努爾哈赤又於天命五年正月十七日，修書回複察哈爾林丹汗的來信，指責他狂妄自大冒稱“四十萬之蒙古主”，譏諷其兩敗於明損兵折將，勸其勿受明之財帛，為利所誘而開罪於己。
努爾哈赤還試圖削弱朝鮮與明國的關係，突破南邊的包圍圈。朝鮮國王一向緊跟明朝政府，輕視建州，並遵明帝之命，派都元帥薑弘立領兵一萬三千餘名，隨明總兵劉鋌，從東進攻赫圖阿拉。天命四年三月初，努爾哈赤大敗明軍於薩爾滸時，逼迫薑弘文率兵五千投降，免死拘留，並於三月二十一日遣使致書朝鮮國王，自稱“後金國汗”，列述“七大恨”，指責明朝欺侮建州和朝鮮，“明國皇帝要派彼之諸子到朝鮮和我國做國主，這個尼堪皇帝淩辱我等二國太甚”，勸說朝鮮背離明朝。雖然朝鮮回信，堅持親明尊明政策，勸告努爾哈赤罷兵和好，仍尊明帝為君，自居屬臣，但努爾哈赤並未罷休，繼續遣使入朝，講述己見，欲離間朝鮮與明國的關係。與此同時，努爾哈赤積極鞏固內部，增強實力。天命四年六月，為便於用兵，於界凡築“行宮”及八旗貝勒、大臣、兵士住房，迎汗和諸貝勒福金來此居住，十六個月後又遷居薩爾價，一步一步逼近明境。
天命五年三月，努爾哈赤第一次製定“論功序爵”的製度，援用明朝官稱，設總兵官、副將、參將、遊擊，均分為三等，大體上原來任固山額真之人即為總兵官，梅勒額真為副將，參將、遊擊為甲喇額真，原來當牛錄額真的，一律為備禦。從總兵官至備禦，皆為世職。另外，每牛錄下，設千總四員。這對鼓勵八旗官將效忠於汗為國出力，起了相當大的作用。
天命五年六月初四日，努爾哈赤命豎二木於門外，下令說：“凡有下情不得上達者，可書訴詞懸於木上，吾據訴詞顛末，以便審問。”這一措施，有利於體恤民隱，主持公正，使下情有可能上達於汗。
同月，努爾哈赤第一次派遣人丁，“往東海煮鹽”。建州女真地區素不產鹽，一向依靠“撫賞”、“告討”，從明朝邊臣手中領取十斤八斤二十斤鹽，十分困難，以致相當多的女真人長期沒有鹽吃，包衣阿哈常因無鹽食而離主逃走。這次煮鹽，效果顯著，不久便運回一二十萬斤，“於國內按丁給與”，在一定程度上緩和了食鹽供應極為緊張的局麵。
天命五年九月，努爾哈赤處理了皇族內部糾紛的重大案子，第一次提出了“共治國政”的製度。相當長的時間裏，二貝勒阿敏厭惡其異母之弟齋桑古貝勒，大貝勒代善虐待前妻之子碩讬貝勒，關係十分緊張。九月初三日有人首告齋桑古、碩托欲叛逃明國，十三日努爾哈赤與諸貝勒、大臣議定，“發兵堵截通往明國之路”，當晚將二人拘留監禁，代善、阿敏向汗奏乞，欲殺二人。二十日努爾哈赤斷定齋桑古、碩讬是與其兄其父不和而出怨言，並非叛逃，下令釋放。隨即查明，代善不將“良好僚友、國人”分與前妻之子嶽讬、碩讬，並誣告碩讬與己二妾通奸。努爾哈赤大怒，嚴厲譴責代善，憤怒指出這種聽信後妻讒言欲殺親子之人，“哪有資格當一國之君，執(掌大政)！”立即當眾宣布：“先前(欲使代善)襲父之國，故曾立為太子，現廢除太子，將使其專主之僚友、部眾盡行奪取。”二十八日，代善親手殺死繼妻，遣人向努爾哈赤奏請，要求“若蒙父汗不處死刑而得再生”，希望允己叩見請罪。