其二，民權思想的初步提出。“皇權至上”的政治觀念是小農經濟的產物，它反映出個體小農由於其分散性，無法形成代表自己利益的政治力量，從而尋求一種政治上的歸屬和依托。明清之際，商業的出現和發展，不僅從社會中分化出了一個新的生產部門，而且也形成了一種新的利益群體和集團，如以幫、行、公所、會館為形式的行業組織。這些行業組織是“商品經濟發展到一定程度，工商業者為了防止競爭、排除異己、壟斷市場而組織起來的一種團體”。這種團體不僅具有經濟上的功能，而且隨著其勢力的壯大，也要求政治上的參與權。基於政治權力的要求，開始向傳統的專製統治的理論根基――“皇權至上”的觀念發起挑戰。首先，提出“君民皆人”思想，反對君權神授觀念。古代“皇權至上”的一個重要論證依據就是君主受命於天，“天佑下民，作之君”，因此君主權力代表天意，至高無上。針對這種虛幻的論證，明清之際的一些思想家認為無論是君主和下民都是人，“天子雖尊，亦人也”；“天子之尊，非天帝大神也，皆人也”。如此就揭去了籠罩在君權之上的神聖光環。其次，提出“君為民設，權為下民”的民權思想。君主的權力並非為一己、一家所私，而應代表天下蒼生的共同利益和要求。在君與民的關係上應以“天下為主、君為客”，不能以一人、一家之法而治理天下。再次，主張限製絕對君權。自古以來，君主、皇帝之權不受任何的監督和製約，君主意誌高於一切。對此，當時的一些思想家認為，作為權力的執行者――大臣，其使命不在於為君主服務，而應以萬民憂樂為己任，“非其道，即君以形聲強我，未之敢從也”。應通過臣權來牽製絕對君權。同時，主張建立有益於天下的公正法理，使君權納入“法製”或“公天下”的體係之中，以此來限製君權。明清之際所出現的這些反對絕對君權的思想，從根本上來說並非要廢除封建君主政體，而是希望能夠在君主專製的前提之下，為民眾，特別是為當時所出現的商人階層爭取一定的政治參與權利，表露出一定程度的民權意識或主張。
從明末到清中期這一段曆史時期，就中國傳統農業文化自身的狀況來說，仍然處於較為穩定的時期，農業文化的基本規範仍是統治者的思想主張以及社會成員較為普遍的觀念和心理，伴隨著商品經濟而出現的新的文化觀念並沒有對傳統農業文化形成有力的衝擊。但是，對其作用卻不可小視：一方麵，這些文化觀念是從中國社會自身發展中所萌生出來的，有別於傳統農業文化的新的文化要素，如此就為傳統農業文化的變異埋下了種子或內部催生因素；另一方麵，它也為日後人們認識、理解以至接受西方文化提供了心理上的承接性前提。我們認為，此後不久，西方的文化觀念之所以能夠在中國大地上產生廣泛的影響，其原因就在於中國社會內部已經形成了與其相類似的文化觀念。正因為如此，認識這一時期中國傳統農業文化的狀況，也就成為全麵研究中國傳統農業文化轉型的必要前提和出發點。