明清之際的經濟格局，決定了此一時期的文化狀況：小農經濟的基礎和主導地位，說明農業文化仍有其持續存在的根據；而商品經濟的出現必然對傳統農業文化的一些具體規範形成衝擊。綜觀此一時期中國傳統農業文化的發展，可以說是在行將解體之前的“強化”和反彈。商品經濟的微弱萌芽，難以撼動長期存在的小農自然經濟的大廈，建立於其上的經濟政治製度也不可能解體。麵對商品經濟的興起和日益發展，統治者雖然作了一些策略上的讓步和調整，但仍堅持和固守先前的經濟和政治製度，特別是加強了對文化的控製。文化控製的主要方式就是在社會中倡導農業文化的基本思想和規範，其具體內容大致有以下幾個方麵：其一，農本觀念的張揚。農本觀念是中國古代農業文化中的基本價值觀念，也是曆代統治階級製定經濟政策的理論依據。在明清時期，農本觀念仍是統治階級安邦治國的方略。清聖祖康熙繼位時曾專門繪製《耕織圖》，並在序文中寫道：“……念生民之本，以衣食為天……且欲令寰宇之內，皆敦崇本業，勤以謀之，儉以積之，衣食豐饒，以共濟於安和福壽之域。”就連當時一些激進的思想家也未能走出農本觀念的窠臼：“天下之大富有二：上曰耕，次曰牧。國亦然。事有策者甚迂，為之甚艱，而率可以並天下之國，臣天下之人者莫若耕。”務農仍被看做是衣食之本，富國之道。其二，宗法觀念的強化。血緣宗法觀念是中國農業社會中家庭人倫關係的準則，也是曆代統治者維護其“家天下”的社會控製手段。清政府建立時，為了發揮家族共同體的生產功能和政治穩定功能，極力倡揚血親家族意識和宗法觀念。“天下之情，未有無所維係而即安也，而其道必有近者始……蓋君之民遠矣。立宗子而維係一族，則勢近而情易通。”雍正在其《聖諭廣訓》中要求族人以同宗共族而相近相愛：“凡屬一家一姓，當念乃祖乃宗，寧厚毋薄，寧親勿疏，長幼必以序相給，尊卑必以分相聯”。將宗親血緣視為人倫關係的紐帶。其三，封閉意識的固守。小農生產自發的封閉意識投射到國家觀念上則形成了閉關鎖國、華夏中心的社會心態。在中外關係交流史上，自東漢以降，“天朝帝國”、“世界中心”的觀念始終是統治者以及國民普遍的心理。明清之際，國門則日益緊閉。在人們的心目中，中國經濟上自足，文化上優越，政治上開明，而其他國家則為蠻夷之地，隻有屈服，沒有平等對話的權利。法國學者佩雷菲特為此寫道：“這遼闊的領土，被無法穿越的沙漠與高山以及海盜橫行、波濤洶湧的大洋所保護著，被萬裏長城，被無法根除的偏見組成的精神長城，被那種認為中央帝國孕育著‘天下唯一文明’的信念保護著。這領土之外的人民則是一些粗野的外夷（除非他們因‘向往文明’而來頂禮膜拜），來自他們的有害東西應該予以拋棄。”不管這種評價是否客觀、公允，但確實反映了當時封建王朝夜郎自大的封閉觀念。
然而，明末至清中期出現的商品經濟以及由此所形成的新的經濟關係、社會關係，必然產生與之相適應的文化觀念和文化要求。這些文化觀念主要是針對傳統的農業文化的一些基本規範而提出來的，既是對傳統農業文化的反思與批判，又包含著新的內容和主張。概括起來，主要有以下兩點：
其一，重商思潮的萌發。對於產品流通在經濟發展中的作用，中國古代已有所認識。司馬遷在《史記》中說道：“《周書》曰‘農不出則乏其食，工不出則乏其事，商不出則三寶絕，虞不出則財匱少’。財匱少而山澤不辟矣。此四者，民所衣食之原也”。“待農而食之，虞而出之，工而成之，商而通之”。明代具有改革意識的張居正也說：“古之為國者，使商通有無，農力本穡。商不得通有無以利農，則農病；農不得力本穡以資商，則商病。故商農之事倘若權衡然，至於病，乃無以濟也。”他們都看到了商業流通在經濟運行中的作用。但由於中國古代小農生產的自給自足性以及統治者的“重農抑商”政策，這些要求商業發展的微弱呼聲被淹沒。明清之際，商業的出現及發展，使一些思想家從現實中更進一步意識到了商業的特殊地位和效用。明末農學家徐光啟一反傳統的“農本商末”觀念，認為商業同樣是財富之源，“末富，未害也”。啟蒙思想家黃宗羲等人在中國思想史上第一次把工商視為與農並駕齊驅的經濟活動，提出工商“蓋皆本也”的思想，認為工農商都是生財致富的根本，無高低上下之分。哲學家王夫之提出：“故大賈富民者，國之司命也。”可以說，明清之際的一些進步思想家都從不同的層麵論述了商業對國計民生的意義和價值，標誌著此一時期重商思潮的萌發。它不僅意味著對傳統農本觀念的反思和批判，而且也為以後商業的發展提供了初步的理論依據。