努爾哈赤表示了寬厚的態度，並令代善與諸弟立誓緩和關係。代善對天發誓，今後“不再為非”、懷抱怨恨。八和碩貝勒、眾大臣“亦立誓書”，指責了代善的過失，宣布“立阿敏台吉、莽古爾泰台吉、皇太極、德格類、嶽讬、濟爾哈朗、阿濟格阿哥、多爾袞、多鐸為和碩額真”，規定新汗“不得恣意橫行”，不能出於一己私怨而貶革勤理政務的和碩額真。如果某一和碩額真犯有擾亂政務的罪行，則由另外七旗和碩額真集議裁處，該罰則罰，該殺則誅。代善雖被革除太子，但仍舊統轄原有的正紅、鑲紅二旗，仍居四大貝勒之首，佐理國政，統軍出征。後金統治階級的內部矛盾，有了較大程度的緩和。
天命六年閏二月十六日，針對阿哈遭受奴隸主虐待而反抗逃亡的情況，努爾哈赤下達“汗諭”，勸誡家主“宜憐阿哈”，“阿哈應愛主”，“雙方應該相互慈愛”。他要求阿哈將“耕種田地之穀”全部交與家主，主人家中要多織布，供給阿哈衣服飯食，如果家主不“善養”阿哈，阿哈“以衣食為劣而上訴後”，“則從虐養之主取之，轉而給與善養之主”。努爾哈赤發布這一汗諭，是企圖在大舉攻明前夕，緩和奴隸主與奴隸之間尖銳的階級矛盾，鞏固和維護後金國中占居主導地位的奴隸製生產關係。
在政治、經濟、外交、軍事等諸方麵，做了充分準備之後，努爾哈赤利用明朝遼東舊經略熊廷弼被罷革新經略袁應泰不諳兵法的好機會，決定進攻沈陽、遼陽，發動了明金(清)之間的第二次大決戰。
明天啟元年(天命六年，1621)三月十日，努爾哈赤親率大軍出發，十二日晨到達沈陽，在城東七裏河的北岸築造木城屯駐。沈陽“城頗堅，城外浚壕，伐木為柵，埋伏火炮”。城外挖有與人身相等的陷阱十道，井底密插尖木樁，陷阱之後挖有四道大壕，尖樁密布，又樹立大柵欄，沿內壕排列楯車，每車安放大炮二門小炮四門，兩車之間又置大炮五門。奉集堡、虎皮驛亦皆開河建閘，修繕堅固，與沈陽成為犄角。
沈陽城內有賀世賢、尤世功二總兵官，各將兵萬餘，總兵官陳策、董仲揆引川浙兵一萬餘正自遼陽來援，守奉集堡總兵李秉誠、守武靖營總兵朱萬良、薑弼亦領兵三萬來援。按軍隊總數而言，明國稍占優勢，兼之沈陽城堅濠寬塹深，槍炮眾多，明軍如果據城死守，是很難攻克的。
努爾哈赤知悉單憑硬攻，以弓矢對槍炮，以人力攻堅城，是難以奏效的，如戰事拖延，陳策、李秉誠等四萬餘軍隊及其他援兵趕到之後，腹背受敵，局勢便十分險惡了，遂臨機應變，果斷決定誘敵出城，發揮己軍善於野戰的長處，設下埋伏，乘機殲敵。三月十二日，努爾哈赤先派數十名騎兵“隔壕偵探”，被總兵尤世功家丁追擊，死四人。勇猛寡謀的總兵賀世賢“勇而輕，謂奴易與”，遂改變了原來“固守”的方針，“決意出戰”。第二日，努爾哈赤又遣少數老弱士卒挑戰，賀世賢飲酒大醉，率家丁千餘出城，誇下海口說，要“盡敵而反”。金兵“詐敗”，世賢中計，“乘銳輕進”。一入伏中，後金“精騎四合”，將明兵重重包圍，奮勇砍殺，大敗明兵。世賢“身中四矢”，且戰且走，退至城邊，因吊橋繩索被努爾哈赤數月前派往城中詐降的蒙古、女真人砍斷，不能入城。八旗兵追至，擊殺賀世賢及來援的尤世功，衝入城內，打下了號稱金城湯池的沈陽重鎮。
