明清之際中國思想史的發展問題其實是一個極具爭議性的課題，方法的差異和取舍的不同，都可能導致立場與解讀的分歧。餘英時雖然提出“內在理路”的觀點，但他並不苟同“哲學式”的思想史重構。他曾經表示：“如果真的想要新儒家在西方受到普遍的了解，不能局促在哲學層次，還必須和曆史配合。”
這很能說明他的態度和立場，也反映了明代思想史研究方法的分歧。
三、思想史研究方法的反思
台灣著名學人龔鵬程先生在其中國大陸版《晚明思潮》一書的再版序中，對過去晚明思想的研究有頗有激情的批評，他說：
晚明，是個社會文化大變動的時代，近八十年來也極受學界重視，相關研究可謂汗牛充棟。但基本上是一堆錯誤，不僅無甚價值，抑且誤導後昆，貽禍無窮。這些研究者認為：晚明社會上彌漫著反傳統、反禮教、反權威的思潮。注重個體生命，肯定情欲，強調儒學應落實於現實生活；而造成這種思想的，則是整個社會的資產階級意識勃動、資本主義萌芽、王陽明學說之流行等等。我反對這些看法認為從資本主義萌芽等角度來看晚明是走岔了路，晚明時期陽明學也非主潮，以王學發展及公安、泰州為線索來觀察晚明更不妥當。何況，曆來對泰州和公安派的理解也可說是踵謬疊偽，不堪聞問的。
因此，他呼籲調整策略，擴大視野，重新來理解這個時代。龔鵬程對前人研究成果的全盤否定，並不一定公允，但他指出思想史研究方法上的問題，卻是很值得我們去思考的。龔鵬程的意見也不是孤立的。類似的嚴厲批評，亦可見於日本九州著名學者荒木見悟的著作中。荒木先生在評價中國大陸的宋明思想研究時說：
中國大陸的思想史研究，全由馬克思主義所統製著，這種方法論並不是在中華民族內部所形成的，而是由外部移入被當做一種模子來使用的。
因為將西洋哲學上所使用的術語譯成中國語時，隻是著眼於這種形式的類同性而已，內容的檢討則幾乎不曾涉及，中國思想獨自的特殊性、獨創性完全為之淹沒了。從這種觀點來看，朱子學、陽明學、佛學等都被視為是唯心論，被視為是支配階級為了要掠奪人民而想出來的思想構造。據此，中華思想三百餘年間，可說是向衰退之路演進，但是我卻不認為中華民族會是那麼無能的民族。
學術界對中國思想史研究方法的討論，並不少見。普林斯頓大學的牟複禮（Frederick W．Mote）先生便曾在1984年秋季的Ming Studies中發表了一篇題為《思想史的局限？》的評論。牟複禮認為，在回顧元明思想時，有些學者對明代理想主義的先驅的強調重於對王陽明及其弟子的重視，這是近年來在宋明思想史這一領域中被稱為哥倫比亞學派（Columbia School）的特點。此一學派的思想史研究表現為一種脫離肉體、跨越時空而在思想家的腦海中回蕩，缺乏文獻的聯係，整體上就是忽略了曆史。他更認為這是“狄百瑞思想史的局限”，單憑一些觀光者的印象便試圖探討它們在中國思想傳統中的意義。牟複禮認為，這樣的思想史的極大缺點，就是忽略了曆史的背景、忽略了思想家的社會和政治活動及可能與思想史發生的關係。而當思想史學者試圖依據一些假設性或表麵化的思想內容來分析曆史事件時，缺點就更大了。
明代狀元焦竑思想的複雜和特殊，也曾經導致後來學者對思想史研究方法論的論爭。研究焦竑的人本來不多，一直不是太引人注意。容肇祖《明代思想史》及他於1938年在《燕京學報》發表的《焦竑及其思想、焦竑年譜》是較早的論著。差不多30年以後，1970年，錢新祖先生在哥倫比亞大學舉辦的一次有關明清思想的會議上發表了題為“焦竑及其對程朱正統的反抗”的文章。錢氏後來更以焦竑為題，在狄百瑞教授的指導下，於哥倫比亞大學完成他的博士論文。
