庸帥必用劣將。放縱聲色的紈絝子弟李如柏，因係已故寧遠伯、遼東總兵官李成梁的第二個兒子，在遼東總兵張承戰歿之後，為“文武大臣英國公張惟賢等合疏薦”，被帝起用為遼東總兵，楊鎬即委其為南路主將。貪生怕死的李如柏，畏懼強敵，行進遲緩，致杜鬆孤軍深入敗歿。
北路軍主將原任總兵馬林，乃一虎父犬子的不肖子孫，馬林之父馬芳，行伍出身，“有膽智，諳敵情，所至先士卒”，身經百戰，軍功累累，“擒部長數十人，斬馘無算，威名震邊陲，為一時將帥冠”，任至左都督、總兵。馬林父之威，曆任參將、副總兵、遼東總兵，“時譽藉甚，自許亦甚高”，明廷信其虛名，用為主將。
監理馬林北路軍的開原兵備僉使潘宗顏看出馬林庸懦本相，上書經略楊鎬說：“林庸懦，不堪當一麵，乞易他將，以林為後繼，不然必敗。”楊鎬拒其建議，致作戰之時，馬林慌恐萬分，“一戰而敗，策馬先奔”。東路軍主將劉勇猛過人，楊鎬卻對其百般壓抑，少撥兵馬，督其速進，致其全軍覆沒。
薩爾滸戰前，明軍臨時征調，倉促赴戰，糧餉不繼，器械鈍朽，援兵號泣，將領叛逃。如新調到的援兵皆“伏地哀號，不願出關”。明軍不但援兵啼號，而且援將脫逃，如：
陝西固原遊擊佟國祚，領兵授遼，於萬曆四十六年九月二十八日，師次昌平，國祚聞伊父原任總兵鶴年降奴，遂萌叛誌。給各官領兵先行，至二十九日，又詭稱家人佟六漢亡，即差牢投邵進忠等分投追趕，國祚遂得隻身輕騎脫逃以去。
明軍帥與將和將與將之間，心怯而忌，氣驕而妒，如杜鬆同劉爭魁，馬林同杜鬆互妒，潘宗顏對馬林不滿，劉對楊鎬怨恨等等。而劉對楊鎬不悅之色，溢於言表。朝鮮都元帥薑弘立和劉的下述對話，可見一斑：
臣問曰：“然則東路兵甚孤，老爺何不請兵？”答曰：“楊爺與俺自前不相好，必要致死。俺亦受國厚恩，以死自許，而二子時未食祿，故留置寬田［佃］矣。”臣問曰：“進兵何速也？”答曰：“兵家勝籌，唯在得天時、得地利、順人心而且。天氣尚寒一不可謂得天時也；道路泥濘，不可謂得地利也；而俺不得主柄，奈何”？頗有不悅之色。
經略楊鎬指揮失算，是明軍薩爾滸之敗的直接原因。楊鎬既不察敵情，不聽諫言，也不熟諳地理，不親臨戰陣。他雖議兵分四路，分進合擊，卻分散兵力，擊而未合。這擊而未合，便使明軍由戰略上的優勢，變為戰術上的劣勢，從而導致四路出師，兩雙敗北。
後金軍在薩爾滸之戰中所以獲勝，固然有明朝政治腐敗、軍事廢弛、帥將不和、指揮失算等外部因素，也有後金上下一致、將領智勇、兵馬精強、部民支持等內部因素。但是，更為重要的是努爾哈赤指揮得當。滿族傑出的軍事家努爾哈赤，在薩爾滸之役中的卓越功績，在於他謹慎地利用了上述外部和內部的因素，巧妙地抓住了楊鎬產生悲劇的各個特殊環節，充分地發揮了自己的聰明才智。
第一，偵察敵情，判斷正確。同楊鎬不料彼己相反，努爾哈赤重視查探敵情。他通過哨探、諜工、商人等多種途徑，對明軍的統帥、主將、兵力、分路、師期等都有所了解。尤其在各路哨騎報警時，他能夠把握關節，製定主攻方向，確定首先以杜鬆軍為迎擊的重點。
