朱元璋本人的自卑、猜忌、殘忍等心理狀態被擴大到整個帝國，對國家的製度、政治產生廣泛深遠的影響，這是不可估量的。但凡談到明朝，人們印象最深的莫過於它的“特務政治”，如幽靈般暗中監視著天下的子民們，一旦有風吹草動，便是一場血雨腥風。一次又一次的殺戮、抄家、罷免，讓人們不寒而栗。而作為這種意識的最直接體現，就是明朝最富有特色的“錦衣衛”、“東廠”、“西廠”等諸多駭人聽聞的特務機構了。
由於開國初期維護統治的需要，明太祖朱元璋將原本儀仗隊的錦衣衛改成了皇家的私人警察部隊。這種機構直接受皇帝本人控製指揮，專門負責偵緝刑事，打探消息，尤其是對朝中大臣官員，不需經過正規的司法機構審理，隻要懷疑其有某些“大逆不道”的行為，就可自行逮捕、刑訊，乃至秘密處決犯人（“錦衣衛，掌侍衛、緝捕、刑獄之事”）。錦衣衛屬隱秘的“非正規”皇家部隊，最大的特點就是滿足了明朝皇帝的多疑心理，行動神不知、鬼不覺。據說這些人都是百裏挑一的武功高手，常能悄無聲息地監視別人的一舉一動，對所有朝臣造成無形的壓力，形成恐怖氛圍。
據說，明初的大學士宋訥有一天在家中生悶氣，第二天上朝時，皇帝朱元璋竟然就知道了，還問他：“昨在家中為何事生氣？”宋訥大吃一驚，不知皇帝是如何知道的。朱元璋遂拿出一張畫像來，上麵畫的正是昨天宋訥生氣的樣子，此乃錦衣衛所作。
又有故事說，一位大臣在家中與親戚打牌，一不留神，莫名其妙少了一張牌，怎麼找也找不到。第二天上朝，朱元璋問他昨晚牌打得如何，大臣如實稟奏，朱元璋點點頭，認為他沒說假話，而後拿出一張牌來：“這張牌是不是你昨晚少了的？”大臣驚得是目瞪口呆。
這些錦衣衛四處監視大臣，探聽消息，隨意抓捕他們所認為的盜賊奸佞，然後秘密處決犯人（“盜賊奸宄，街途溝洫，密緝而時省之”），隻要誰觸犯了他們的利益、或是違背了皇帝的意願，就很有可能被秘密抓走，然後下獄殺害，甚至家人、族人也都要被牽連。特務政治在明朝開國時就極為盛行，由朱元璋一手締造，鬧得滿朝文武人心惶惶，即使平頭百姓們也小心謹慎。在朱元璋晚年通過錦衣衛製造的“胡惟庸案”、“藍玉案”的數年時間裏，全國上下籠罩在一片恐怖氛圍中，被無辜牽連的人達四萬之多，許多人隻是某個大臣的遠房親戚、久未謀麵的朋友，都被錦衣衛抓走，家破人亡。
到明成祖朱棣繼位後，這種恐怖手段得到了更大的利用。因為朱棣是靠政變奪取皇位的，當時不少大臣私下反對朱棣，朱棣害怕這些臣子們造反，遂利用特務政治加大對他們的打擊。朱棣將錦衣衛的“北鎮撫司”改為大牢，專門針對朝中大臣（“尋增北鎮撫司，專治詔獄”），北鎮撫司大牢裏長年關押許多無辜的朝臣、官員，許多人隻要進了大牢，就再也出不來，更多的人是慘死於獄中（“積骸滿獄，流血塗地”，“明錦衣衛獄近之，幽係慘酷，害無甚於此者”）。
終明朝一代，錦衣衛出了最多的“佞幸”之輩，這些人不是花言巧語的宦官，也不是不學無術的弄臣，他們個個都是身體健康、武藝精湛的武人出身，甚至立下過赫赫戰功，可是在掌握至高無上的特務監察權後，一個個變得居心叵測、貪婪凶狠，利用各種手段，嫁禍、陷害、誣告，打擊異己，清除大臣，成為滿朝文武唾罵的敗類。
比如明成祖朱棣時期的紀綱，他年輕時武藝超群，善騎馬射箭，當時還是燕王的朱棣看重他的膽識氣魄，收為帳下親兵。朱棣即位後，就任命紀綱掌管錦衣衛。紀綱由此一躍成為權焰熏天的權佞，變得愈發惡毒凶狠，在朱棣的授意下，專門探聽朝臣的隱秘，告發皇帝，並誣告陷害，導致許多無辜官員被殘殺（“綱刺廷臣陰事，被殘殺者不可勝數”）。因為皇子權力之爭，紀綱便陷害編撰《永樂大典》的名臣解縉，將他嚴刑拷打，株連宗族，最後竟然把這位大學士活埋在雪中凍死。飛揚跋扈的紀綱更不把朝中大臣放在眼裏，為了爭奪一名美女，把武陽侯薛祿打得腦漿崩裂而死，為了報複，紀綱誣陷浙江按察使周新謀反，將其處死……甚至到後來，紀綱權欲熏心，妄圖謀反，暗中製造數萬刀槍、鎧甲，最後被人揭發，被淩遲處死。