此時，明總兵陳策等率川浙兵來援，剛至渾河，川兵渡河，營於橋北，浙兵在橋南，營寨尚未安好，努爾哈赤乘機率軍猛攻，先消滅了橋北川兵，隨即擊敗朱萬良、薑弼來援的三萬明軍，緊接著又殲滅橋南浙兵。一日之內，努爾哈赤統率八旗健兒五、六萬，鏖戰四次，將七萬餘明軍各個擊破，攻克沈陽，創造了軍事史上集中兵力擊敗優勢敵軍的光輝戰例。
努爾哈赤屯兵五日，論功行賞，三月十八日集諸貝勒、大臣定議，進軍遼陽。
三月十三日沈陽一失，遼陽危如累卵，城中“兵不滿萬”，又“身無介胄，器不精利”，遼東“戰將勁兵”，一半損於沈陽之戰，一半在各地應援。如果金兵於十四日飛馳進擊，當天即可輕取遼陽。明經略袁應泰、巡按張銓利用努爾哈赤的遲延和失誤，飛速征調援軍，撤虎皮驛、奉集堡兵回遼陽，五天之內，湊集了十三萬大軍。
三月十九日午時，努爾哈赤率軍進至遼陽城東南角，當天晚上，於城南七裏安營紮寨。此時，論兵數，明倍於金。講地形，明防守，得地利。遼陽城十分堅固，“城高厚壯，屹然雄峙”，城外挖濠三道，每道寬三丈、深二丈，濠外複築大堤瀦水，又引入太子河水，灌滿護城深壕。遼陽有上萬門大炮，其中七門，各重一千餘、二千餘、三千餘斤，一發可斃敵數百，威力很大。《武皇帝實錄》卷三記述遼陽守備情況說：“(明臣)放代子河水於壕，塞其西閘，內列火器於城上，排兵四麵，守禦甚嚴。”朝鮮文獻甚至記述了後金軍望城生畏的情形，指出：“(八旗軍)至遼陽，望見城池險固，兵眾甚盛，虜皆意沮欲退。”如果明經略袁應泰調度有方，憑堅死守，遼陽是不會輕易失落的。
努爾哈赤看到明軍守備甚嚴，決定避免硬攻，力爭智取。他首先嚴正宣布必戰、死戰的決心，聲色俱厲地諭告眾人說：“一步退時，我已死矣。你等須先殺我，後退去”，並立即“匹馬獨進”。這種無所畏懼的英雄氣概，對八旗官兵發揮了強烈的影響，促使他們知難而進、轉怯為勇。
努爾哈赤再次運用發揮所長製敵所短的正確戰術，決定誘敵出城，引入伏中，以便合殲敵軍，同時又派遣“細作”，混入城內，待機內應。三月十九日，他先差少數人馬橫渡太子河，誘騙敵人，明軍果然中計了。明經略袁應泰本來已和諸將議定，“畏敵多，主守”，現在看見後金兵馬太少，“其騎可數”，遂因“見賊少而主戰”，親督侯世祿、李秉誠、梁仲善、薑弼、朱萬良五總兵，率兵出城五裏，在教場紮營。明兵忽守忽戰，軍心不定，努爾哈赤乘機指揮軍隊，“奮力衝殺”，“明兵大潰而死”，“軍敗多死”。第二日，三月二十日，努爾哈赤親督士卒猛攻，鏖戰多時，明兵又敗。三月二十一日，努爾哈赤領軍乘勝進擊，原先派入的“奸細”從中內應，遂攻下遼陽，袁應泰自盡，張銓被俘，不屈而死。
努爾哈赤帶領八旗貝勒、大臣，進入城內，駐於經略衙門，諭令漢人歸順，遼河以東的寬甸、海州、耀州、蓋州、鎮江、熊嶽、複州、湯站、武靖營、長寧、長靜、三河、十方寺、永寧、鎮夷、威遠、孤山、甜水站、草河、奉集、平虜、蒲河、懿路、鞍山等七十餘城官民“俱削發降”。
