努爾哈赤在“各守舊業”、“計丁授田”的基礎上，沿襲了明朝政府的封建賦役製度，並作了一些必要的修改。在七月十四日的分田諭中，努爾哈赤曾規定，領受田地的漢民，需“三丁耕官田一晌”，“每二十丁，征一丁當兵，以一丁服官役”。但這種耕種官田的勞役地租剝削方式太古老了，根本不適合於已經長期封建化的遼東地區，無法推行，乃改訂新法。
天命六年八月十七日，努爾哈赤下令：“從速逼迫催征依照舊例征收官賦之穀草”。九月十六日又諭令管理漢民事務的八遊擊、二都司，“官賦征收之穀，須並征以草”。十二月初十日，他再下汗諭，指責蓋州副將劉興祚說：“依照舊例征收之穀、銀、炭、鐵、鹽等官賦，何故不從速催督遣送”，責令劉遣派兵士，“催征依照舊例征收之賦”。這個“舊例”，就是明朝政府在遼東征收封建賦稅的規定。
由於金國一向采用以丁為主要的計算單位，因此，努爾哈赤在保留明朝政府征收封建賦稅的基本項目和正額數量的條件下，滲進了入駐遼沈前的傳統作法，實行計丁征賦僉役製。天命六年十一月十八日，努爾哈赤下達給漢民的“文書”說：遼東的“各種貢賦”，原來皆以戶計，結果“富人給財而免役，窮人無財而應差”，現改用“我之舊製”，“以丁計算”，男丁二十人征兵一人，遇有急事，每十人出一人服役，“若係緩事，百人出一人服役”。當兵之人所需“乘十兩之馬，以及攜帶之器具”，令二十人承擔置辦。天命八年二月，“一年一丁之征取官賦者，賦穀、賦銀、飼養軍馬之料，合共三兩”。
對於滿族的諸申，除了按丁交納官賦以外，還要當兵應役，大體上是三丁征一為兵，遇有重大戰爭，比例更大一些。天命六年十一月，努爾哈赤下諭，每牛錄增披甲五十，分駐遼陽、海州。天命七年正月征廣寧，努爾哈赤命令每牛錄出一百甲從征，以五十甲留守。按一牛錄一百五十甲計，是二丁抽一為兵。其他築城、運糧等，也常僉諸申赴役。
由於包衣阿哈猛烈反對奴隸主的野蠻奴役而大批逃亡，努爾哈赤既下汗諭，命令阿哈必須“以主為父”，“不萌賊盜奸詐凶暴之念”，“盡力從事阿哈之事”，以免被主責罵拷打；同時，又懲辦了一些殘酷虐待阿哈、打死阿哈的奴隸主，不許主人任意殺害阿哈④。這對促進滿族從奴隸製向封建製過渡，起了一定的作用。
天命六年，努爾哈赤進駐遼陽明遼東經略衙門以後，即定下了大量任用漢官的政策。二十四日，他下令“釋遼陽獄中官民，查削職閑住者，複其原職。設遊擊八員、都司二員，委之以事”。努爾哈赤這樣做，是十分正確的。因為，以汗、貝勒為首的滿族貴族人數並不多，五、六萬金兵，隻能聚居在遼陽、沈陽、廣寧及少數軍事要地，其他州縣和廣大鄉村，則難以一一分兵屯駐，兼之，言語不通，文字相異，服飾有別，習俗不同，無法了解遼民心情，不易查獲叛逃密謀，也很難逼迫漢人納糧貢賦當兵服役。在這樣條件限製下，沒有漢族地主階級代表人物的支持，汗、貝勒是很難在遼東站穩腳跟的。努爾哈赤就曾專門召集漢官對他們說：“爾等之國人，可信者，不可靠者，爾等知之矣。”