1986年，錢氏的博士論文由哥倫比亞大學出版社出版，題為Chiao Hung and the Reconstructuring of Neo-Confucianismin the Late Ming（《焦竑與明末儒學的重構》）。是書代表了錢新祖對詮釋明末清初思想發展的看法，並特別指出程朱、陸王之爭、三教合一的風氣及考據學的興起，三者是息息相關的。他不同意餘英時對明清思想轉型問題的分析，以焦竑為例說明考據學的興起，也可以在對程朱的揚棄、陸王的繼承的情況下產生。1988年春季，餘英時在美國Ming Studies上發表了一篇非常長的書評，題為“The Intellectual World of Chiao Hung Revisited”（《重探焦竑的思想世界》）。餘先生認為，錢書除引用文獻及誤讀的問題外，最大的缺點是其用“對話”的方式來研究焦竑，所理解的焦竑是抽象的人物而不是曆史的真實。所以他特別強調“思想上的對話”（intellectual dialogue）和“曆史的重建”（historical reconstruction）的區別。有關問題，也許見仁見智。梁濤在談中國思想史研究方法時便認為：“從學理上看，一個哲學家，他如果離開了哲學史，絕對不能成為哲學家的，因為哲學是個曆史發展的過程。你已經進入了曆史發展的過程，到了這個時候，你得把前麵的東西讀一遍，想一遍。你標新立異，完全反對前人也可以，但是你所有的東西都是通過詮釋得來的。一旦你自己搞出一個哲學體係，成為一個哲學家，馬上你就變成了哲學史上的某一個人物。這二者是交叉的，哲學史和哲學二者之間絕對不能畫出個界限，不然有很多人寫了哲學史，就是成不了一個哲學家。那隻能怪他，因為他是‘照著講’，不是‘接著講’。”西方學者對“中國思想史”研究方法的探討，其中最具代表性的一篇文章是史華滋（Benjamin Schwartz，1916—1999）的《關於中國思想史的若幹初步考察》。史華滋十分明確地指出：“思想史一直是人文研究中特別模糊不清的領域。”他不像Collingwood一樣主張一切曆史均為“思想”的曆史，而是比較小心地認為：“在曆史領域之內，思想的發展，就像所有其他曆史研究一樣，必須看做是整個存在複合體的一部分。”
史華滋的文章中，尤值得我們注意的是他對“思想史”的“中心課題”的定義。他指出，思想史的“中心課題”是“人類對於他們本身所處的‘環境’的‘意識反應’”。他的意見是非常重要的，因為西方學者在開始注重中國或明代的“思想”課題之研究時，是十分明顯地采取這種以人類之思維（意識反應）以及其所處時代之種種客觀“環境”間的關係為研究焦點的。史華滋基本上承認，“觀念與觀念之間的關係是不容忽視的”。但是在另一方麵，“舉凡製度、技術成就、政治環境等等，也都是這個環境的一部分”。他並提出了一個自己宣稱是“大膽”的假設，即“人類對其環境所產生的意識反應構成變遷的環境之中的動因之一”。因此，他也不認為思想史研究者在研究過程中能夠做到完全不“參與”各種問題。研究者所能努力的，是“在自己心中把自己的參與與所想了解的別人的意識反應加以分開”。史華滋對中國思想史研究方法的討論，對後來明代思想史的研究有一定的價值。
過去的討論，從範圍到方法，都使研究思想史的人陷入更大的困惑。近年試圖打破中國思想史研究的“僵局”的，是葛兆光先生的《中國思想史》。葛兆光心目中的“思想史”是平民大眾的思想史。這與Arthur Lovejoy的“觀念史”注重精英階層的“觀念”的作法，可謂背道而馳。葛兆光指出：
如果思想史隻是寫那些思想精英和經典，思想史就是一個懸浮在思想表層的曆史。如果思想史隻是一次一次地重複確認那些思想精英和經典，思想史就真的是一個“層層積累”的曆史了。在他看來，“過去的思想史隻是思想家的思想史和經典的思想史”，而實際上在人們現實生活的世界中，“還有一種近乎平均值的知識、思想與信仰，作為底色或基石而存在”。既然“這種一般的知識、思想與信仰真正地在人們判斷、解釋、處理麵前世界中起著作用”，那麼“這個知識、思想與信仰世界的延續，也構成一個思想的曆史過程，因此它也應當在思想史的視野中”。葛兆光特別強調不要以“大傳統”、“小傳統”，以及“民間思想”或“民眾思想”來解釋他的“一般知識、思想與信仰的曆史”。他再進一步闡明自己的意思：