天命六年四月十一日，努爾哈赤召集諸貝勒、大臣，商議是否遷都於此？他們都主張回到建州，不願留住遼陽。努爾哈赤斷然拒絕了他們的建議，責備諸子目光短淺，沒有雄心壯誌。他強調指出：承蒙皇天眷佑，艱苦創業獲得成功，降服了遼河以東地區，如果回到故裏，遼陽必為明國收複和固守，逃散於山穀的城堡人丁便擺脫了後金的統治，“棄所得之疆土而還國，必複煩征討”，皇天如此“喜愛之地方”，焉能拋棄！他諭告諸子要胸懷大誌，並語重心長地說：“今我興兵，為爾等眾子創立大業。諸子，爾等焉能說不能呢！”於是，諸貝勒、大臣一致回答說，“此言誠然”，遂定議遷都遼陽，派人迎接汗之福晉和皇子，將建州地區人丁移駐遼東。努爾哈赤這一決策，對促進後金的發展起了重大的作用。
天命七年正月十八日，努爾哈赤統領八旗勁旅，西征明朝遼東重鎮廣寧。雖然明在關外有軍隊二十萬，兩倍半於金軍，而且火器眾多，但努爾哈赤並不畏懼，二十日即渡過遼河，進圍西平，二十一日午時猛攻克城，並隨即與十萬明軍鏖戰於沙嶺，斬殺遼東總兵劉渠、援遼總兵祁秉忠，大獲全勝，明遼東巡撫王化貞棄廣寧城匆忙逃遁。正月二十四日，努爾哈赤領軍至廣寧，明遊擊孫得功等率士民執旗張蓋奏樂叩降，迎入城中，駐巡撫衙門。平陽、西興、錦州、大淩河、右屯衛等四十餘城官兵俱降。二月十七日，努爾哈赤命諸貝勒統兵留守廣寧，將錦州、義州等處官民遷於河東，回歸遼陽。
明天啟元年(天命六年，1621)三月後金軍進駐遼東以後，努爾哈赤麵臨著截然不同的新形勢，即在長期封建化的漢族地區，確立和鞏固後金國的統治，因而必須解決新出現的許多難題。比如，遼河東西主要是漢族居住，不管是生產關係、政治製度、文化傳統，還是生活方式、風俗習慣、服裝發式，以及語言文字、相貌性格，與滿族都截然不同，對他們怎樣管轄，怎樣剝削？滿族人丁移居遼東後，怎樣安置，是固守舊俗，還是改行漢製，或是另行他法？遼東及其附近，有相當多數量的蒙古部落，對他們采取什麼樣的方針和政策，滿、蒙、漢之間的關係，是什麼樣的布局？遼東地區人丁大減，民不寧居，田地荒蕪，社會混亂，怎樣安定，怎樣恢複？明廷大調兵馬，廣修城堡，搶運糧草，趕製火器甲仗刀箭，力圖挽救遼東危局，守住寧遠、錦州，確保山海關內安全，並屢派密使，潛入遼東州縣，聯絡反金人員，策劃武裝反抗和大批外逃，以擾亂金國，牽製其兵力，進而伺機出兵，收複失地，此情此策，如何對付。
特別是遼東漢民的激烈反抗，怎樣處置？自從天命六年三月後金軍進駐遼東以後，八旗貴族官將大量掠民為奴，擴大奴隸製剝削範圍，激怒了長期反抗封建製度的遼東軍民，他們不顧汗、貝勒的殘酷鎮壓，鋌而走險，英勇鬥爭。
就在三月二十一日遼陽失陷金兵奪據全城的惡劣處境下，廣大遼陽城民便針對後金貪婪搶掠的惡習，“放火焚家，鍋、甕、窗紙，盡皆毀壞”，以示抗議。
鎮江古河屯民陳大等，“不受偽命”，刺殺後金所遣招降金州、複州、海州、蓋州四衛的寬奠參將陳堯道、守備郭彥光、呂端，“聚集三千人，歃血共盟”。馬虎山任九、錫頭山金國用、馬頭山崔天泰、卓山王思紹等，以及“東山礦徒”，不肯降金，“各聚眾以待大兵(明兵)”。蓋州生員李遇春等，聚“礦徒二千餘人以守”，擊殺後金所派勸降使者。
