錢穆的觀點並不一定每個人都會同意，尤其是研究中國哲學的人，也許會有不同的看法。但對於思想和哲學的範圍，他的意見讓我們可以有更多的思考。
錢穆提出思想的範圍較為廣泛，可以涵蓋哲學，甚至根據他的看法，思想可以分為宗教的、科學的和哲理的，那麼思想史的研究是不是要結合這三個方麵？
哲學史隻是思想史的一部分，而哲學史不能涵蓋思想史？
二、晚明思想史研究的考察
有關中國思想史研究所麵對的問題，我們可以拿晚明時期作為案例，去進一步說明。過去幾十年，中外學者對晚明思想史的大量研究成果，加深了我們對明清易代思想變遷的認識，有助於我們重新評價思想研究的脈絡。凡是研究明代思想史的人，不能不注意容肇祖的《明代思想史》。該書早在1941年由上海開明書店出版，作為齊魯大學國學研究叢刊之一。七十年過去，《明代思想史》仍然是很值得細讀的著作。60年代，《明代思想史》在台灣多次被翻印，作者名字也因政治因素而被刪除。近年的再版，最少有1990年上海書店和1993年台北文津出版社的版本。容著《明代思想史》也有日文的譯本，對明代思想的研究來說，可說是影響廣泛的一部著作。容肇祖沒有特別提及其研究思想史的方法，雖然有些學者認為，他對民俗學和田野考察的興趣，可能影響他對思想史的研究。作者在《明代思想史》第一章的第一句便說：“我們注意每一個時代的思想，政治的關係，社會的環境，以及在這時代的生活以及一般民眾的精神，都是可注意的。”這也許可以作為其思想史研究的一點線索。容肇祖《明代思想史》的其中一個貢獻，便是讓一些很少人注意的思想家如焦竑、陳第、何心隱、方以智等能夠重見天日。張豈之就曾經指出：“外廬先生等從容肇祖先生《明代思想史》一書得到啟發，開始搜集資料進行研究，後來搜集到方以智的25種著作，含哲學著作《東西均》，這就有可能深入研究方以智的思想，恢複他作為思想家的曆史地位。”《明代思想史》寫於三十年代，立場沒有受到外來意識形態的影響，是比較嚴肅的學術研究，容氏後來也沒有因為政治氣候的改變而修改他的觀點，這也許導致他在文革十年內亂期間，三次被抄家，許多沒有發表的手稿因而散失和被毀。
與《明代思想史》同期的著作還有嵇文甫的《晚明思想史論》。嵇著比容著晚兩年，在1943年出版。嵇文甫在序文中特別指出，晚明的數十年是從宋明道學轉向清代樸學的樞紐。他的專著沒有詳細分析明清思想轉變的關鍵，但認為晚明的思想界有從悟到修、思到學、體到用、理到氣的幾個明顯趨勢。
當時研究明清思想的，還有錢穆。錢穆在《中國近三百年學術史》中指出，清代經學考據和宋、明理學有內在發展淵源，並提出清代學術因義理之爭而折入考據的看法。餘英時先生繼承了這種看法而有所發揮，他說：
近人論清代經學考證之興起，往往溯源至顧亭林“經學即理學”一語，就思想上直接影響言，這個看法自然是有根據的。但是我們必須指出，亭林在清初，雖卓然大師，而此意則決非由他一人“孤明先發”；他不過是用最簡潔有力的語言表達了明代晚期以來儒學發展中早已萌芽的一種新動向而已。事實上，遠在十六世紀時羅欽順（整庵，1466—1547）已主張義理的是非必須“取證於經書”了。而與亭林同時的方以智（密之，1611—1671）晚年也深以理學之流入“虛掠高玄”為病，並明白地提出了“藏理學於經學”的口號。亭林於明代理學家中極推尊整庵，或有思想上的淵源。
至於亭林與密之則有入世出世之別，而持論造語競能不謀而合至此，則清代考證學與宋、明理學之間有其內在的發展線索，觀此不益可信乎？以上的觀點，餘英時在其他著作中有進一步的闡明。1970年發表的《從宋明儒學的發展論清代思想史——宋明儒學中智識主義的傳統》一文，以智識主義為理論核心，認為清代考據學的興起實際上是由儒學內部的“尊德性”傳統向“道問學”傳統的一種轉向。因此，重視實學的考據學在清代取代了喜談心性的理學。後來在1975年發表的《清代思想史的一個新解釋》，是其對前文所討論的問題的延續，餘英時更具體地論述了思想史研究的“內在理路”方法。他指出，現在西方研究intellectual history或history of ideas有很多種看法，其中一個最重要的概念就是把思想史本身看做有生命的、有傳統的，這個生命、這個傳統的成長並不是完全仰賴於外在刺激的，因此單純地用外援來解釋思想史是行不通的。餘英時說：
