一、產品質量不穩定
我國雜糧主要分布在中西部生態條件相對較差的高寒山區、幹旱半幹旱地區，這些地區屬我國經濟欠發達地區，由於當地農民科技文化素質低，缺乏商品意識，加之以戶為單位的分散管理和經營，雜糧生產仍處在零星種植、廣種薄收、粗放管理的落後狀況，實用技術得不到及時推廣應用。
二、雜糧食品加工業發展滯後
我國出口的雜糧產品有90%以上都是以原糧出口，市場上缺乏改善膳食結構需要的大眾加工食品。目前，我國雜糧加工業發展仍處於起步階段，加工水平和技術裝備與國外相比差距較大，企業創新能力弱，管理水平低；多數企業和農戶之間是買賣關係，訂單農業少且履約率較低；原料生產的品種品質結構不適應加工要求，分散生產與集中加工的矛盾突出，區域優勢發揮不充分，發展水平低與結構趨同並存。此外，農產品加工製品質量標準體係不健全，沒有建立有效的質量追溯製度，難以與國際接軌。
三、品種改良落後
雜糧營養豐富，是重要的營養、保健食品源。但由於雜糧產業開發未能引起政府足夠的重視，長期缺乏政府支持，研究基礎薄弱，研究力量小而分散，品種改良無經費，品種創新、改良工作遠遠滯後於產業發展需要，嚴重影響了雜糧產業發展。
四、市場秩序混亂
我國許多雜糧出口企業是在市場經濟刺激下逐步發展起來的，由於缺乏必要的行業管理，許多企業不信守合同，哄抬物價，惡性競爭，囤積居奇，給國家和農民造成嚴重的經濟損失，加之缺乏商品意識，不注重商品質量，影響了我國雜糧在國際市場上的競爭能力。
一、高粱精深加工存在問題及原因分析
我國高粱生產還處於無組織、無規模的生產階段，產業化程度較低；新品種推廣、良種基地和生產基地建設、產品開發的產業鏈條尚未形成；栽培管理技術比較粗放、市場體係不健全；產品加工水平低，加工技術滯後，科研經費投入不足；尤其是從事高粱科研的人員隊伍不穩定，科研創新能力下降。
二、燕麥精深加工存在問題及原因分析
目前，燕麥生產土地瘠薄肥力低，生產力水平低下；品種退化嚴重，造成品種間混雜嚴重，特別是通過皮、裸燕麥種間雜交育成的品種，皮燕麥率明顯增加，商品率降低；許多燕麥產區的農民科技文化素質低，缺乏商品意識，加之分散經營，燕麥生產還處在自由種植、廣種薄收、粗放管理的落後狀態。許多實用技術得不到應用，優良品種得不到推廣；深加工品種少，市場競爭力不強；研究人員少，經費不足。
目前開發天然純燕麥抗氧化劑所需的成本比人工合成抗氧化劑的成本高很多，所以至今仍沒能實現產業化的生產，使得燕麥抗氧化劑的應用範圍受到很大的限製。與發達國家相比，我國對燕麥麩皮進行深加工的狀況，無論數量還是品種，均存在巨大差距，但是對燕麥麩皮的研究起點和範圍並不落後，關鍵是有待相關市場的開拓，有待社會和經濟的進一步發展，有待科研和開發的進一步深入。
三、小米精深加工存在問題及原因分析
目前，我國小米加工產業麵臨的最大問題就是加工率低、加工技術水平有限。產品多以粗加工為主，產品附加值低，導致小米加工企業利潤低下，市場競爭力弱，在一定程度上限製了小米加工產業的發展。因此，今後應著力加強小米精深加工技術研究，開發優質米、營養米和強化米等，開展小米粉綠色製備技術、物性修飾技術和營養強化技術研究，使其營養成分更加完善、理想，進一步提高小米粉的營養保健功能。通過精深加工技術研究及產業化開發，提高產品附加值，提高小米加工產業的自主創新水平，最終保障行業的穩定健康發展。