在審理適用公司人格否認製度時，舉證責任分配亦是法官自由裁量權的裁量範疇，其關係甚大，舉證責任分配給不同的主體，直接影響案件的訴訟結果。由於我國並沒有單列的《證據法》，立法的缺失導致自由裁量的空間隨之增大，加之公司人格否認製度本身所具備的特殊性，舉證責任的一般原則和倒置原則均不能簡單的適用。舉證責任分配的一般原則為“誰主張，誰舉證”，就是案件當事人應對自己提出的主張提出相應的證據，否則將承擔因此而導致的不利後果。隨著社會的發展，新類型的案件不斷增多，基於公平原則和當事人舉證能力考慮，民事訴訟中亦規定了舉證責任倒置的特例。
（一）舉證責任分配的一般原則和倒置原則的局限性
1.一般舉證原則的局限性
公司人格否認製度的設立，是基於公司股東濫用公司獨立人格和股東的有限責任而嚴重損害債權人的利益。公司人格否認製度又稱為揭開公司麵紗製度，顧名思義，股東的種種作為都是在公司的“麵紗”之後，以公司的名義或在公司內部所進行的暗箱操作，其根本目的就是為了躲避債務，具有很大的隱秘性。提起否認公司人格訴訟的債權人，受到地位和能力的局限，難以掌握到第一手的有關股東濫用權利的證據材料，舉證能力明顯的處於劣勢。因此，在公司人格否認之訴的案件中，如果實行“誰主張，誰舉證”的原則，讓原告承擔證明被告存在濫用公司法人格行為的責任顯失公平，也違背了司法應“保護訴訟法律關係中的弱者”的原則。
2.舉證責任倒置的原則局限性
民事訴訟中舉證責任的倒置有其特定的含義，是指按照法律要件分類說在雙方當事人之間分配舉證責任後，對依此分配結果原本應當由一方當事人對某法律要件事實存在負舉證責任，轉由另一方當事人就不存在該事實負舉證責任。在公司人格否認訴訟中，如果適用舉證責任倒置的原則，那麼作為被告的公司及其股東將對其經營活動中所有可能存在股東濫用權利的情形進行舉證。能夠引發否認公司人格的情形涉及麵很廣，有些情形如果證明其不存在股東濫用權利的證據，即便是公司或股東收集都將是非常複雜和困難的，需要投入大量的時間和精力。公司的業務繁雜冗多，每一筆業務的發生、每一筆投資的實施、每一次公司合並與分立等，都有可能成為公司股東濫用權力的淵藪。如果采取舉證責任的倒置，那麼將極大地降低公司人格否認訴訟的門檻，必將導致濫訴的現象發生，從而引發道德危機。如果造成這種局麵，將嚴重撼動公司的法人人格獨立和有限責任的公司法的基石，與慎用公司人格否定的司法理念相背離，違背公司人格否認製度設計的初衷。
（二）公司人格否認之訴中證明責任分配的裁量準則
1.舉證責任分配之自由裁量權的規製
公司人格否認訴訟中的證明責任並不能籠統地適用“誰主張，誰舉證”或是舉證責任倒置原則，而應當進行證明責任分配。最高人民法院2001年12月推出的《關於民事訴訟證據的若幹規定》是關於民事訴訟證據最重要的司法解釋，該規定雖然隻是司法解釋，但與最高人民法院的許多司法解釋一樣實際上具有製度構建的成分。在這方麵的規定為：“在法律沒有具體規定，依本規定及其他司法解釋無法確定舉證責任承擔時，人民法院可以根據公平原則和誠實信用原則，綜合當事人舉證能力等因素確定舉證責任的承擔。”該條所規定的適用前提條件是“法律沒有具體規定，依本規定及其他司法解釋無法確定舉證責任時”，完全符合公司人格否認訴訟的相關情形。除了一人公司的財產混同明確由該公司負有舉證責任外，其他均無法律明確規定。該條文又屬於原則性規定，法官可以根據公司原則和誠實信用原則，綜合當事人舉證能力等因素確定證明責任的承擔，賦予了法官決定證明責任分配規則的自由裁量權。我國學者就如何製約法官分配舉證責任的自由裁量權，提出了各種主張。而在否認公司人格訴訟中，分配舉證責任所應當掌握的原則是既不能給原告分配給所有的舉證責任，也不能完全使用舉證責任倒置。因為前者會使原告方往往因不可能掌握這方麵證據而造成舉證不能，隻能承擔敗訴的後果，有違公平原則；後者則容易引發道德危機而導致濫訴，有違誠信原則。而以綜合當事人的舉證能力來分配舉證責任，又會讓分配者考量利益平衡等因素，實際上就給予了法官更大的自由裁量餘地，這樣的分配更不會讓當事人所接受，當事人會把不滿拋給法官。