老年的朱元璋內心深處充滿恐懼和懷疑，一種本能的自我保護意識從心底萌生，開始了一場史無前例的瘋狂殺戮。他的屠刀所指向的人群，就是當年與他一同打天下的好兄弟們。
洪武十三年，胡惟庸案發。胡惟庸是開國功臣李善長提攜的，早年隨朱元璋起兵，頗受寵幸，隨著他的資曆增加，擔任丞相後，開始驕橫跋扈，結黨營私，貪汙受財，最終被朱元璋誅殺三族。胡惟庸其人罪惡滔天，應該繩之以法，但朱元璋的病態心理遭受如此刺激後，就一發而不可收。處死胡惟庸後，朱元璋借機大搞株連，造成“胡黨”大獄長達十年之久，誅殺三萬多人，其中包括二十多個功臣，也累及開國功臣李善長全家被殺，宋濂全家被貶。
洪武二十六年，朱元璋又因有人密報大將藍玉居功自傲，圖謀造反，即刻將藍玉下大獄，處以極刑，並在之後的數年內又連累其親屬、朋友、同僚兩萬多人被誅殺。
一文一武，兩樁大案涉及明初諸多開國功臣，牽連數萬人性命，如此之多的無辜生命受到株連，彰顯的是朱元璋內心恐懼與病態。
除了這兩起重大規模的屠殺案，整個洪武年間朱元璋都在進行不斷的小規模屠殺，逐一清除功臣。根據《明史》記載，到他臨終前，幾乎把所有有功的大臣都殺光了：
開國大將徐達患疽瘡病，傳言被朱元璋賜食鵝肉，病發而死；（“達在北平病背疽，病篤，遂卒，年五十四。”）
平定雲南的大將傅友德，被賜死；（“因請田觸怒太祖，召還，次年賜死”）
平定廣東的大將朱亮祖，父子同時慘死在鋼鞭之下；（“被召入京，鞭死”）
大臣李仕魯在金鑾殿上辭職，被朱元璋當即命武士將其摔下殿堂，腦漿崩裂而死；（“帝大怒，命武士捽搏之，立死階下”）
廖永忠被誣偷穿龍袍而賜死於獄中；（“坐僭用龍鳳諸不法事，賜死”）
開國文臣之首宋濂被無辜牽連，全家流放，死於貶謫地；（“帝欲置濂死，乃安置茂州，十四年卒於夔，年七十二”）
征虜大將軍馮勝被處死；（“宋國公馮勝坐事誅”）
曹國公李文忠被毒死……
對於洪武年間的官員，實在是不寒而栗，許多官員早晨上朝時與家人泣而告別，不知今天生死如何，整個官場彌漫著恐怖氛圍，全然不是一個開國新朝的欣欣向榮之景象。
中國素有“飛鳥盡，良弓藏，狡兔死，走狗烹”的說法，曆朝曆代帝王在成就一番偉業後，為了穩固政權，都要清除重臣以絕隱患：越王勾踐破吳歸來，就賜死了頭號功臣文種；漢高祖劉邦平定天下，遂開始鏟除大將韓信、彭越等人；宋高宗穩定南宋國勢後，就將嶽飛下獄毒殺……
隻是，這些人都沒有朱元璋做得絕。相比於其他開國君主，朱元璋是最狠毒、最刻薄、最缺乏心胸的一個皇帝，也是人格精神最糟糕的皇帝。他當之無愧是以“濫殺”出名，手段之殘酷遠超於其他帝王。
明朝之前的時代，我們可以作出比較：唐太宗心胸最為寬廣，不僅沒有誅殺大臣，還能善用自己的政敵魏徵以及許多反對過他的人；宋太祖稍遜風騷，也是用“杯酒釋兵權”溫和方式解除諸多大將職務，保他們終身榮華富貴；秦始皇雖對外殘忍，但對自己的手下大將王翦、蒙恬等人一直信任，毫無誅殺功臣的曆史記錄；漢高祖以平民起家，是與朱元璋背景最為相似的一個，但他也隻是對個別功臣除之，並未株連他人，且厚待蕭何、曹參等諸多大臣。
反觀明太祖朱元璋，在他有生之年幾乎清洗了所有的功臣，文臣如李善長、胡惟庸、宋濂、劉基，武將更是多不計數，藍玉、徐達、馮勝、傅友德、朱亮祖、廖永忠等等諸多，且累計族人、親戚、朋友等達數萬人，抄家、發配、流放，造成上千件無辜冤獄。這種血腥赤裸裸的殺戮，無不映襯出朱元璋人格的病態，幾乎近於瘋狂。
明代人鄧士龍編撰的《國朝典故》中，有一個故事很好體現了朱元璋的心理：
皇太子朱標性格柔弱，為人仁慈，看到功臣們的悲慘下場，心中不忍，就勸諫朱元璋說：“陛下殺人太濫，恐傷和氣。”第二天，朱元璋把一根棘杖丟在地上，讓太子拿起來，太子麵有難色，不知何故。朱元璋告誡他說：“棘杖有刺紮手，你拿不住，我替你把刺都除掉，再交給你，不是更好嗎？”（“今所誅者，皆天下之險人，猶荊棘之能觸手也”）
在朱元璋眼裏，那些隨他打天下的功臣們就像是棘杖上的刺，隨時都會紮手，為了日後安穩放心，因此必須全部鏟除。
朱元璋雖是帝王，可早年的心理陰影無法抹去，自卑情節嚴重，在他成為君王之後被無限放大，甚至更加敏感。他內心深處藏有極大的報複感、虐待衝動、懲罰快感，甚至一點小小的細節，都造成精神上的極度敏感，惱怒不已，欲毀之而後快。
一次，朱元璋在京城街上微服私訪，聽見有一老婦人在背後稱他“老頭兒”，不禁大怒，召來士卒，一聲令下，將老婦人家打砸搶光，毀壞殆盡。
又一次，朱元璋於上元夜微服觀燈，見一燈上畫一婦懷抱西瓜，猜出謎底是“淮西”，於是憤恨不已，因為朱元璋是淮西人，江南人對淮西人的粗野頗為鄙視，一怒之下，朱元璋命大肆屠殺觀燈百姓，悲慘哀號聲不絕。
又有一次，朱元璋賜大將傅友德宴，命葉國珍陪飲，宴間，葉國珍命歌妓穿華麗衣服混坐，朱元璋大怒，下令將葉國珍與歌妓捆綁入獄，並殘忍地削去鼻尖，毀壞她們的容顏。葉國珍不服氣：“死就死，為何把我與這些妓女關在一起？”朱元璋惡狠狠地說：“你不遵守我的貴賤製度，所以我就用這些賤人來羞辱你！”（“爾不遵我分別貴賤，故以此等賤人辱之”），然後用鞭子使勁抽打。