格式合同和格式條款的出現，是社會經濟發展到一定階段的產物，其對經濟活動的促進作用是明顯的，能夠大量節約交易成本和時間。但同時，格式條款的存在，使得在締結合同時存在締約能力的不平等或者締約環境的不公正現象。具體表現為具有優勢地位的一方往往通過格式條款將自己的意思強加給對方從而使協商一致的合同基礎發生動搖，損害對方的利益，存在著一定缺陷：
（一）格式條款是對契約自由原則的背離
所有權絕對、過錯責任和契約自由是近代私法的三大原則。契約自由原則的實質是指契約的成立以當事人的意思表示一致為必要，契約權利義務僅以當事人的意誌而成立時，才具有合理性和法律上的效力。學者們公認，合同自由表現為合同是雙方當事人意思表示一致的行為。當事人意思表示一致又具體表現為兩點：其一，當事人可以完全獨立的表達其真實的意思；其二，當事人之間存在協商或至少是可以進行協商。格式條款的使用違背了以上兩點，也就背離了整個契約自由原則的要求。格式條款對契約自由的背離集中體現在如下兩個方麵。
1.相對人意思表示的非真實性。契約自由原則要求合同締約的雙方都能真實表達自己的意思。在格式條款中條款提供人的意思是得到了真實的表達，但對消費者人來說，很多時候所謂自願的選擇隻是一種“無奈的自願”。這時從表麵上看，相對人的行為也是自願的，誰也沒有對其強迫，但是否是其真正的意思表示就值得商榷了。
2.相對人缺少決定合同內容的自由。雙方協商決定合同的內容和方式是契約自由的最終外在表現，但格式條款接受方不可能有參與條款內容、方式協商的機會。如在上文中所提到的例子，當事人隻能選擇：要麼同意，要麼走開。
（二）格式條款是對契約正義原則的違背
通過以上分析我們不難看出，格式條款背離了契約自由，但問題並不止於此，一些格式條款的提供者利用自己的有利形勢，製定許多片麵利己條款，嚴重違背了契約正義。正如德國學者羅伯特指出的那樣：“一般交易條款曾被廣泛地用來規避法律規則，製作由對方承擔一切風險和不利益的契約形式，而對方當事人則通常無力抗拒這種單方麵的風險轉移。”我國著名民法學者王利明教授也認為，格式條款製訂一方可能利用其經濟優勢形成諸多不公正條款，並且格式條款的製定者在合同條款中常常排除法律規範的適用。合同製度包括網絡格式條款作為民法的一個重要組成部分當然也應貫穿著社會正義的要求，正是格式條款對契約正義的違背才成為我們對其進行規製的最深層的原因。
將契約正義的要求與網絡格式條款的具體情況相比較，我們不難發現它們之間存在很多潛在的衝突，具體體現在以下諸多方麵：如網絡格式合同的製定者往往規定有利於自己而不利於相對人的合同內容，免除或限製合同製定者的責任，加重相對人的責任，不合理地分配合同風險，甚至限製和剝奪相對人行使權利。而且，對於格式合同製定者的免責條款，限製對方權利條款，一般消費者往往不注意，不知道其存在；或者因為此類條款冗長、字體細小，不易閱讀；或雖然閱讀，因專業性強、文義艱澀難懂，難以理解其真正意義。即便是消費者有時明知存在不公正條款，但迫於某種需要，如急於使用網上銀行支付，因為沒有選擇的機會，也隻好表示接受，隻能屈從於可能連自己都不太明了的由服務提供者提出的合同條款。如“因網站或網站個別工作人員的過失造成消費者個人資料的丟失或泄漏，網站不負責任。”這樣的交易雖然仍舊是方便的、快捷的，但早已背離了人類公平價值的初衷，早已背離了法律的正義價值。