白粉病：其症狀是危害黃芪葉片。初期葉兩麵生白色粉狀斑，嚴重時整個葉片被一層白粉所覆蓋，葉柄和莖部也有白粉。患該病的植株往往早期落葉，其莢果和莖稈也會受害。其發病規律是從苗期到成株均可發病。一般多在7—8月間。病原菌在寄生的發病部位產生大量的分生孢子，借空氣而傳播。高濕高溫的氣候條件有利於孢子萌發和侵染，而氣候幹燥時又有利於分生孢子傳播擴散。防治措施：芪農們根據經驗，選擇新茬地種植，盡量不連作，合理密植，保持透光通風，實行輪作倒茬，尤其避免與豆科植物和易感染此病的作物連作。在生長期發病，芪農們一般使用藥劑防治。
一是用25%粉鏽寧可濕性粉劑800倍液或50%多菌靈可濕性粉劑500—260倍液噴霧；二是用75%百菌清可濕性粉劑500—600倍液或130%固體石硫合劑150倍液噴霧；三是用50%硫黃懸浮劑200倍液或25%敵力脫乳油2000—3000倍液噴霧；四是用25%敵力脫乳油3000倍液加15%粉繡寧可濕性粉劑2000倍液噴霧。以上幾種殺菌劑芪農或選取其中一種，或交替使用。噴霧時每隔7—10小時1次，連續噴霧2—3次，防治效果特別顯著。
枯萎病：其症狀是被害黃芪枝葉發黃，植株萎蔫枯死；主根頂端或側根首先罹病，然後漸漸向上蔓延；受害根部表麵粗糙，呈水漬狀腐爛，其肉質部呈紅褐色。嚴重時，整個根係發黑潰爛，極易從土中拔起；土壤濕度較大時，在根部產生一層白毛。其發病規律和原因是：病害常於5月下旬至6月初開始發病，7月以後病情加重，常導致植株成片枯死；地下害蟲活動頻繁，地勢低窪，都有利於病害的發生或加劇。防治措施：芪農們在整地時就注意土壤消毒。對帶病種苗進行消毒後再播。所使用的藥劑與防治白粉病的藥劑相似。
鏽病：其症狀是被害葉片背麵生有大量鏽菌孢子堆。鏽菌孢子堆周圍紅褐色至暗褐色。葉麵有黃色的病斑，後期布滿全葉，最後葉片枯死。其發病規律一般在4月下旬發生，7—8月嚴重。原因是田間種植密度過大。防治措施：芪農們一般采取輪作，合植密植；徹底清除田間病殘體，及時噴灑硫製劑或20%粉鏽寧可濕性粉劑2000倍液；生長期注意開溝排水，降低田間濕度，控製病菌繁殖；選擇排水良好、向陽、土層深厚的沙壤土種植；發病初期噴80%代森猛鋅可濕性粉劑600—800倍液或敵鏽納防治。
危害渾源黃芪的害蟲主要是蚜蟲類。
蚜蟲是槐蚜和無網長管蚜的混合群體。其中以槐蚜為主，多集中於黃芪的幼嫩部分和花穗上進行作害，一般在6—8月發生。植株危害率高達80%—90%，可使植株生長不良，造成落花，空莢等後果，嚴重影響種子和芪根的產量。對此，芪農們一般通過羊群滅蟲，即把羊群趕進芪坡踩踏半小時，蚜蟲一經羊糞便被熏死。
7.采刨規程嚴。采刨是渾源黃芪管理中極其重要的一環。黃芪入藥是靠根入藥，黃芪名貴就貴在根部。因此，在采刨過程中如何將根部整體完好而不受損傷地挖出，則是確保黃芪質量的關鍵。如果采刨深度不夠，或采刨方法不當，傷其皮，折其枝，撅其棒等，都會使渾源黃芪整體藥用價值及藥理活性招致破壞，最終使栽培管理功虧一簣。
對此，芪農們深諳其理。首先他們在采刨年限上不急功近利，盡量做到不提前采刨。屬於移栽的至少2年後采刨；屬於種子繁殖的至少5年後采刨，有時等到七八年後才采刨。芪農們的原則是：“寧久勿短，刨大留小。”因為年代越久，芪根越粗，粉性越足，藥效越強。其次，在采刨方法和程序上，一般選擇秋季的晴天，先將地麵的黃芪蘆頭用鐮刀割掉，再用钁頭掘開一方坑露出芪根來，人蹲入坑裏，用特製的鐵爐錐順著根部小心翼翼地挖取沙土。根有多深挖多深。為避免擦皮，對特大黃芪還邊挖邊用白布纏好，雖費工費力，但芪農們都在所不惜。新中國成立前官兒村一劉姓農民半天時間未刨起一株黃芪，空手而歸。管家責問為何？他說：“碰見一株十幾年的大黃芪，根子太深，沒刨起來，準備下午接著刨。”管家聽後大為高興，連加稱讚。黑石村一李姓農民，三天時間隻刨回一株黃芪，留下的土坑足可容納七八個人。該芪又粗又長又苗條，沒有半點損傷，東家十分感激。除照付三天的工錢外，還另發給賞錢。新中國成立後的1958年9月，官兒鄉土嶺村的農民王元林，在采刨一株約有5尺長的黃芪時，沒小心截成兩截，一下癱軟在地上。他深知“戳下了鬼”（闖禍的意思）。該怎麼辦？思忖再三，沒舍得扔掉，交貨時偷偷地裹入黃芪捆的中間，以蒙混過關。但沒想到，還是被驗貨的負責人、時任公社書記郭維素發現。郭維素雷霆大發，抽出這半截黃芪指著王元林的鼻尖痛罵了半天，讓其當眾深刻檢查。最後還送進社辦“躍進隊”打掃了半天衛生，以儆效尤。從此，芪農們在采刨中倍加謹慎，再不敢疏忽大意了。改革開放後，隨著黃芪坡承包到戶政策的落實，山區芪農們更是視芪如命，愛惜有加。碾子溝村農民張慶在采刨一株多年的黃芪時，從早到晚，整整用了一天時間還是沒有刨起來。他怕人偷走，索性取來棉衣、幹糧，在芪坑裏蹲守了一夜，第二天接著刨，終於將一株粗壯的黃芪完好地刨了起來。