第二，集中兵力，各個擊破。明軍向赫圖阿拉進攻，總兵數十萬餘人，號稱四十七萬。後金軍投入作戰的兵力，據滿文老檔》記載，僅有八個旗，約六萬人。如將築界凡城的夫役一萬五千人計入，也不過八萬人左右。後金軍在數量上少於明軍。但努爾哈赤在諸路告警時，東路派兵五百人禦敵，南路派二百兵防守，北路文獻缺載，也不會太多。他確定“憑爾幾路來，我隻一路去”的原則，集中兵力，迎擊明軍。努爾哈赤每戰以三倍或四倍於敵的兵力，將明軍逐路擊破。這就使後金軍在戰略上的相對劣勢，變為在戰術上的絕對優勢。
第三，鐵騎馳突，速戰速決。這是努爾哈赤在薩爾滸之戰中，克敵製勝的重要法寶。他統率騎兵，速戰速決，即在明軍合圍前的四天之中，第一天敗杜鬆軍，第二天破馬林軍，第三天設伏準備，第四天滅劉軍。如果後金軍行動遲滯一天或兩天，那麼戰局或會逆轉。
第四，誘敵入伏，以靜製動。努爾哈赤軍事指揮的一個特點是，利用地形，誘敵入伏，以靜製動，奪取勝利。如他計誘劉入伏，以逸待勞，以靜擊動，將其在行動中加以消滅。
第五，親臨戰陣，全民行動。後金兵民，融為一體，共同反擊明軍的進攻。即在邊遠山區屯寨，也能埋藏糧穀，堅壁清野，遍設路障，抗禦明軍。同時，努爾哈赤在薩爾滸之戰中，親臨戰陣，策馬馳突，衝鋒陷陣，調度指揮。
努爾哈赤在薩爾滸之役的整個過程中，自始至終掌握著戰爭的主動權。尤其是他在明軍合圍之前，集中優勢兵力，逐路擊破明軍，從而表現了卓絕的軍事才能。薩爾滸之戰是努爾哈赤軍事指揮藝術一次精湛的表演。
八旗將士鐵騎威風，代善當機立斷，謂帝說：“吾當領兵前進”，即策馬迎敵，直入其營，諸貝勒亦不顧汗之命令，與二固山將士“並力殺人”，另外六個固山將士亦飛奔襲擊，此時，努爾哈赤並未堅持下馬步戰命令，聽任代善揮軍衝殺，終於迅速大敗馬林軍。
當三月初一日早晨，哨探稟報明兵分別從撫順關路和從棟鄂路而來時，努爾哈赤果斷判定，明國令我預見南方之兵，“是誘吾軍南敵，其大兵必從撫順關來，當先戰此兵”，遂下令八旗將士迎敵撫順明軍，而南方隻留原已安排的五百名兵士防禦。這個判斷和決定，非常英明，如果判斷失誤，以為棟鄂路之明兵是其主力，八旗軍前往迎戰，則撫順路杜鬆軍便可乘虛而人，直搗費阿拉了。
總的來說，一邊是腐敗的明朝政府，賦重役繁，國窮民貧，君昏相庸，帥劣將怯，士氣不振，人心思亂，指揮謬誤，另一邊是新興後金，統帥英明，用兵有方，將士奮勇，因此薩爾滸之戰，自然是隻能以明軍慘敗，後金大勝來結局。
薩爾滸之戰，影響巨大。這一仗，給予明朝政府以重大打擊。明朝政府人馬物資損失慘重，共有總兵、副總兵、參將、遊擊、都司、守備、中軍、千總、把總、道員、通判等官三百一十餘名陣亡，陣亡軍丁共四萬五千八百七十餘名，馬、騾、駝死亡十萬八千餘匹，槍炮火藥丟失無數。
明兵部尚書黃嘉善於萬曆四十七年（後金天命四年，1619年）三月中旬奏述損失之大時說：“向奴酋發難以來，奉旨後先起六七宿將，調募精銳幾十萬餘，不虞其大帥殞者四，道臣死者一，士馬物故亦複過半，器械芻糧其折而人於奴者，又不知凡幾”。