努爾哈赤特別注意收羅和起用明朝的罪臣、廢官及中下武將和官吏。他在六月初八日對督堂下達專諭，指示不用明朝大臣，而應擢用願為金國效勞的小官小吏，因為，原係明朝大臣之人，“一向為官，不為我等效勞”，於金無益，而那些微員小吏偏裨末弁，以及罪臣閑官，或因少讀詩書，唯圖漁利，貪贓枉法，謀升官職；或是官場失利，打入獄中，心懷不滿，因而有可能背叛舊君，投靠新汗，“歸向我等”，“諂諛於我等，出其力，致其才”。所以，他任用的漢官，“一半在明朝時得獲死罪，關在獄中，一半失去官職，一無所有，又皆戰陣所獲而養之也”。
努爾哈赤在給“明國眾遊擊官”下達的汗諭中，對他們提出了四個方麵的要求，一是責令降金漢官“勤守各種法令”，即貫徹執行要求阿哈耕田交穀、強迫漢民種地守法、納糧當差、不得叛逃等等法令和汗諭。二要漢官“為汗之眼，觀察眾人；為汗之耳，用以聽眾，諸凡各事，皆詳加督察。”即要他們偵察漢民對待汗、貝勒的態度，有無叛逃密謀，隨時上報，為努爾哈赤製定的“平盜賊，止惡逆”政策服務。三為諭令漢官“公正審斷”，以維護後金國的統治。第四是諭勸漢官不要“科索下人”，以免激化矛盾，招致遼民更加猛烈地反對金國的統治。
努爾哈赤多次宣布，對盡忠效勞的漢官，要破格提升，要“嘉賞賜財”，要“賞以功，給與為官”，要使他們“終身享受”，而且功臣的子孫可以世代承襲祖、父的官職。原明撫順遊擊李永芳，初升三等副將，從征遼陽後晉三等總兵官。明商人佟養性初授三等副將，破遼陽後晉二等總兵官。開原人劉興祚，降後初任備禦，下遼陽後，進至副將，其侄亦為海州參將。
這些措施產生了很大的影響，金軍進入遼東初期，不少明朝官、將、生員降順新君，獻計獻策，告密送信，催征賦稅，遷民分地，查點丁口，追捕逃人，對鞏固金國的統治起了相當大的作用。
努爾哈赤利用攻克遼東大敗明軍的有利條件，進一步加強了爭取蒙古來歸和建立滿蒙聯盟的工作，取得了顯著效果。天命六年十一月，蒙古喀爾喀部古爾布什、莽果爾台吉率部民六百四十五戶來歸。七年二月十六日，蒙古科爾沁的兀魯特部明安、兀爾宰圖等十六貝勒，以及喀爾喀部石裏那克等貝勒，率所屬三千餘戶，前來歸順。喀爾喀五部又有一千二百戶來投。努爾哈赤分別封授官職，賜予皮裘緞布匹銀器及“房田奴婢牛馬糧粟”，“凡所用之物，俱賞給之”。對一些人多勢強的貝勒、台吉，還讓他們與金國汗、貝勒聯姻婚娶，共享榮華富貴。努爾哈赤封古爾布什為一等總兵官世職，以第八女聰古圖公主嫁與為妻，尊稱額駙，給與女真一牛錄、蒙古一牛錄。授莽果爾總兵官世職，嫁以族弟濟白裏之女。布顏代，初授二等參將世職，娶公主為妻，封額駙。努爾哈赤授嶽父明安三等總兵官世職，給予特別優遇。明安之子多爾濟亦娶公主，為額駙。很早就來拜謁的蒙古喀爾喀部的巴約特部恩格德爾台吉，也娶了努爾哈赤的侄女為妻，尊稱額駙，歸順後，又授三等總兵官世職，盟誓賜誥，賜予十四個拖克索、“近身役使和伐木運水”的男女四十對，以及大量金銀財帛。其子索爾哈娶努爾哈赤之孫女為妻。
