（1）遊離氨基酸（FAA）。
遊離氨基酸是魚貝類提取物中最主要的含氮成分。在魚類的FAA組成中，顯示出顯著的種類差異特性的氨基酸有組氨酸、牛磺酸、丙氨酸、甘氨酸、賴氨酸、穀氨酸、脯氨酸、精氨酸等，其中以組氨酸、牛磺酸最為特殊。魚類特別是屬於紅肉魚的鰹、金槍魚等含有豐富的組氨酸，高達7～18mg/g；而如真鯛、鮃魚等白肉魚隻有0.1mg/g，形成鮮明的對照；鮐、鯷等部分紅肉魚以及竹莢魚等中間肉色魚類含組氨酸2～7.5mg/g。從部位來看，普通肉的組氨酸含量比暗色肉和肝髒高。高含量的組氨酸同呈味相關，但也是引起組氨中毒的一個原因。組氨酸在細菌的作用下，脫羧基生成組氨造成食物中毒。無脊椎動物中，大量檢出Arg、Tau、Gly、Ala、Pro、β-Ala、肌氨酸等FAA。軟體動物中Tau、Gly、Ala、Pro、β-Ala等含量高，而甲殼類Tau、Gly、Ala、Pro、Arg等占多數。牛磺酸是分子中含有磺酸基的特殊氨基酸，魚貝類組織中常被檢出，在無脊柱動物各組織以及魚類的血合肉、內髒中含量較高，其在魚貝類的生理機能主要是起調節滲透壓的作用。牛磺酸對人體起各種調節和維護健康的作用。
（2）低聚肽魚類肌肉中含肽量較多，大多是具有活性的寡肽，性質比較特殊的有穀胱甘肽、肌肽、鵝肌肽等。貝類中含量較少。肽也是一種呈味物質，具有提高鮮度和濃度的作用。（3）核苷酸及其關聯化合物核苷酸是研究魚貝類鮮度的一個重要化合物，由嘌呤堿基、嘧啶堿基、煙酰胺等與核糖核酸組成。魚貝類肌肉中主要含腺嘌呤核酸，1g肌肉中含有4～9μmol。在靜止狀態下肌肉裏的核苷酸大部分以ATP的形式存在，但在機體激烈運動時ATP分解，放出能量。魚體死後在保鮮過程中這種分解還會照樣進行。正常魚死亡後，主要的核苷酸成分是ATP（三磷酸腺苷）,在保鮮過程中ATP逐漸分解成ADP（二磷酸腺苷）、AMP（單磷酸腺苷）、IMP（肌苷酸）、Hx（次黃嘌呤）和HxR（肌苷）。這種分解的速度因魚貝類種類、死前運動量、保鮮條件等而有所差異，其中的IMP是具有極其鮮味的呈味物質，其鮮度比味精還要高數倍。核苷酸及其關聯化合物可作為鮮活度K值的指標。
（4）氧化三甲胺（TMAO）。
氧化三甲胺廣泛分布於魚貝類組織中，白色肉魚類含量比紅色肉魚類多，而鯊魚等板鰓類魚含量更多，達1.0％～1.5％。烏賊富含氧化三甲胺,外套膜肌含500～1500mg/kg,但腕肌的含量隻有其一半。蝦、蟹中含量也稍多。在貝類中，有像扇貝閉殼肌那樣含有大量的種類，也有像蠑螺、牡蠣、盤鮑那樣幾乎不含TMAO的種類。這是海水魚肌肉中的一種特殊化合物，在淡水魚中幾乎檢測不出。它具有一種特殊的海產鮮甜味。魚貝類死後其腥臭味很大，其中三甲胺、二甲胺等所占比例較高。