新中國成立後，靈隱寺在“文化大革命”期間也險些遭遇滅頂之災，在掃除“四舊”的活動中，靈隱寺成為了一部分“紅衛兵”行動的目標。在這場浩劫中，幸得周恩來總理采取了當時的情況下不得已的辦法——封閉靈隱寺，並馬上發出“靈隱寺暫加封閉”的指示，這才使靈隱寺轉危為安。恐怕靈隱寺是杭州市當時唯一沒有被破壞的宗教場所了。
靈隱寺真正達到新的興盛期要到20世紀90年代，隨著旅遊概念的不斷深入和西湖旅遊開發的運勢，靈隱寺興建了藥師殿、伽藍殿等重要建築。目前，全寺的中軸線上分別為天王殿、大雄寶殿、藥師殿，整座寺院規模恢宏，香客不斷，成了眾多遊客到西湖旅遊的必到之處。
三大殿
白化文先生在《漢化佛教與佛寺》（北京出版社，2006年12月）一書中曾經對中國佛教的營造法則這樣說：“中國的營造法則，一般是把主要建築擺在南北中軸線上，附屬設施安在東西兩側。寺院的配置也是如此，由南往北看，主要建築是：山門、天王殿、大雄寶殿、法堂，可能還有藏經閣。這些都是坐北朝南的正殿。東西配置則有伽藍殿、祖師堂、觀音殿、藥師殿等。”靈隱寺的三大殿安排基本上和這樣的敘述一致，不過文中提到的藥師殿被放到了中軸線上，單層重簷歇山頂。
天王殿麵寬七間，進深四間，單層重簷歇山頂。天王殿的匾額上書“雲林禪寺”，傳說是康熙皇帝所寫，其實與康熙遺存墨跡相去甚遠。殿門上方還有一塊匾額“靈鷲飛來”，指的是靈隱寺對麵的飛來峰。大殿東西各立石幢一座，東西高低不同，東幢高7.7米，西幢高11米，據說建幢已經有一千多年。天王殿正中佛龕裏，供奉著“皆大歡喜”的彌勒佛木雕像。袒胸露腹，趺坐蒲團，笑容可掬，極有生趣。門前有一副楹聯，是辛亥革命後任浙江省長的張載陽所撰寫，聯曰：“峰巒或再有飛來，坐山門老等；水已漸生暖意，放笑臉相迎。”彌勒佛兩側是“四大天王”（也叫“四大金剛”）的彩塑。四尊塑像均高8米，個個身披重甲，形態威武，其中兩個神態溫和，兩個相對嚴厲，除了頭上那頂毗盧帽，其餘都是中國古代將軍的打扮。彌勒佛的背後，是高2.5米的金色韋馱像，立於鏤刻精致、裝飾華麗的佛閣之中，頭戴金盔，甲胄裹身，神采奕奕，衣褶流暢。韋馱左手叉腰，右手執降魔杵，儀態剛毅正直，威武生動。整座雕像用香樟木鏤刻而成，為南宋時期的作品。天王殿的這種配置，和中國佛教寺院的標準配置完全一致。
大雄寶殿是所有寺院最重要的建築物，一般均居於寺院的中心位置，靈隱寺的大雄寶殿也不例外，它起初叫“覺皇殿”，明萬曆年間重建時易名。這座大殿高33.6米，單層三簷歇山頂，從規製來說是非常高的，歇山頂建築是僅次於廡殿頂（一般用於皇家）的規製，簷層越多等級越高，一般很少有三簷以上的。靈隱寺大雄寶殿是國內著名的大型佛殿。殿內雕梁畫棟，氣勢恢宏。現存的這座大殿為清宣統年間的遺物。
