1939年9月，第二次世界大戰爆發了，希特勒的納粹法西斯軍隊橫掃歐洲。在整個歐洲烽煙四起的時侯，玻爾正在美國普林斯頓大學的一間小屋中向愛因斯坦講述他的最新成果——一項可以決定這場大戰勝負的成果：核裂變。玻爾結合當時梅特娜的實驗指出：鈾235在裂變時將放出中子，從而引起鏈式反應，根據愛因斯坦的質能方程這一過程將釋放出無比巨大的能量。多麼可怕！隻要想到將其用於戰爭，馬上就能造出原子彈來。
出於對家庭安危的擔憂，玻爾放棄了與愛因斯坦共同研究的計劃，趕回了丹麥。實際上，在玻爾回國的的當年，丹麥就被納粹占領了。希特勒急於想利用玻爾盡快研製出原子彈，由此達到征服全球的目的，所以讓他繼續從事研究。由於玻爾一貫主張把他的研究成果公諸於眾，所以他繼續發表他的研究成果，向德國人講述原子的威力。然而這個消息傳到美國，卻使美國總統羅斯福如坐針氈，再加上有消息傳來說，挪威工廠已經可以年產1500公斤重水，這足以進行原子彈實驗。羅斯福總統更是覺得火燒眉毛，局勢非常緊急。
最後，他斬釘截鐵地說：“決不能讓德國人搶在我們前麵製造出原子彈。”並且，他親自接見了諜報人員，並詢問有無可能把玻爾從德國人手中奪過來，讓他參加哈曼頓計劃？後來，決定由英國首相邱吉爾親自布署、實施這一行動。
但是沒多久，軸心國總部獲得了這條消息，立即下令逮捕玻爾。於是盟國與軸心國展開了奪取玻爾的鬥爭。1943年，玻爾從丹麥警察那裏知道了德國人要逮捕他的消息，在丹麥抗敵組織的幫助下，攜同全家乘一條小船，經過幾個小時的顛簸，橫渡波羅的海，逃到了瑞典的斯德哥爾摩。然後再乘飛機飛往英國。於是，就出現了本文剛開頭的那一幕。
當玻爾進入飛機的彈艙後，發動機立即起動，飛機滑上跑道，扶搖直上，尾部拖著長長的桔紅色的火焰，消失在夜幕之中。飛機上升到需要吸氧的高度時，玻爾卻遭了殃，他的麵具未與氧氣接通，他感到憋氣胸悶，四肢無力，耳邊“嗡嗡”作響。漸漸地，他什麼也聽不見了，他失去了知覺。經過幾十分鍾的飛行，這架蚊式飛機終於在英國愛丁堡附近的一個機場上安全降落了。當炸彈艙的蓋子“嘭”的一聲被打開後，人們才發現了昏迷的玻爾，軍方趕緊派了一輛敞篷車將他送往醫院。
不久後，消息傳到了羅斯福總統的耳朵裏。知道盟軍已經把玻爾從德國人手中搶了回來，羅斯福才長長地出了一口氣，心裏的一塊石頭總算落地。
幾天後，玻爾恢複了健康，便和他的兒子奧格飛往美國的洛瑟拉莫斯，加入了製造原子彈的行列。
玻爾在逃亡中，還有一個非常有意思的小故事。玻爾在出逃前，左思右想對兩樣東西放不下心，一個是他的諾貝爾獎章，一個是一瓶重水。他在實驗室中踱來踱去，不知怎麼辦才好，突然間，他看到了擺在架子上的化學藥品，他眼前一亮，想出了一個好主意。他把諾貝爾獎章溶解在“王水（一種混和酸）”裏，德國人對一瓶酸不會有多大興趣吧！那瓶重水怎麼辦呢？他靈機一動，對了，給它來個“偷梁換柱”，把它裝在冰箱裏的啤酒瓶裏，明天帶走。然而，第二天在慌亂之中，他卻拿錯了瓶子。到了瑞典他才發現自己帶的隻不過是一瓶普通的丹麥啤酒。
當二次大戰結束，玻爾重新回到他的實驗室時發現，那瓶珍貴的重水和那瓶溶解了諾貝爾獎章的“王水”安然無恙，絲毫無損。愚蠢的敵人，這麼珍貴的東西竟然在他們的眼皮底下呆了這麼多年，他們卻毫無察覺，而玻爾這個與德國法西斯“鬥智”的小故事卻廣為流傳。