還在阿敦被監禁之前，他就曾兩次被懲。
天命六年九月初一日，阿敦因達扈漢蝦阿哥帶其弟章嘉回都城祭墳之事，沒有勸阻，而被“定以罰銀二十五兩之罪”。
這還是小事，更麻煩的問題，更大的“過錯”而在後邊，那是四天以後的一件案子。初五日，諸貝勒、大臣斷定，阿敦有三大過失。一為誣告巴篤禮總兵官有違法行為。阿敦說：漢民曾來告狀，指控巴篤禮在戍地“將尼堪的女子帶到蒙古包內。又殺尼堪之豬、鴨食用，迫令尼堪女子做飯”。二為攻打遼陽時，蒙阿圖牛錄之人說謊，說阿敦之旗先登上城，巴篤禮以其說謊而鞭打。阿敦想堵住巴篤禮的嘴，向諸貝勒告發鞭打之事。三係阿敦控告，在尚間崖戰爭中，巴篤禮離開阿敦，“留下了”。諸貝勒、大臣斷定，一、三是誣告，蒙阿圖牛錄之人是說謊，遂以此定阿敦的罪，革其督堂職，沒收兩個女真牛錄。
阿敦被定上的三個錯誤，如果嚴格的說，全是缺少理事實依據的。以第一件事來說，阿敦身為督堂、總兵官，當然有權也有責任受理漢民的上控，何況在此前後，金國汗曾多次下諭，禁止女真官將欺淩尼堪，允許和支持尼堪上告。當時，女真官將橫行霸道，掠奪人畜錢財，侮辱尼堪婦女，魚肉漢民，已是司空見慣之事，十分普遍，諸貝勒、大臣憑什麼就斷定巴篤禮是清白善良的聖人，斷定阿敦是誣告？需知，阿敦有上控的漢民作根據，巴篤禮能拿出什麼過硬的材料來反駁？此事的如此斷決，說輕一點，是草率的，是主觀的，是不妥當的，如若追其秘密，論其實質，倒很可能是故意的，是有意開脫巴篤禮，存心狠整阿敦。
第三件事，與此類似。阿敦作為指揮官兵作戰的固山額真，對其屬下官將的功過，應是最了解最有發言權了，他往上報告屬將巴篤禮臨陣怯戰，留後不進，表現不好，這個評語，誰能推翻，難道說遠在他處的別旗官將，能知道巴篤禮在尚間崖戰爭中的行為嗎？能以外人的印象，否定指揮官對屬下將士的評語嗎？當然不能，這既關係到事實的真相，也涉及到將帥的權力和職責。諸貝勒、大臣對此事作出的結論，顯然也是有偏向的，也是站不住腳的。
第二件事，所謂孟阿圖牛錄之人謊稱阿敦之旗先登上城，人們不禁要問，憑什麼斷定蒙阿圖牛錄之人是說謊？有什麼證據證明不是阿敦之旗先上城？況且阿敦不是爭論誰先上城，而是不滿於巴篤禮依仗權勢，欺壓屬人，指控其鞭打士兵，這有什麼不對？
如果仔細分析巴篤禮的品質行為，更可以了解到阿敦“過失”的實情，以及此事的是非真偽。巴篤禮，素以“正直”認真自誇，也蒙騙了不少人。努爾哈赤曾召集八旗貝勒、大臣，訓誡他們要公正善良，要求八旗貝勒，以及督堂、總兵官以下，遊擊以上，公舉“好人”上報。請貝勒、大臣會議後呈奏說：巴篤禮“言語公道”，認真負責，揚古利“征戰英勇無過”，“眾人皆曰此二人賢”。努爾哈赤同意此奏，“遂各賞賜貂皮襪子、貂裘、佳帽、靴、帶”，以及傘、旗、轎、鼓樂。
就是這樣一個八旗貝勒、大臣推舉經汗欽準的“正直”賢人，卻不說正直的話，硬以非為是，以是為非。天命七年六月十一日，諸貝勒重新審理布山在遼陽戰爭中的“罪行”。本來，布山在這次戰爭中表現得特別突出，在戰事不利“我兵後退”之時，諸將“皆逃於房中隱蔽”，不敢出來禁約管轄，隻有布山見難而上，“獨出而管束指揮”，挽回危局，取得勝利。對於這樣一位十分難得的大將勇將，總兵官巴篤禮等人卻裁定布山是“怯戰”，而革其總兵官，降為參將。
現在，真相大白，布山蒙汗嘉獎，重賞布山，賜其為一等總兵官，充任固山額真，子孫世代免死。以巴篤禮當時“不進讜言，以非為是”，“不說正直的話”，諸貝勒大臣裁定，沒收其因正直而賞賜的各種物品，革其總兵官，降為參將，取一牛錄的諸申。從巴篤禮的人品看，阿敦的告狀，是有根據的，巴篤禮難逃其責。
盡管阿敦並無大的過失，可是卻被定了罪，並且懲罰很重，革了督堂之職，沒收了兩個牛錄，這就預示著更厲害的風暴即將到來，阿敦就要大禍臨頭了。