按照《漢化佛教與佛寺》一書的說法，大雄寶殿的“大雄”是對佛的道德法力的尊稱，具體指的是佛有大力。“大雄寶殿裏供奉的主要佛像稱為‘本尊’（又稱主尊），但究竟供的是哪位佛呢？隨著各時代崇尚的發展變化和宗派之不同，出現了多種情況。但從主尊數字看，一般就有一、三、五、七尊四種。佛名尊稱計有釋迦牟尼佛、阿彌陀佛、藥師佛、彌勒佛、燃燈佛、毗盧遮那佛、盧舍那佛等多位。”“供一位主尊的，一般供奉的是佛教締造者釋尊即釋迦牟尼佛的像。”靈隱寺的大雄寶殿供奉的便是釋迦牟尼佛，佛祖高踞蓮花座，眼神向前凝視，右手微微抬起，造型莊嚴卻又生動，肅穆中有一種親切的感覺。佛身與各個局部比例適度，體態端莊，麵容慈祥。按佛教語言謂“妙相莊嚴，氣韻生動”。佛身淨高9.1米，加上蓮座、須彌座和石壇，共高16.6米。佛像上懸寶蓋，彩畫垂旒，高24.8米。佛祖背後的一圈火焰叫“背光”，從尖頂到地麵是19.6米，中間有一麵摩尼鏡（又稱長明鏡），火焰中還有七尊小佛像，是釋迦牟尼在修道成佛前的七種佛相，又說是他的祖先。這尊佛像從高度說，稱得上是我國最大的木雕坐式佛像。靈隱寺的原釋迦牟尼佛像，於1949年大雄寶殿正梁因白蟻蛀空倒塌時被毀。現在這座佛像是在1953年重修寺宇時，由中央美術學院華東分院（現中國美術學院）的雕塑家和民間藝人們采用唐代禪宗佛像為藍本共同精心設計的。
正殿兩邊是“二十諸天”立像，殿後兩邊為“十二圓覺”坐像。大殿後壁有“慈航普渡”匾、“五十三參”海島立體群塑，全部用泥塑成，有姿態各異的大小佛像一百五十尊，表現了一個生動的佛教故事，說的是善財童子南遊，曆經千辛萬苦，參拜了五十三位“善知識”（名師），終於修得佛果。這個故事源出《華嚴經·入法界品》。大雄寶殿前月台兩側各有一座八角九層的仿木結構石塔，塔高逾7米，塔身每麵雕刻精美，經古建築專家梁思成生前考定，兩石塔亦雕造於吳越末年，據說建於969年。
大雄寶殿後麵是近年新建的藥師殿，殿中供奉藥師佛像及日光天子、月光天子。據《藥師琉璃光如來本願功德經》稱，藥師佛為東方淨琉璃世界之佛，曾發十二大願，令諸眾生所願皆遂，尤願眾生諸根完具，疾病消除，解脫厄難，因而有消災延壽藥師佛之稱。日光、月光菩薩，分別象征光明與清涼。兩廂為十二藥叉神將，是佛教的十二生肖保護神。殿左，有重建的羅漢堂，陳列五百羅漢線刻石像。藥師殿的邊殿是濟公殿。濟公，即濟道禪師，浙江天台人，南宋淳熙三年（1176年）出家於靈隱寺。殿內濟公像為青銅鑄像，其原型采用靈隱寺所藏清朝畫僧竹禪的濟公畫像，高2.3米，重2.5噸。
飛來峰
在靈隱寺前，有一座怪石嶙峋的峰巒，不高，但頗為引人入勝。它便是飛來峰。飛來峰海拔168米，長約800米，山體自西南向東北逐漸降低，與它周圍高峻挺拔的群山相比顯得特別矮小，而石灰岩的地質構造也與周圍群山截然不同。它以數量眾多、千奇百怪的石刻造像聞名。據統計，從五代至宋、元時期的石刻造像共有四百七十多尊，其中保存比較完整的有三百三十多尊。年代最早的是青林洞入口靠右的岩石上的彌陀、觀音、大勢至等三尊佛像，為951年所造，距今已有一千多年。這些精美的摩崖石刻造像是異常珍貴的文化遺產。在這些眾多的石刻造像中，南宋時期的大肚彌勒像是最大的一尊，也是我國現有最早的大肚彌勒。那袒胸露肚、笑口常開、“容天下一切難容之事，笑天下一切可笑之人”的形象，使遊客競相攝影留念。