努爾哈赤還專門下達文書，給予來歸蒙古諸貝勒，宣布要“無差別地對待親生兒子與仰慕而來之諸子”，並指定他們分別與汗、貝勒“結成親家”，以便“很好地恩養”他們。當齋賽之家送其二子一女為質並帶馬二千匹、牛三千頭、羊五千隻來贖齋賽時，努爾哈赤很寬厚，同意提前釋放。他率領四貝勒皇太極、二貝勒阿敏，與齋賽對天盟誓，宣布如騙取牲畜而不送還齋賽，則“將遭殃致死”。齋賽也發誓要“以收養之父(指努爾哈赤)為父”，“以諸弟為弟”，若回部之後變心負盟，則“遭殃致死”。努爾哈赤厚賜齋賽皮裘弓矢鞍馬甲仗，命諸貝勒送至十裏外，設宴餞別，將其所質之女，給與大貝勒代善為妃。努爾哈赤命諸貝勒又與科爾沁部鄂巴等貝勒盟誓，“願同心合意”對付察哈爾。這些政策和措施，吸引了許多蒙古貝勒、台吉率部來投，編入八旗，擴大了軍隊，增強了戰鬥力，與喀爾喀、科爾沁建立了比較鞏固的友好聯盟關係，對後金國與明作戰、與察哈爾林丹汗作戰，提供了有利條件。鑒於各貝勒的勢力強大和難以挑選合適的嗣子，努爾哈赤於天命七年(1622)三月宣布今後要實行八和碩貝勒“共治國政”的製度，並采取了一些措施，逐步為這一製度的完全實行創造條件。
努爾哈赤雖然是一位“聰睿英勇”的開國君主，解決了不少似乎無法解決的難題，進入遼沈後又迅速認清了新形勢，及時地采取了“各守舊業”、大量任用漢官等政策，收到了一定的效果，但是由於大奴隸主、大農奴主的階級局限性和曆史條件的製約，他不能堅持和徹底推行符合遼東需要順應時代潮流的正確政策，並且由於一向攻無不克、飛躍前進而有些飄飄然了，驕傲專橫，剛愎自用，因而從天命八年以後，犯了不少錯誤，幹了一些蠢事。首先是，他不該從“恩養尼堪”轉變為大殺遼民。
天命八年(明天啟三年，1623)六月，聽說複州漢民人數增加，接受明國“派來之奸細和劄付”，將要叛逃，努爾哈赤派遣大貝勒代善、齋桑古、阿濟格、杜度、碩讬等貝勒，率兵兩萬，前往鎮壓，將男人全部殺光，帶回大量子女、牲畜。天命九年正月，努爾哈赤連下九次汗諭，遣派大批八旗官兵，在金國的大部分轄區，查量漢民糧穀，凡每人有穀不及五金鬥的，定為“無穀之人”。努爾哈赤辱罵“無穀之人”是“不耕田、無穀、不定居於家，欲由此地逃往彼處(明國)之光棍”，諭令八旗官兵“應將無穀之人視為仇敵”，發現其“閑行乞食”，立即“捕之送來”，並於正月二十七日“殺了從各處查出送來之無穀之尼堪(漢人)”。天命十年十月初三日，努爾哈赤下達長諭，指責漢民“窩藏奸細，接受劄付，叛逃不絕”，曆數鎮江、長山島、川城，耀州、彰義站、鞍山、海州、金州等地漢民武裝反抗事例，宣布要斬殺叛逃之人。他命令八旗貝勒和總兵官以下備禦以上官將，帶領士卒，各去自己轄屬的村莊，“區別”漢民，凡係抗金者，一律處死。各將遵令，“分路去，逢村堡，即下馬斬殺”。時有遼民幾盡殺光之說，滿漢關係極度惡化。
努爾哈赤還在十月初三的“汗諭”中，命將未殺的“築城納賦”之“小人”(即勞動者)，全部編隸汗、貝勒的拖克索(莊)，每莊十三丁、七牛，耕地百晌，八十晌莊丁“自身食用”，二十晌作“官賦”。編丁隸莊後，總兵官以下，備禦以上，“每備禦各賜一莊”。這樣一來，原來“計丁受田”的漢民，失去了“民戶”的身份，淪落為奴仆性質的“莊丁”，被迫繳納數倍於“計丁授田”之丁上交的丁賦，人身奴役加重，剝削更為厲害。遼東地區的大多數漢民(即除去原係阿哈的漢民以外)，從“計丁授田”的後金國“民戶”，下降為繳納高額地租、慘遭莊主壓迫的封建農奴，嚴重地加深了遼民的苦難，農奴製莊園惡性擴展，遍布後金轄區，這是很大的倒退。