遼東兵民大批出走，逃離金國轄區，避居沿海島嶼及進入朝鮮的，有數十萬人，逃入關內的更多，天命七年，已達二百八十餘萬人。
反金的武裝鬥爭，風起雲湧，綿延不斷，五年內(1621—1626)，已經發生和正在積極準備進行武裝反抗的州縣有遼陽、海州、鞍山、耀州、蓋州、複州、岫岩、靉河、新城、金州、鎮江、清河、撫順等地，基本上遍及後金全部轄區。遼民還采用了其他方式進行鬥爭。有的秘密投放毒藥，欲圖毒死汗、貝勒和八旗官兵；有的違犯禁令，私藏兵器，不按規定上繳武器，為興師起義作準備；有的蔑視汗諭，收留逃亡的兵民和阿哈；有的想方設法，打死為非作歹的八旗官兵，懲治欺壓人民的暴徒。
正是由於遼東兵民和滿族阿哈強烈反對野蠻的奴隸製和八旗貴族的奴役，“不定居，常逃走，從事奸細”，頻繁起義，大批逃亡，造成了“叛逃甚多，亂”的局麵，使得後金國中城鄉不寧，境內混亂，嚴重地威脅到後金的統治。
麵臨著複雜的危險局勢，努爾哈赤果斷地確定了承認遼東漢民原有的封建製、陸續縮小滿族奴隸製並促進其向封建製過渡的方針，及時地推行了“各守舊業”和“計丁授田”等過渡性質的新政策。
天命六年四月初一，即金軍攻下遼陽後的第八天，努爾哈赤諭勸海州、複州、金州民歸降時，正式提出了對待遼民的“各守舊業”政策。他下達汗諭說：對經過“死戰而得獲之遼東城民，尚皆不殺而養之，各守舊業”，使遼民“皆各出其力，經商行賈，美好水果，各種良物，隨其所產，此乃長遠之利矣！”過了一個月，他在諭勸鎮江民降順時又指出：不會因鎮江民殺死遣往勸降的後金官員，“而將此處之民俱皆殺戮，此處所出口糧盡皆丟棄”。“我方以民缺少為恨”，遼民應快歸順，則“各守其宅，各耕其田”。此後又多次重申這一政策。
按照這一政策，遼東兵民可以各自保有自己原來的祖業，各自從事先前從事的行業，因此，地主的田地房宅仍舊歸其所有，他人不得侵占，原來經商開店的，照樣能夠購進貨物，打造器具，出售獲利，富家大戶仍舊可以雇傭工人，招佃耕種，收取租穀，而原來的佃農，還得租種地主莊田，雇農仍為東家效勞，幫工、學徒依然要在老板作坊店鋪中出力。這就意味著，遼東地區的新主人金國英明汗努爾哈赤，承認了這個地區過去各行各業的舊傳統、舊的產權形式、舊的經營方式，即承認了遼沈地區漢民中的封建生產關係可以延續，並保障封建製，甚至還在一些地方恢複封建製的剝削方式。
緊接著，努爾哈赤又宣布實行“計丁授田”政策。天命六年七月十四日，努爾哈赤頒發分田汗諭，命於海州地方取無主之田十萬日(一日為田六畝或十畝)、遼東地方取田二十萬日，分給八旗兵丁和漢民，一丁給與種穀之田五晌植棉之田一晌，“均行給與”，“乞丐、僧人皆分與田，勤加耕種”。同年十月初一日，他又降諭漢民說：遼東五衛之人和海州、蓋州、複州、金州四衛之人，令種無主之田三十萬日。此後，多次將田地授與滿漢人丁。在授與漢民的土地上，基本上是延續了過去遼民的封建生產關係。