同樣的外在條件、同樣的政治壓迫、同樣的經濟背景，在不同的思想史傳統中可以產生不同的後果，得到不同的反應。所以在外緣之外，我們還特別要講到思想史的內在發展。我稱之為內在的理路（inner logic），也就是每一個特定的思想傳統本身都有一套問題，需要不斷地解決，這些問題，有的暫時解決了，有的沒有解決，有的當時主要，後來不重要，而且舊問題又衍生新問題，如此流轉不已。這中間是有線索條理可尋的。
如果我們專從思想史的內在發展著眼，撇開政治、經濟及外麵因數不問，也可以講出一套思想史。從宋明理學到清代經學這一階段的儒學發展史也正可以這樣來處理。
餘氏提出“內在理路”的思想史分析方法，認為明清思想變遷有其內在因素，一反過去梁啟超、胡適及其他學者認為變遷與明亡及清初高壓統治等外在環境因素有密切關係的看法，在學術界有耳目一新的感覺，影響深遠。他認為六百年的宋明理學到清代其實不存在“中斷”或“割裂”的情況，思想發展的脈絡其實還是有跡可尋的。
針對前人的看法，蕭萐父先生在80年代發表《略論晚明學風的變異》，提出了他的研究心得。他認為，晚明陽明心學的急劇分化，顯示出儒門學風的變異及其再生的活力。但對晚明學風的變異來說，儒門王學內部的演化僅其一端，作為時代思潮的反映，其實是遍及社會意識諸領域。其中如“質測之學”的興起是當時的新事物，對於徒言宰理、空窮其心的儒門學風是一個大突破。科技研究熱潮的興起，帶動出大批具有空前專精水平的科學論著，如《本草綱目》、《農政全書》、《天工開物》等。總的來說，明末清初正處於從統治五百年的宋明道學的“囚縛”中掙紮出來，開始另尋出路的轉折時期。當時學術界主潮，掃蕩了空疏庸腐的學風之後，迅速取得的巨大學術成就及其倡導的治學方法，並非僅是由陸王的“尊德性”而轉向程朱的“道問學”，而是實質上開始了超越漢宋，另辟新途，成為中國學術近代化的蛻變過程中的重要環節。明末清初學風的轉折，具體表現為在對整個道學的批判、揚棄中實現了學術路線的多元轉向。蕭氏在文中稱17世紀的思想變異為“啟蒙思潮”。這個看法，在其1995年出版的巨著《明清啟蒙學術流變》中有進一步的發揮。書中蕭先生強調晚明期間傳統學術的蛻變與早期啟蒙思潮的興起。他說：
明中葉社會結構和社會風氣的變化，迅速地反映到社會意識形態的層麵，造成了傳統學術的蛻變與掙脫囚縛的早期啟蒙思潮的興起。傳統學術的蛻變，包括多方麵：一是王陽明“心學”的勃興和分化；二是不屬於陽明學派的其他從事學術研究的學者對理學的觀點所作出的批判和修正；三是似有承於傳統學術的某一方麵，而又實為新的社會要求所推動而產生的新興的質測之學。但從學術變遷的大勢看，陽明心學的勃興實為傳統學術蛻變的一大契機。陽明去世後，其學派急劇分化，發展出“掀翻天地”，“顛倒千萬世之是非”的早期啟蒙學術思潮。其後又有東林學派出來繼承和修正王學，糾王學末流空疏之偏失，開清初經世致用之學的先河。
蕭先生認為，陽明後學的發展標誌著早期啟蒙思潮的出現，東林學派對陽明後學的批判，又開清初經世致用之學。用啟蒙思潮來解釋晚明思想的說法在侯外廬的《中國早期啟蒙思想史》已經提出，《明清啟蒙學術流變》一書的結構分上、中、下三篇，每一篇的開首有導論章，作為提綱挈領。三篇的標題為：
上篇：明代中晚期的時代背景與思想的內在理路（明嘉靖—崇禎）
中篇：明末清初的時代背景與思想的內在理路（南明弘光、永曆—清康熙、雍正）
下篇：清代中期的時代背景與思想的內在理路（乾隆—道光）
