第四，有利於節省司法資源。許多國家都麵臨著司法係統超負荷工作的問題。我國刑事案件也在逐年增加。“而刑罰的運行和適用是有成本的。從物質上講，對犯罪進行懲罰，公檢法機關要進行偵查、起訴、審判。作出有罪判決後，還要投入監獄進行勞動改造，這種司法體製的運行需要很高的成本。從精神上講，如果濫用重刑或者泛刑，會對社會帶來很壞的影響。除刑罰成本外，還有訴訟成本，在訴訟活動中要投入、動用很多訴訟資源。”如果在偵查、起訴或者審判任何一個階段適用恢複性司法程序，被害人與犯罪人都不需要物質和精力上的特殊準備，犯罪人對協議結果大多能主動履行，一般不會引起上訴和再審，避免了纏訴。這樣就實現案件繁簡分流，提高訴訟效率，節約司法資源，使得司法機關有更多的人力、財力和物力去處理給國家安全和社會秩序造成嚴重侵害的重大刑事案件。若適用非監禁刑，又可緩解監獄的壓力。據有關資料顯示，美國每監禁一名犯罪人平均每年要投入司法資源73940美元，而每名假釋犯的監督費用每年僅為1328.06美元，假釋監督費用僅為監禁費用的1.796%。在中國，每監禁一名罪犯所投入的司法資源至少為1萬元人民幣。
盡管恢複性司法在很多方麵存在優勢，但仍存在瑕疵：
第一，有可能損害被害人權利。在恢複性司法程序中，賦予被害人決定犯罪人的責任形式。有的國家如美、加、英等國的刑事司法機關在決定是否對犯罪人判處緩刑及是否對犯罪人進行假釋也往往要征求被害人的意見，有的地方甚至還賦予被害人最終決定是否給予犯罪人緩刑、假釋的權利。這樣被害人就要麼被認為有較強的複仇心理，要麼麵臨來自犯罪人的威脅和收買的危險。也因此致使被害人不能真實地表述“自願”。《德國刑法》第46條a規定：“倘若犯罪人有下列情形：一、有所努力以達成犯罪人與被害人之間的協商，對於他的行為全部或是優勢部分加以再恢複或是對於再恢複嚴肅地嚐試者；二、在一個因損害恢複而要求其重大的個人義務履行之情形，對被害人全部或優勢部分給予賠償，則法院依第49條第1項減輕刑罰，或當最高刑為一年以下有期徒刑或是最多折抵為361天數的罰金時，予以免除刑罰”。聯邦最高法院對一案件的改判，表明其態度是否適用第46條a的規範，不單單取決於被害人的決定，而是隻要有嚴肅地嚐試再複原的努力，即使被害人有相反意願，亦不能阻礙該條的適用。但在另一個案件的處理上邦法院卻拒絕適用《刑法》第46條a之規定。邦法院的理由是：被害人因擔心拿不到賠償才與被告人訂立了和解協議；而且被告人清楚地知道，被害人急需金錢以支付醫生費用。上訴後，聯邦最高法院支持了邦法院的理解。這一案例表明，被害人必須出於一種內心的、自願的接納。聯邦最高法院在同一問題上的搖擺立場，足以顯示被害人的“自願”難以把握以及被害人的權利難以得到保護。
第二，有可能損害犯罪人的權利。正規刑事司法程序，圍繞犯罪人構建程序規則，刑事追訴活動必須符合正當程序的要求，如美國憲法第五修正案規定了犯罪嫌疑人享有沉默權，充分保障了犯罪嫌疑人、被告人的權利。而在恢複性司法中，其前提是犯罪人必須坦白、說出真相。但犯罪人有可能為了避免被關進監獄才選擇了恢複性司法程序，而刑事司法係統因不斷增長的辦案壓力又寄希望於通過恢複性司法減輕其辦案負擔，所以凡是不願“自願”選擇恢複性方式的犯罪人，都麵臨著在後來的正規司法程序中被從重處罰的壓力，從而不得不“自願”地選擇進入恢複性程序。
第三，可能會削弱刑罰的一般預防功能。德國學者伯恩特?許乃曼認為，恢複性司法有兩個方麵的消極作用。其中之一就是它可能會削弱刑罰的一般預防功能。因為根據罪刑法定原則，行為人事先即可知悉犯罪後果，而在權衡之後決定是否采取行動。如果行為人預計可以通過賠償來逃避刑罰，則可能更積極主動地實施犯罪。