在美國參戰的19個月內，福特汽車公司的汽車生產並沒有停止。在戰爭時期更時髦的新T型車大受歡迎，而福特汽車公司1917年的汽車銷量也達到了735017輛，比上一年提高了50010.另外，公司於該年夏季推出的重型卡車（底盤重達一噸）成了軍隊的及時雨。福特卡車加入了歐洲戰場上的彈藥運輸車隊。
不過在和平共處的高地公園工廠，仍然存在一個問題，政府懷疑有德國人的支持者正在福特公司工作，公司中有政府派來的人，他們時刻提防著陰謀破壞活動。福特汽車公司的生產員工發現他們正在一種古怪的氛圍中工作，每一次無心的錯誤都會被嚴格審查以弄清是否是同盟國力量的蓄意破壞。更令人煩惱的是，強大的外部勢力還想讓福特汽車公司解雇傑出的卡爾·艾姆德。憑借製圖和工具設計方麵的天才，埃姆德對公司自由引擎項目的成功作出了極大的貢獻，但他的德國血統使他成了一個明顯的靶子。對一切德國事物的極端排斥是公司內政治壓迫的核心——德國人在每一個方麵都會遭受懷疑。
然而，公司所受到的特別注意實際上源自亨利·福特的另一種個人偏見。1916年，美國派遠征軍到墨西哥抓捕革命者潘丘·維拉，隨著約翰·潘興將軍率軍跨過邊界，國民警衛隊也因軍事行動升級而被召集起來。福特斷言，美國政府沒有權力把一支特遣部隊派到他國土地上，他甚至聲明說任何在墨西哥遠征期間加入國民警衛隊的員工回來以後都不會被接納，就好像這是公司的一項政策。《芝加哥論壇》的一篇社論對福特的舉動表示了異議，給他貼上了“無政府主義者”的標簽，並且建議他不如把自己的工廠搬到墨西哥。福特起訴了《芝加哥論壇》，要求索賠100萬美元。他表示他保留在不對抗政府的前提下與政府意見不和的權利。
這起訴訟在美國的整個參戰期內都處於待受理狀態，一直到1919年5月才付諸審判（審判判定《芝加哥論壇》把亨利·福特稱做無政府主義者確實侵害了他的名譽，不過，法庭把100萬美元的賠款額壓縮到了象征性的六美分）。
1918年，亨利·福特的敵人們開始利用聯邦政府對戰時飛行器生產的調查打擊他。這次調查的鼓動者是雕刻家格曾·博格勒姆。1918年時，他正在考慮開辦一家飛行器公司。部分上出於自私的動機，博格勒姆指責說負責自由引擎項目的生產商集團效率低下而且正在牟取不正當利益，並且說服伍德羅·威爾遜總統展開了一場調查。圍繞自由引擎項目的緩慢進展已經有不少的懷疑和迷惑，而雕刻家的話又是火上澆油。畢竟，生產在美國參戰一年後才開始，這自然會讓國人懷疑：沒有真正的飛機引擎，隻有不勞而獲的利潤和貪婪的承包商。為了避免公眾信心的喪失破壞美國人在參戰問題上的團結，威爾遜總統展開了調查。他選擇的調查負責人是查爾斯·埃文斯·休斯，這位德高望重的共和黨人曾經是美國最高法院大法官。
作為諸多令人煩惱的後果之一，休斯的調查損害了自由引擎設計者傑西·文森特的商業聲譽，他所謂的錯誤是沒有在加入軍工項目前賣掉自己的帕卡德汽車公司的股票。由於這點疏忽，文森特在貢獻祖國的兩年中無意中牟取了55美元的“不正當利益”。就為這個，文森特後來沒有得到任何的政府嘉獎，而這種榮譽甚至連他的助手也得到了。不過，選擇一本正經的休斯領導這次調查對亨利·福特來說有著不同的意義。
1918年，亨利·福特在百忙之中抽出時間來競選密歇根州美國參議員的寶座。威爾遜總統就是最早鼓勵他競選的人之一，而數千封來自支持者的信讓他下定了決心。無論是福特還是他的共和黨對手杜魯門·H。紐伯裏都不算積極，但他們背後的政黨卻把1918年密歇根參議院選舉變成了曆史上最火爆的競選戰之一。在紐伯裏的班底就亨利·福特在社會問題和戰爭問題上的立場竭盡歪曲和誇張之能事時，查爾斯·埃文斯·休斯來到底特律，近距離觀察了自由引擎項目。
休斯和他的隨行人員特別視察了高地公園，想找出德國人或德裔美國人正在阻撓生產的蛛絲馬跡。相當無情的是，他決定拿卡爾·埃姆德開刀，把這位德國工具設計師的飯碗當成對福特汽車公司忠誠度的檢驗。一時間，埃姆德事件在高地公園鬧得滿城風雨。福特汽車公司的一些執行官與休斯和休斯的委員會站在了一起。他們的理由是，盡管埃姆德是一個中立的美國公民，盡管他在自由引擎項目中的工作是無可指責的，但作為公司的一個重要負責人，他可以接觸所有的行業和軍事文件，所以有可能把這些文件複印並發回德國“老家”。另外一些沒有這麼強硬但卻更加世故的管理人員則認為，埃姆德的職業生涯和安全原則都不如福特汽車公司的聲譽重要。因此，如果這個人有可能是一個想搞破壞的間諜，公司最好把他解雇以證明對國家的忠誠，不管他的工作多麼出色，多麼有價值。
埃姆德事件最終於1918年11月3日演化為一場風暴。這一天，《底特律自由新聞》刊登了共和黨的一則有關埃姆德的惡毒廣告。廣告把福特稱做“德國佬的情人”，並且聲稱休斯調查證明亨利·福特本人正在保護工廠中的德國人。當然，亨利·福特是兩天後參議院選舉的候選人之一，他的許多支持者都認為共和黨在這個時候發話絕不是巧合。在這個緊要關頭，福特如果拿埃姆德的職業生涯來交換參議院寶座是可以理解的，盡管是不光彩的。他的大多數競選宣傳員都建議他這麼做，但是，福特最討厭的就是別人對他的事指手畫腳，他認為還沒有什麼人能替他決定應該怎樣去做。