玻爾認為，在爭論中，人們的思想得到澄清和開擴，對事物的理解得到加深，而且容易得到新鮮事物的啟發，所以他不但是爭論的積極倡導和組織者。而且非常積極地投身於爭論之中。他與愛因斯坦在本世紀20年代末30年代初進行的激烈論戰，成了物理學史上一段膾炙人口的佳話。
早在1924年，愛因斯坦和玻爾在有關“放棄嚴格的因果性”的觀點上就有分歧，然而兩人麵對麵的“切磋”是在布魯塞爾的第五屆索維爾會議上開始的。在玻爾提出他的互補性後，“每天早上”，愛因斯坦就會準備好他的“炮彈”——一個假想實驗，麵帶微笑地向玻爾提出，試圖駁倒位置和動量的測不準關係式；而到了晚上，玻爾就會拿著一張紙和一支鉛筆，找到愛因斯坦，向他論證那個實驗和測不準關係式恰恰是一致的。經過多個回合的較量，愛因斯坦發現玻爾築起的“堡壘”固若金湯、無懈可擊。於是，在第六屆索維爾會議上，愛因斯坦提出了所謂“光子盒”的假想實驗，試圖用這枚“重磅炸彈”轟開玻爾的“堡壘”。玻爾初見這種“新式武器”，確實嚇了一跳，但是經過他幾個晝夜的苦思冥想和反複淪證，終於發現愛因斯坦在他的論證中忽視了相對論的一個推論。這一“以子之矛攻子之盾”的妙招使得玻爾得意非凡。愛因斯坦“一計不成……又出新招”。在1935年，他和另外兩位合作者聯名發表了一篇論文，論證量子力學的“非完備性”。這篇不到4頁、沒有引用任何文獻的論文，立刻在社會上引起了轟動。幾個星斯後，玻爾在同一個刊物上用同一個標題作出了答複。他的論文不到7頁，也沒有引用另外的文獻。這一回，玻爾和愛因斯坦兩人在論文中，“公說公有理，婆說婆有理”。誰也說服不了誰，兩人打成平手。以後，他倆的論戰一直沒有結束，直到愛因斯坦去世為止。
玻爾和愛因斯坦雖然進行了長期而熱烈的爭論，但他們始終是一對相互尊重的好朋友。而且在1921年，玻爾被評為諾貝爾獎獲得者時，他首先想到的是不能先於愛因斯坦獲得這項獎金，他說：“考慮給我這種榮譽前，（愛因斯坦）應當得到整個外界的認可，我覺得這對我是莫大的幸福”。玻爾與愛因斯坦的偉大友誼確實令人欽佩不已，堪稱大師風範。