窺基著述涉及麵很廣，言約義豐，文樸理精。《大乘百法明門論》是印度有部論師世親的作品。貞觀二十二年（648），奘師於長安弘法院譯出。其主要內容是從《瑜伽》中的660法中取出法來，分為“色法十一心法八，五十一個心所法，二十四個不相應，六個無為成百法”等五位百法，提綱挈領地加以論釋，是發揮非有非無的中道思想的一部論著。因為它是唯識宗的主要典籍《瑜伽論》的十論之一，又是唯識宗的方法論，所以窺基就作了《大乘百法明門論解》。該書全文不過1萬字，但它已把五位百法、二無我，解釋得一清二楚，“詞甚簡而義愈備，文不華而理愈精”。又《異部宗輪論》是印度世友的作品，由玄奘於龍朔二年（662）譯出，是一部依古印度有部特別是北方有部毗婆沙師的立場，論述佛滅後100年至400年間，印度佛教分派的曆史和各個部派的不同教義的一部論著。而窺基的《異部宗輪論疏述記》對其則是“剔抉古師之未了，舊疏繁文，筆則筆，削則削”。所以，實養比丘在《鍥異部宗輪論述記敘》中說窺基這部述記“實大作也”。眾所周知，《金剛般若經》是《大般若經》中的第二處第九會說的，它以言簡意賅的一卷文字就表達了六百卷《般若經》的精髓“空”，成為了“覺海之要津，人道之寶戶”。此譯本在玄奘之前有三譯：一曰姚秦什譯，二曰元魏菩提流支，三曰南陳真諦。玄奘師為撥邪顯正，於貞觀二十二年（648），在玉華宮又複譯出。對它的注疏，窺基之前有天台智者大師、華嚴至相大師和三論吉藏法師等名家三疏。但窺基為了弘揚奘師對《般若》“獨得的宗旨”，繼承了奘師“執破骨出髓之夙誌”，又特述三疏，曰《玄記》、曰《讚述》、曰《會釋》。依此三疏導幽探微，即可望而得之“一乘三乘教義，性相二宗法門”。因此後人讚曰：窺基的著作是“發其宦奧，洪勳至矣，盡矣”！
《妙法蓮華經釋為為章》是把《妙法蓮華經》中的618個“為”字歸納分類，得出291個“為”字為平聲，327個“為”字為去聲。並指出平聲“為”有九訓，去聲“為”有三訓，目的是人們懂得訓釋之由，正確理解佛典。
窺基廣釋經論，闡發瑜伽唯識之說，多有創發。其中如《大乘法苑義林章》中提出五重唯識觀，即遣虛存實識、舍濫留純識、攝末歸本識、隱劣顯勝識、遣相證性識等。
窺基也注釋了玄奘所譯的二部因明論典，一為《因明入正理論疏》六卷（亦有八卷本），一為《因明正理門論述類記》一卷，對因明學多有發展。玄奘譯出因明二論後，譯僧門徒競作注疏，先有神泰、靖邁、明覺三家造疏流行，隨後又有文軌、玄應、文備、璧公、普光、圓測諸家的注釋流行，最後窺基在簡別以上諸家注釋，尤其是在采取神泰、文備、文軌、靖邁四家之說的基礎上，撰成此疏。後世莊嚴寺文軌的疏著和窺基的疏著最為流行，因稱文軌的疏為《莊嚴疏》或《舊疏》，窺基的疏為《慈恩疏》或《大疏》。窺基疏原稿不全，由其弟子慧沼補足。窺基在其疏中及其他著述的有關部分中，對因明學多所發揮。如提出宗依與宗體應嚴加區別，宗體在四種悉檀中應取第四隨自意樂而建立，不受拘束。窺基的疏中還介紹了玄奘創立的真唯識量，並加運用。同時批判順憬對真唯識量的反對說法，對各家舊疏因明錯誤之處並加批評。窺基的因明，由弟子慧沼繼承，再傳智周，更東傳日本。
總之，窺基著述宏巨，能夠探究佛學之精髓，發古人之未發，堪與印度千部論師世親媲美，為後世研究佛學做出了卓越貢獻。