剛剛過了半個月，天命六年（1621年）九月十八日，阿敦便被定上亂政大罪而下監獄。《滿文老檔》太祖朝卷二十七對此事作了如下記述：
逮捕阿敦阿哥。阿敦阿哥的罪狀是：挑唆大貝勒、莽古爾泰貝勒與四貝勒不和，講詆毀國政之話，並用讒挑唆其他小貝勒。為此，經諸貝勒商議，奏聞於汗。汗麵訊驗證其罪，令擬以罪。諸貝勒、眾執法大臣擬將阿敦阿哥交八旗杖斃。汗曰：爾等所斷，誠當也，吾非憐惜彼也。昔在薩爾滸時，曾有言：我等之手，勿殺犯罪之人，而囚之於高牆。今若背棄我等曾定不殺之議，將何以取信於國人耶！可令監禁留之。乃以鐵鏈係之，囚禁於牢中。
這裏隻說了“監禁留之”，似乎是免了阿敦一死，但在一年零八個月以後的一次汗諭裏，努爾哈赤又說道：揚古利有功，子孫世襲其一等總兵官世職，“若犯下似噶蓋、阿敦等敗壞政道之罪，則殺其身，倘因過失犯罪，則犯死罪而不誅之，犯籍沒財產之罪而不抄之”。從這段記載看，阿敦最後也是被斬首而死了。
盡管努爾哈赤、諸貝勒和眾執法大臣給阿敦定了擾亂國政的大罪，但他有哪些具體罪行？他為什麼要使大、三、四貝勒不和？又使用了哪些手段？仍是語焉不詳，令人難以捉摸。幸好，阿敦不僅在後金國八旗官將中有很高的地位，並且聲名遠揚，明國和朝鮮也知其人，有所評述，提供了一些珍貴材料。
早在明萬曆四十七年（1619年）兵部奏準“刊印榜文，曉諭中外”的《擒奴賞格》中，就有阿敦之名，是列在努爾哈赤的子侄之後。《賞格》說：“擒奴酋中軍韋都、前鋒阿堵、書記大漢、女婿火胡裏”等人，“賞銀七百兩，升指揮僉事世襲”。阿堵，就是阿敦，明帝頒行的《賞格》，稱其為前鋒，名列韋都（額亦都）之後，火胡裏（何和禮）之前，可見其地位之高，作戰之勇，確係威震遼東，名傳內地。
朝鮮對阿敦的情況更為熟悉。天命六年八月，朝鮮滿浦僉使鄭忠信入使金國時，“深人虜穴，詳探虜中事情”。鄭忠信返回後向國王奏報阿敦之死的原因說：努爾哈赤曾向阿敦詢問嗣子人選。阿敦回答說：“智勇雙全，人皆稱道者可”。意指皇太極。代善知道後，甚為不滿。後阿敦又密告代善說：皇太極與莽古爾泰欲圖謀害代善，“事機在迫”。代善向汗父報告，努爾哈赤詢問皇太極與莽古爾泰，二人皆辯稱並無此事。努爾哈赤生氣，以阿敦“交構兩間”，遂將阿敦關於獄中，抄沒其家。
根據《滿文老檔》和朝鮮的資料，我們對阿敦下獄一案比較清楚了。看來，從九月初五日阿敦與巴篤禮之爭及其革督堂職被處罰，以及這次的終身監禁或誅戮，都是出於同一原因，即阿敦參與了或卷入了大貝勒代善和四貝勒皇太極爭奪汗位繼承人的鬥爭，他偏向於皇太極，因而受到了製裁。
額爾德尼之死
額爾德尼在很早的時候就隨努爾哈赤征戰四方，立下很多的功勞。額爾德尼不但能征善戰，文采也特別出重，其中創製滿文可以說是額爾德尼最大的貢獻之一。
滿族是以女真為核心、為主體，吸收漢蒙等族人員而形成發展起來的。女真族在金代曾參照漢字，創造了女真文，但是，到了元朝末年，懂女真文的人已經很少了，至明英宗正統年間，絕大多數女真人已不識女真文為何物。正統九年（1444年）二月甲午，女真玄城衛指揮撒升哈等酋長奏稱：“臣等四十衛，無識女直字者，乞自後敕文之奏，第用達達字。從之。”達達字，就是蒙古文字，可見，到了十五世紀中葉，女真文已失傳，必須借用蒙古文，女真各衛酋長與明朝政府的文移往來，公文都用蒙古文書寫。這種情形一直延續下來，到努爾哈赤興起以後，建州也是這樣做的，所行公文和法令，都用蒙文。此即《滿洲實錄》卷三所載：“時滿洲未有文字，文移往來，必須習蒙古書，譯蒙古語通之。”女真人說女真話，可是沒有文字，不懂金代創製的女真文，而必須借用蒙古文，太不方便了。語言和文字的矛盾，已經成為阻礙滿族形成和發展的嚴重障礙，與建州的快速前進極不適應。
