、盧森堡、倍倍爾等人對伯恩斯坦的修正主義都表示了反對的立場，但由於黨內主要領導人之一考茨基的調和，大會沒有對伯恩斯坦問題作出結論。
1900年11月，伯恩斯坦在《社會主義月刊》上，發表了《巴黎和美因茲》一文，替法國“獨立社會主義者同盟”的領袖米勒蘭參加政府內閣，擔任工商部長的行為進行辯護，認米勒蘭入閣“不僅沒有損害工人的經濟利益和政治組織”，反而使“工人階級的權力和影響”得到了提高，伯恩斯坦號召各國社會民主黨人都要學習米勒蘭的這種做法。
1901年2月，伯恩斯坦在離開德國22年後，從倫敦返回祖國。五月，他在柏林“社會科學大學生聯合會”發表題為《科學社會主義怎樣才是可能的》演說，認為馬克思主義理論並不具有科學性。
1902年3月，伯恩斯坦當選為德意誌帝國國會議員，成為德國社會民主黨議會黨團的成員。不久，他在《社會主義月刊》上發表《黨和階級》一文，表現出一種超階級的傾向。1903年4月，他又撰寫了《馬克思崇拜和修正的權利》一文，主張把“馬克思崇拜”限製在“合理”的限度之內，並聲明他要保衛“社會主義修正主義的科學”的權利。1904年，拉薩爾逝世40周年之際，伯恩斯坦又撰寫了《斐迪南·拉薩爾及其對工人階級的意義》一書，主張恢複拉薩爾在國際工人運動中的地位，“複活”拉薩爾“留給工人階級的豐富的精神遺產”。
伯恩斯坦的修正主義觀點，在德國社會民主黨內產生了巨大的反響，許多人表示不滿。繼1898年的斯圖加特大會之後，德國黨又在漢諾威（1899）、盧卑克（1901）、慕尼黑（1902）和德累斯頓（1903）召開第四次代表大會，就伯恩斯坦的觀點開展了辯論。辯論的主要問題是：“最終目的和運動”，關於資本主義發展的趨勢，科學社會主義是可能的嗎，黨的原則和策略。漢諾威、盧卑克和德累斯頓三次大會通過了反對修正主義的決議案。這幾次大會隻是從思想上批判伯恩斯坦，未在組織上采取措施，伯恩斯坦還留在黨內。
在德國黨集中批判修正主義思想的5年間，伯恩斯坦始終堅持自己的觀點和立場，寫書或親自出席為自己辯護，否認黨內存在以他為首的修正主義派別，聲明不能收回他所說過的任何有重要意義的論點。1900年4月起，他退出《新時代》固定撰稿人集團，和他的追隨者一起為右翼社會民主黨人約瑟夫·布洛赫編輯的《社會主義月刊》撰稿。在德累斯頓大會上，伯恩斯坦公開聲明：“在許多方麵，我對馬克思來說的確是一個異教徒。”為此，盧森堡在會上曾提議，將伯恩斯坦以及投票支持他的人開除出黨，一些地方集會也通過決議，要求把修正主義分子開除出黨。可是，德國社會民主黨的重要領導人之一考茨基卻認為，伯恩斯坦是修正馬克思學說的“最時髦的社會主義英雄”。