“玻爾理論”提出後，許多後起之秀在研究“玻爾理論”的過程都做出了出色的成績，進一步推動了這一理論的發展。這使玻爾深深地感到：“眾人拾柴火焰高，科學研究必須依靠眾人的力量和智慧。”1918年，他向哥本哈根大學倡議成立理論物理研究所。在丹麥政府、卡爾斯堡基金會和私人的捐贈的財政支持下，理論物理研究所於1921年3月正式落成。玻爾擔任了第一任所長。
玻爾鑒於他在劍橋受挫和在曼徹斯特大學與業師著名的盧瑟福情同父子的經曆，使得他認識到良好的治學風氣和對青年學者的培養是多麼重要。在研究所裏，玻爾經常組織各種科學問題的討論會。人們在會上活躍地進行爭論，經常將作息時間打入“被遺忘的角落”之中，而且經常搞些無傷大雅的玩笑。大家給玻爾起了一個外號叫“教皇”，而他的學生羅森菲爾德，被叫作“教皇”的“唱詩童子”。有一次有人向玻爾指出玩笑開得太多，我們的“教皇”微笑著說：“有些東西那樣地嚴肅，以致你必須開開他的玩笑。”當有一位來訪者抱怨說：“在你的研究所裏，似乎什麼東西也不會被看得很認真。”生性幽默詼諧的玻爾，聳聳肩膀，攤開雙手說道：“是呀，這種態度適用你這句話。”又有一次，一個來訪者在研究所裏做了一個學術報告，事實顯得有點灰溜溜的，別人問他怎麼了，他翻了翻眼皮說：“玻爾說我的演講”很有趣“。據說”很有趣是波爾對別人的工作所提出的最嚴厲的觀點。當玻爾對別的觀點提出不同看法時，常常預先說明：“這不是為了批評，而是為了學習。”這句話居然成了玻爾的口頭禪，並且刊登在他的同事為他祝壽所編的《詼諧物理學期刊》的封麵上。
玻爾還非常注意國際間的學術交流和合作，每當物理學中出現了什麼新問題、新傾向和新思想時，人們多半會被玻爾邀請到哥本哈根理論物理研究所來，交流看法，分析形勢，開展辯論。在1926年9月，薛定諤受玻爾之邀來訪時，據海森伯回憶，玻爾“像一個神智不清的狂想家”那樣地對薛定諤進行了“地毯式”轟炸。另外，玻爾對青年人才的培養傾注了大量的心血。在1922年，他在德國格丁根講學時，發現了兩位很有才華的青年學者，他馬上就熱情地邀請他們前往哥本哈根，後來想方設法把他們倆“誘拐”進了他的研究所。這兩人就是泡利和海森伯。後來，伽莫夫對大名鼎鼎的玻爾頗為仰慕，從劍橋來到了哥本哈根，當玻爾要挽留他時，與玻爾相見恨晚的伽莫夫不無遺憾地說：“尊敬的玻爾先生，沒辦法，我的獎學金不夠了，我隻能在這兒呆一天。”求賢若渴的玻爾馬上說：“沒關係，我給你提供獎學金，留在這兒吧！”伽莫夫望著玻爾真誠的眼睛，深深地被打動了，欣然地留在了哥本哈根。從此伽莫夫與玻爾建立了很親密的關係，成了研究所中以“調皮”而聞名的一個人才。在1961年，玻爾訪問蘇聯時，朗道問他有什麼秘訣把那麼多有才華的青年入團結在自己的周圍。玻爾回答說；“沒有什麼秘決，隻是我不怕在他們麵前顯露我的愚蠢。”玻爾正是以這種以誠待人的態度贏得了年輕人的心。
玻爾以身作則，身體力行，在研究所中培養起一種獨特的、濃厚的、平等自由地討論和相互緊密合作的學術氣氛即所謂的“哥本哈根精神”。這種精神使得理論物理研究所成了世界上神往的學術樂園。有人說：“在幾十年的時間內，在全世界的物理學家們眼中，哥本哈根就是他們的麥加聖地。”又有人說：“這個研究所。後來成了柏拉圖學園以後唯一最負盛名的研究中心。”又有人說：“有一種‘歡天喜地的精神’彌漫在他的研究所中，而玻爾本人也是以他那種在足球場上馳騁角逐的熱情來探索科學問題的。”正是在這種樂觀向上、親切活潑、無拘無束的治學風氣中，玻爾和他的同事們的科學成果一批批地層出不窮。1920年，玻爾提出了“對應原理”和“並協原理”，並且根據他對元素周期的解釋預言了七十二號元素——鉿。1922年，他獲得了諾貝爾物理學獎。
玻爾所創建的“哥本哈根精神”是留給我們後人的一筆巨大的精神財富，值得我們永遠學習。他在問題討論中所起的組織作用、引導作用和啟發作用，為物理學的發展做出了不可磨滅的貢獻。