具有雄才大略的聰睿汗努爾哈赤，富有遠見，及時地看出了這一問題的重要性，決定立即創製本民族的文字，於萬曆二十七年（1599年），即起兵以後的第十六年，命額爾德尼和噶蓋，借用蒙古文，創製滿文。額爾德尼與噶蓋遵奉汗諭，共同研究和創製，不久，噶蓋被誅。“額爾德尼遵上指授，獨任擬製，奉上裁定頒行，國書傳布自此始”。有的文獻讚稱，“（額爾德尼）創立滿文，遍行國中，一切製詔章疏文移等體，不複用蒙古字。”現存的《滿文老檔》，記事從萬曆三十五年開始（前麵殘缺），離其創製不到九年，可見其流行之快。
額爾德尼還是後金國早期法令的起草者和《滿文老檔》的重要撰寫人。他的同事稱讚說：“額爾德尼巴克什記錄恭敬聰睿汗之一切善政。額爾德尼巴克什之勤勉、謹慎、記性、聰明，為人所難得。在這本書上嘔盡心血，最初記載這些事情，確非易事。”
額爾德尼積極宣傳努爾哈赤承奉天命，應為國君，指責明帝昏庸謬誤，必然失敗。《滿文老檔》太祖朝卷六，記載了額爾德尼對擊敗明遼東總兵官張承蔭的評論。其文如下：
編纂法典作書之大臣額爾德尼巴克什曰：因尼堪國萬曆帝之謬誤甚多，天地皆以為非而責之。在三處設營挖壕層層排列槍炮之一萬明軍，戰中並未取勝，皆被攻破殺死，女真國英明汗善行甚多，天地佑吾，尼堪一萬兵發射之大炮有一百，小炮一千，我等僅有身份低微之當差之二甲被那千百槍炮打死，確係天佑。
天命四年（1619年）三月八旗軍於薩爾滸大破明軍後，額爾德尼又作了長篇評論。《滿文老檔》太祖朝卷九載述說：
編纂法典作書之額爾德尼巴克什曰：尼堪萬曆帝，從戊午年二月起，征兵備戰，已未年十二月，二十七萬兵，號稱四十七萬，四路出師，欲圖攻破女真國英明汗所居之城，欲滅我國。彼不顧天意，自恃國大兵多人眾，違天之意而出兵，謀害公正，恃強無理，圖殺善人，此乃違背天意也。若非尼堪萬曆帝惡貫滿盈，怎能僅僅三天，就全殲其二十七萬大軍。此是天以為大惡，故有此下場。因女真國英明汗公正善良之處甚多，故領兵之諸貝勒、大臣無一死亡，此亦天助也。
額爾德尼的聰睿博學，甚為努爾哈赤讚賞，成為他的心腹大臣，經常被派去傳達重要指示。天命三年四月十五日攻下撫順後，遼東總兵官張承蔭來援，努爾哈赤遣額爾德尼前往大貝勒代善、四貝勒皇太極軍營，口傳汗諭。天命六年七月，因鎮江軍民起義，大貝勒代善、三貝勒莽古爾泰和督堂阿敦，奉諭率兵趕往金州。不久，額爾德尼從京城遼陽派往戍地，傳達汗旨。
額爾德尼是女真國、後金國、全國的文臣之魁，重大典禮，均由他操辦，努爾哈赤就任英明汗的大禮，就是由他主持的。當時，汗端坐於上，額爾德尼站在左側，阿敦在右，八旗大臣奉上尊號文書時，是額爾德尼宣讀的。他還經常作為迎賓大臣，代表金國出席。天命六年九月二十四日，朝鮮國王遣滿浦僉使鄭忠信入使金國，努爾哈赤派“汗之三位女婿”烏爾古岱額駙、撫順額駙、西屋裏額駙、已篤禮總兵官及額爾德尼往迎，在城外下馬相見。
額爾德尼還參與重大案件的審理。天命五年三月，小福金代音察控告大福金富察氏送飯與大貝勒、四貝勒吃，以及大福金深夜出院等事，努爾哈赤派遣調查的四位大臣中，就有額爾德尼，而且名列第二，僅在達爾漢蝦阿哥之後。
額爾德尼不僅是博學多識的文豪，還是馳騁疆場奮勇衝殺的戰將。他在天命三年四月擊敗遼東總兵官張承蔭的戰鬥中立了一功，後又在天命七年二月與達海一道，迫使明戚家堡投降，帶回人四百名和牛馬驢一百一十頭。
正由於額爾德尼早年來歸，盡心竭力，創製滿文，“傳宣詔令，招納降附”，“著有勞績”，因而為汗寵信，賜號“巴克什”，初授參將，後升副將，成為譽滿金國的大巴克什。後來天聰七年（1633年）天聰汗皇太極評論額爾德尼時，曾諭告文館儒臣說：“額爾德尼遵太祖指授，創造國書，乃一代傑出之人。”