從三篇的導論部分的內容去看，雖然蕭老沒有在書中提到餘英時對明清思想史的分析和方法，但“內在理路”是三篇都會涉及的問題，更是貫穿整個時代的核心課題。書中沒有清楚說明其所指的“內在理路”是否就是西方思想史的inner logic觀念，顯然蕭先生對“內在理路”的提法有一定的認同。他在中篇談明末清初時代背景和思想轉變部分，特別有一節《思想的內在理路》，指出清初學術在思想內容上是明中葉以後的早期啟蒙思潮的繼承和發展，是思想的遞進和認識的深化。但是，要肯定和論證這一點，我們首先就麵臨著一個嚴峻的、不容回避的事實，即被我們稱之為“早期啟蒙思潮的代表人物”的王夫之、顧炎武等人，同時又是被稱為“早期啟蒙思想家”的李贄（1527—1602）的激烈批評者。他說：
如果按照簡單化地的思維方式，既肯定李贄為早期啟蒙者，那麼痛罵李贄的王夫之、顧炎武等人就不僅不能看作早期啟蒙者，甚至是反啟蒙的；既肯定李贄的思想是進步的，那麼罵李贄的王夫之、顧炎武等人的思想就是一種倒退和反動。這種簡單化的理解當然不能說明複雜的思想史。
蕭先生認為，那些為啟蒙而灑熱血的先驅者遭到繼承者的無情謾罵和摒棄，是“思想史的悲劇”。然而，隻要冷靜地審視一下顧、王等清初學者的思想，就可發現，他們的思想中無不是揚棄地包含了李贄學說的合理因素。雖然“內在理路”的認識展示了思想發展的延續性，我們比較餘英時先生和蕭萐父先生對明清思想變遷的解讀，立場還是不一樣的。其中餘英時認為思想史的發展可以由內在因素主導，不受製於外緣因素。蕭先生則認為內在思想發展與外在的政治、經濟環境以及社會風氣，對思潮的變遷均有舉足輕重的影響。
明清思想的變遷，不能純粹以內在或外在的二元分析來歸納。餘先生或蕭先生的看法，都不是要把當時的複雜情況簡單化，隻是提出了他們認為主要的導因。對於明清思想變遷的脈絡，過去曾經有不少學者嚐試去解讀。西方學術界對明代思想史研究有深遠影響的，當推哥倫比亞大學William The odorede Bary（狄百瑞）教授。其在60年代開始為配合Dictionary of Ming Biography（《明代名人傳》）出版計劃，多次召開關於明清思想的國際會議，並出版專論，對學術界進一步了解明清思想麵貌，貢獻良多。其中如狄百瑞主編的Self and Society in Ming Thought（《明代思想中的個人與社會》）一書，認為學術界長期以來對明代的認識不夠全麵，低估了明代思想對中國文化的貢獻以及現代中國的發展的意義。他不讚同前人認為晚明思想“空疏”的抨擊。在他的心目中，明代思想是充滿著活力與多元性的。
鄭宗義的《明清儒學轉型探析——從劉蕺山到戴東原》探討明清儒學發展時，難以避免地要談到研究思想史和哲學史的問題。他在《序論：寫在哲學史與思想史之間》中，提出了對兩者的看法：
毋庸置疑，隨著知識的爆炸，學術分工乃是一種無法避免的趨勢。而哲學史與思想史又確乎是兩個可以有著不同性質的學科領域。當然僅就表麵看，思想的概念的範圍就比哲學的概念的範圍大得多；它除了哲學思想外，還可以包括政治思想、宗教思想、社會思想等等。所以思想史研究的領域自比哲學史研究的領域大。但研究領域的大小絕不足以區別哲學史與思想史底殊異的性質。簡單來說，哲學史追溯的是哲學理論（即哲學問題及答案的提出）本身的演變發展，強調的是考查理論的涵蓋性、一致性及其效力與困難所在。思想史尋求的是曆史真相，偏重探索（哲學）思想的形成如何受到時代環境因素的左右，以及它最終如何反過來影響時代發展的走向。而哲學史與思想史對（哲學）思想的評價亦因彼此不同的性質遂有截然異趣的標準。
鄭氏從領域和性質兩方麵來劃分思想史與哲學史的差別，似乎甚為合理，為我們提供了一種解釋的參考。但他認為哲學史和思想史性質的不同，從而對思想的評價也會有不同的標準的看法，不禁使我們懷疑，究竟哪一種研究的結論，最能剖釋一個曆史人物的思想的真實麵貌？