從天命八年六月鎮壓複州兵民起，努爾哈赤在對待漢官的問題上有了很大的變化，放棄了原來拉攏漢官、大量任用漢官的正確政策，錯誤地對他們產生了懷疑，采取了疏遠的態度。進入遼沈初期，不少降金漢官竭力效忠金汗，征田賦，僉漢兵，派役夫，運官糧，築城池，清點人丁，查獲“奸細”，捕捉逃人，勸誘遼民聽從新君的命令，做了許多事。但是，由於遼東軍民痛恨後金苛政，猛烈反抗，明又不斷派遣密使勸說漢官棄金投明，有些漢官就猶豫了，擔心金國汗、貝勒不能久駐遼沈，因而或與明臣書信往來，以留後路，或暗訂密約，伺機叛逃。努爾哈赤不從改革弊政、減少殺戮、緩和矛盾以平息民怒穩定局勢這一根本上著手，卻改變策略，懷疑漢官，疏遠漢官。當努爾哈赤決定派兵屠殺複州兵民時，“撫順額駙”李永芳諫阻說：“所謂複州之人叛者，非實也，恐係人之誣陷矣。”李之本意是應當慎重，核實情況後再發兵，這原是無可非議的。可是，努爾哈赤卻大發雷霆，厲聲指責李永芳等漢官“以明帝為長久，以我為短暫”，“心向明國”，蔑視金汗，竟革去他的總兵官職，捕其子來審訊，後雖複官，但也不似過去那樣信任和重用了。這樣一來，漢官人人疑懼自危，持有二心，不敢直諫，妨礙了努爾哈赤對遼東漢民情形的深入了解和正確處理，影響了滿族貴族與遼東漢族地主階級的聯合，加劇了遼東的動亂。
努爾哈赤在天命八年處理八旗貝勒和高級官將的問題上，也做了一些錯事。三月，曾為建立後金國馳騁疆場征戰三十餘年的開國元勳扈爾漢，向養父努爾哈赤上書，承認過失，乞父寬恕，懇求再次起用為國效勞，努爾哈赤卻大擺君主威風，再譴其非，不予考慮，使這位叱吒風雲威震遼東功勳卓著的總兵官，憂悶病重，九個月後含恨去世，其子渾塔還降級襲職。五月，創製滿文、被譽為“一代傑出之人”的大巴克什額爾德尼，僅因細故，夫婦兩人被努爾哈赤無辜冤殺，家被抄沒。六月，原哈達國主蒙格布祿貝勒之子、努爾哈赤的親女婿烏爾古岱，因被漢官訐告收其金銀，盡管缺乏根據，卻遭議處死刑，後雖免斬，仍被革去具體處理軍國大政的督堂要職，從總兵官降為備禦。努爾哈赤還因此案痛責“愛子”四貝勒皇太極和嶽讬、濟爾哈朗、德格類三位貝勒。這一重大案件，在八旗貝勒、大臣中引起了強烈的反響。
努爾哈赤晚年犯的這些錯誤，嚴重地破壞了遼東生產。這一曾經是“田人富穀，澤人富鮮，山人富材，海人富貨”，“家給人足，都鄙廩庾皆滿，貨賄羨斥”的富饒地區，竟弄得人丁銳減，田園荒蕪，廬舍殘破，百業凋敝，社會混亂，民不寧居，饑荒頻仍，物價飛漲，甚至出現了“人相食”的悲慘局麵。
明天啟五年(天命十年，1625)，努爾哈赤著手進行大舉征明的準備工作。正月，聞聽明遣兵一萬，由海上至旅順，修葺城堡，屯駐兵士，努爾哈赤命三貝勒莽古爾泰和阿布泰、巴篤禮二總兵官，領兵六千往攻，克城，擊敗明兵，毀城而還。