飛來峰又被叫做靈鷲峰，關於它名字的由來，有多種民間傳說，流傳比較廣的和濟公有關，如《濟顛妙計救百姓》：
從前，四川峨眉山有一座會飛的小山峰。它一會兒飛到東，一會兒飛到西，飛到哪兒，都會壓坍許多房子，壓死很多人。
那時，西湖靈隱寺有個和尚，不吃齋，不坐禪，一天到晚手搖破蒲扇，腳拖破僧鞋，東遊西蕩，人們都叫他濟顛。
這一天，濟顛和尚算知中午辰光，那座會飛的山峰要飛到靈隱寺前的村莊上來。他擔心山峰落下來會壓死很多人，五更天時就爬起來，奔進村莊，挨家挨戶地說：“午時三刻有座山要落到村上來，大家趕快搬家呀，遲了就來不及啦！”
大家聽了直搖頭，罵道：“你這瘋和尚，又來尋開心了。誰見過會飛的山呀？”
濟顛和尚這家進那家出，全村百十戶人家都關照過了。他說得嘴唇破、唾沫幹，卻沒有一個人相信他的話。
太陽越升越高，眼看中午就要到啦，濟顛和尚急得團團轉。這時，忽然聽到“滴滴答，滴滴答”吹嗩呐的聲音，他順著聲音奔過去一看，啊喲，原來有戶人家娶媳婦，新郎、新娘正磕頭拜天地哩！屋子裏喜氣洋洋，熱鬧極了。濟顛和尚搔搔頭皮想了一想，趕忙推開眾人，鑽到堂前，不管三七二十一，把新娘子往肩上一背，就衝出大門朝村外跑。
新娘子頭上的紅方巾還沒有揭掉，忽然糊裏糊塗地叫人背走了，也不知發生了什麼事，嚇得“哇哇”叫。
濟顛和尚搶走新娘子這還了得！人們氣得抓門閂的抓門閂，掄扁擔的掄扁擔，沒命地追趕上去，一麵追，一麵大聲叫喊：“抓住濟顛和尚！抓住濟顛和尚！前麵快快攔住呀！”
濟顛和尚背著新娘子，一個勁往前奔。大家一直追出十幾裏路，還沒追上他。等到太陽當頭，濟顛和尚站住腳，不跑啦。他從背上放下新娘子，自己往地上一坐，搖著扇子扇風涼。
人們趕到他跟前，剛要揪住打他，不料一霎時天昏地暗，伸手不見五指，大風刮得呼呼響。突然“轟隆隆”一聲，人們都被震得跌了跤，爬起來一看，喲，一座山峰剛剛落在村莊上。大家這才明白過來，濟顛和尚搶新娘，是為了救大家的性命。
村莊被壓在山底下，大家都無家可歸了，有的人急得捶胸頓腳，“哇哇”大哭起來。濟顛和尚說：“哭什麼！你們不知道，村裏的財主已被壓死在山下啦，今後你們各人種各人的田，還怕蓋不起房子！”
大家一想，對嗬！這才高興起來，歡歡喜喜地正想走開。濟顛和尚又說：“別走別走，大夥聽我說，這座山峰能從別處飛來，也會從這兒飛走，飛到別的地方，又會壓死許多人。我們在山上鑿它五百尊石羅漢，就能把山鎮住，不讓它再飛到別處去害人，你們看好不好？”