一種“日用而不知”的普遍知識和思想，作為一種普遍認可的知識與思想，這些知識與思想通過最基本的教育構成人們的文化底色，它一方麵背靠人們不言而喻的終極的依據和假設，建立起一整套有效的理解，一方麵在日常生活中起著解釋與操作的作用，作為人們生活的規則和理由。葛兆光提出對思想史的“重寫”，和他自己長期沉浸於宗教研究有密切的關係。他提出的觀點在中國對於缺乏生氣的思想史研究來說，是很新鮮的看法，而且帶有“提神醒腦”的作用。四川大學崔罡分析侯著《中國思想通史》和葛著《中國思想史》時指出：“談及侯氏學派在中國思想史上的地位，葛兆光有一個評價是頗為中肯的：中國思想史學科成立不過區區數十年，而‘侯外廬主編的《中國思想通史》就幾乎籠罩了半個世紀’。時至今日，在許多學者看來，侯氏《通史》的研究模式即是思想史研究最為主要甚至是唯一的模式。也正是由於其影響過於巨大，以至於研究者們往往視之為自己思考的基本前提，從而缺乏對侯氏《通史》研究模式的自身的追問和研究。”有些學者指出，葛兆光的思想史模式遭致的批評遠遠大於對他的認同，並讚歎葛氏有“孤軍作戰的膽識”。平心而論，葛氏所提出的“新”方法不是“傳統”的洪水猛獸。侯外廬和葛兆光的看法也不應該視為是勢不兩立的對立觀點。時至今日，侯外廬所提出的思想史與社會史結合的做法，中外學術界仍有不少知音，他的呼籲，似乎曆久常新。但葛氏提出的超越精英和經典的研究理路，也是西方思想史學界自Lovejoy以後此起彼伏的呼聲。
晚明思想史的研究隨著前輩學者侯外廬、嵇文甫、容肇祖、錢穆、蕭萐父等人的開拓，及西方學者如牟複禮、狄百瑞、史華滋、錢新祖、餘英時等人的論辯，對理解明代思想的特色與發展有一定的幫助。但對於如何去取得共識，似乎尚需更大的努力。過去對思想史研究方法的爭議，並未為思想史的研究帶來曙光，反而導致更多爭辯。究竟怎樣才算是思想史的研究？思想史的研究是否應該有一套研究的方法？到最後，我們不禁在想：是否真的會有一套放諸四海皆準的方法？嚴格追求所謂思想史的研究方法，是否會帶來更多的問題？
我們常常發覺就是同一個時代，或同一個人物，從文學、哲學、文化、社會等不同角度去研究的人為數不少，但似乎文學歸文學、哲學歸哲學、文化歸文化，自成體係，各說各的，各不相關。往往同一曆史人物，在不同的研究中所呈現的，可以是完全不同的背景、不同的社會；又或者同一個人物，在不同的研究中我們看到好幾個完全不同的人物的形象，這是很難理解的。問題是否因為我們太執著每個人自己學科的所謂研究方法，以致我們把曆史弄得支離破碎？這使我們想起新加坡南洋理工大學校長Professor Bertil Andersson在日前成立跨學科研究生院時所說的話：“The invisible walls separating different disciplines must come down if weare to find vital breakthroughs and innovations．”思想史研究的方法是不是一定壁壘分明、勢不兩立？而且我們也要反問：
當我們堅持用一種思想史研究的方法去詮釋一個曆史人物或課題時，這種思想史的方法會不會反而成為了狹隘的框框？我們最後是否把自己和曆史都局限在我們自己定出來的框框裏麵？時至今日，很少人會堅持思想史中“內在”或“外在”的因素是絕對的。反之，越來越多學者希望把兩者結合為一。以往因基本的哲學立場而影響研究方法的問題，也許會隨著跨領域和多元學科的研究方法的興起而更為複雜，未來的思想史研究的發展將會是更具挑戰性的。