三月初三日，努爾哈赤召集八旗貝勒、大臣商議，欲遷都沈陽，諸貝勒、大臣以“恐食用不足，力役繁興，民不堪苦”為由，乞請不遷。努爾哈赤斷然拒絕眾議說：“沈陽四通八達之處，西征明國，從都爾弼渡遼河，路直且近。北征蒙古，二、三日可到。南征朝鮮，自清河路可進。”他堅持己見，遂議定遷都沈陽。
天命十一年正月十四日，努爾哈赤率領諸貝勒，親統八旗勁旅，號稱十三萬大軍，征討明國，發動了明金(清)之間的第四次大決戰。
正月十六日，軍抵東昌堡，十七日渡遼河，“於曠野布兵，南至海岸，北越廣寧大路，前後絡繹，首尾莫測，旌旗劍戟如林”。大軍鋪天蓋地，直向明國殺去。這時，身任兵部尚書、遼東經略要職的閹黨黨羽高第，膽小怕死，嚴令從錦州、右屯衛、大淩河、小淩河、杏山、鬆山、塔山等城撤防，盡驅屯兵居民入關，焚燒房舍，遺棄米粟十餘萬石，搞得錦州等城兵民“死亡載途，哭聲震野，民怨而軍益不振”。因此，金兵未遇任何抵抗，“如入無人之境”，二十三日即抵達寧遠城郊。寧遠隻有明兵萬餘，被金兵重重圍困，孤懸關外，與外界的所有聯係均已中斷，“中外謂寧遠必不守”。
努爾哈赤遣被俘漢人入城，諭告城主寧前，袁崇煥說：“吾以二十萬眾攻此城，破之必矣，爾眾官若降，即封以高爵。”遭袁嚴辭拒絕。正月二十四日，努爾哈赤下令，全軍猛烈進攻。袁崇煥率領兵民拚死反抗，“槍炮藥罐雷石齊下”，十數門大炮不斷燃放，“周而不停，每炮所中，糜爛可數裏”，又將被褥裹上火藥，卷成一捆捆，投擲城下，發下點燃的火箭，“火星所及，無不糜爛”，擊斃燒傷了大量金兵。努爾哈赤連攻兩天，未能克城，傷亡慘重，“攻具焚棄，喪失殆盡”，無可奈何，乃遣三等副將武納格率蒙古兵往攻寧遠南十六裏明軍屯貯糧草的覺華島，盡殺守兵七千，焚燒糧草千餘堆和二千餘隻船。二十七日，努爾哈赤率軍撤圍，於二月初九日回到沈陽。著名的寧遠之戰，以明軍的勝利金兵的失敗而結束。
努爾哈赤死於天命十一年（公元1626年9月30日），終年六十八歲，諡號承天廣運聖德神功肇紀立極仁孝睿武端毅欽安弘文定業高皇帝。葬福陵，又稱東陵（在今沈陽東北）。
八旗旗幟
八旗製度是清朝的一種社會組織形式。平時耕獵為民，戰時應征為兵。源於滿族的牛錄製。努爾哈赤將原來牛錄這一臨時性的生產和軍事組織，根據戰爭的需要，改編成長期的正式組織。規定三百人一牛錄，每牛錄設一牛錄額真（值領），五牛錄設一甲喇額真（參領），每五甲喇構成一個固山，即旗，首領為固山額真（都統）。1601年，努爾哈赤建立黃、白、紅、蘭四旗，1615年又增設鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲蘭四旗。合稱滿洲八旗。努爾哈赤指定其子侄為代表，分統八旗，稱為“固山貝勒”。1635年，增進蒙古八旗，1642年，增加漢軍八旗。合為二十四旗，但仍習慣稱為八旗。八旗製度具有軍事、政治和生產職能。八旗成員稱“旗人”。清朝滅亡後，八旗製度也隨之消亡。