大家聽了，齊聲說好，馬上就動起手來。一時間，錘的錘，鑿的鑿，“叮叮當當”忙了一夜，五百尊石羅漢就鑿全了，山上山下布滿石龕佛像。隻是鑿了羅漢的身子，來不及鑿出眉毛眼睛。濟顛和尚就用他長長的手指甲到石羅漢臉上去劃，半天工夫，便把五百尊石羅漢統統劃上了眉毛、眼睛。然後，濟顛和尚雙手合十念了偈語，在伏虎羅漢後麵隱去了。
從此，這座小山峰就永遠留在靈隱寺前麵了，它就是現在的飛來峰。
（餘小各 整理）
雖然這隻是傳說，不足以作為名稱的真正由來，但其實也反映了民眾的某種願望，所以，對待飛來峰的這麼多佛教造像，很多人是賞而敬之。經過千百年的洗禮，這些石刻造像較好地保存到現在，成了江南地區少見的古代石窟藝術瑰寶，可與四川大足石刻媲美。蘇東坡曾有“溪山處處皆可廬，最愛靈隱飛來峰”的詩句。
遊人自“咫尺西天”照壁往西進入靈隱寺，會先經過埋葬慧理和尚骨灰的理公塔，塔高8米餘，八角七層，是一座石塔，位於飛來峰岩旁，與周圍景色頗為諧調。往右過春淙亭。一道紅牆暫將靈隱寺遮住，左邊便是飛來峰與冷泉，在泉邊漫步，景色幽深，引人入勝。白居易在《冷泉亭記》中說：“東南山水，餘杭為最。就郡則靈隱寺為尤，就寺則冷泉亭為甲。”當然，最吸引人的還是飛來峰及其造像，這裏峰岩嵯峨，怪石森立，有的如蛟龍，有的似奔象，有的若伏虎，有的狀如驚猿，玲瓏剔透，千態畢呈。這些造像時代不同，形態各異，或坐或立，大小不同，卻都顯示了高超的石雕技藝。千百年以來，這些造像經曆風吹雨打，有很多布滿了裂紋、苔痕，透出一股滄桑的味道。明代文學家袁宏道在《西湖記述》中盛讚飛來峰道：
湖上諸峰，當以“飛來”為第一。高不逾數十丈，而蒼翠玉立，渴虎奔猊不足為其怒也，神呼鬼泣不足為其怪也，秋水暮煙不足為其色也，顛書（唐代張旭的草書）吳畫（唐畫家吳道子的畫）不足為其變幻詰曲也。石上多異木，不假土壤，根生石外。前後大小洞四五，窈窕通明，溜乳作花，若刻若鏤。
三天竺：湖上小西天
三天竺：位於靈隱寺南的三座寺院，分別是上天竺法喜寺、中天竺法淨寺和下天竺法鏡寺，曆史上這三座寺廟均以作為觀音道場而著名。三天竺一帶，林木繁茂，山泉淙淙，景色宜人。
天竺是古代中國以及其他東亞國家對當今印度和其他印度次大陸國家的統稱。由於國內的佛教自印度傳來，所以很多時候“天竺”也經常用來指寺院所在地。穿過靈隱寺“咫尺西天”照壁，前麵有一條名為天竺的小路。沿著這條周邊均為香火店的路走，兩旁流水潺潺，青山相伴，山林茂密，風光相當好，可謂處處有詩意。一直往前走，有三座寺廟居於路的右側。這一帶，被稱作“三天竺”，分別是上天竺法喜寺、中天竺法淨寺和下天竺法鏡寺，曆史上這三座寺廟均以作為觀音道場而著名。之所以冠以上、中、下，主要是以它們所在的位置而言，但是它們的創建時間，則下天竺最早（東晉），中天竺其次（隋朝），上天竺最晚（五代）。曆史上，這一帶殿堂林立，佛號不絕。《西湖誌》載：“方春時，鄉民扶老攜幼，焚香頂禮大士，以祝豐年。香車寶馬，絡繹於道……三寺相去裏許，皆極宏麗，大士寶像各有化身，不相沿襲，晨鍾暮鼓，彼此間作，高僧徒侶，相聚梵修，真佛國也。”