這一仗，讓努爾哈赤正式打出了“後金國汗”或“後金國皇帝”的國名汗號，公開宣布與明國分庭抗禮，並肩稱朕。天命三年四月打下撫順，努爾哈赤遣被俘漢人送致明國“七大恨”文書時，自稱建州國汗。此時努爾哈赤已經敢於用“建州國汗”、“建國”來與明國、朝鮮打交道，也就是說正式宣布不再是明帝臣仆，廢除了過去隸屬明帝的君臣關係。但是，這時還是“建國”，“建州國”，而“建州”之詞，來源於明永樂帝敕封的“建州衛”，還是有些遺痕。因此，過了一年，天命四年三月薩爾滸大捷之後，努爾哈赤就自稱“後金國”、“後金國汗”、“後金國皇帝”了。
天命四年四月，努爾哈赤遣使致書朝鮮國王，其書稱：“天命二（四）年後金國汗諭朝鮮國王，枚數七宗惱恨”。國王傳示備邊司：“奏文中後金汗寶，以後金皇帝陳奏，未知如何”？備邊司回奏：“胡書中印跡，令解篆人申汝及蒙學通事翻解，則篆樣番字，俱是後金天命皇帝七個字”。這裏第一次出現了“後金國汗”、“後金天命皇帝”，而且既有書信，自稱“後金國汗”，還有“汗寶”，有“後金天命皇帝”之印，可見，這時努爾哈赤才開始在對朝鮮交涉中，第一次抬出了“後金國”的國號和“後金國汗”、“後金天命皇帝”的汗號。
朝鮮立即將建州僭稱向明朝報告，明人大驚，稍晚一點，努爾哈赤攻下開原、鐵嶺，滅掉葉赫以後，遍發招降榜文，勸誘遼民歸順。明經略熊廷弼於萬曆四十八年六月戊申上奏說：
奴賊招降榜文一紙，內稱後金國汗，自稱曰朕，皆僭號也。大略賊自言為天所佑，中國為天所怪，諭各將率城堡歸降。
努爾哈赤第一次對遼東軍民使用了“後金國汗”的稱號，抬出了“後金國”，意義重大。
在此之前的“建州國汗”，雖然已有了國名和汗名，但畢竟還是自“建州三衛”演變而來，可以理解為努爾哈赤是轄領建州女真之汗，隻是割據邊外僭稱為王為汗的一部酋長，最多不過像蒙古察哈爾部林丹汗而已，在當地稱孤道寡，有時進邊搶掠人畜財帛，並未對明朝直轄版圖有領土野心。
可是，“後金國”、“後金國汗”、“後金國皇帝”的含義卻顯然不同了。後金國，意味著此乃金國之後裔建立的國家，其祖先是金國。昔日的金國，可非中原正統王朝之邊外小部，而是大軍南征，擄去北宋徽宗、欽宗二帝，隨即形成南宋與金對峙，占有半個中國的大金國，宋朝的燕雲十六州悉皆變為金國領地，北京成為金帝之國都。努爾哈赤將其轄地命名為“後金國”，自稱“後金國汗”、“後金國皇帝”，豈不是表明要與明帝分庭抗禮，相提並論，且稱明國為南朝，照此下去，不要說遼東都司應該為其吞並，就是包括北京在內的華北地區也應隸於彼之轄領之下，號稱“天朝天皇帝”的明神宗，隻好逃往黃淮之南，遷都杭州或南京了。
這可是天大的噩耗！難怪明經略熊廷弼在奏報“奴酋”僭號招降榜文時，因其榜文辱我君父而憤怨憂鬱，致忽爾昏仆。萬曆皇帝也憤怒驚恐交加，諭中外臣工說：“逆賊出榜招降，橫肆詬侮，朕心深切憤恨”。努爾哈赤自稱“後金國汗”、“後金國皇帝”，顯示了其有進占遼東甚至侵入關內的意圖，使明朝君臣大為驚恐。