我國現行的高校內部治理製度，是計劃經濟時代建立起來的。盡管自十一屆三中全會以來，高校的內部治理經曆了幾次改革，並於上世紀90年代後期加快了改革步伐，但是總體來看，計劃經濟的特征和行為仍然很明顯，有的問題還很突出，未能允許知識創新、品牌創新的出現。孫誌軍、李祥雲兩位博士的調查說明了此問題（見下表），專家們對高校宏觀管理體製和大學生就業製度的認可（非常顯著和比較顯著）超過50%；而對舉辦體製、經費體製、招生體製、校內治理體製（人事製度、機構設置與編製製度、分配體製）認為“不太顯著”和“很不顯著”的兩項相加超過了60%，高校內部治理體製的改革任務還相當艱巨。
目前來說，高校的治道變革主要應關注幾個方麵，如：
（a）在資源配置方麵，行政化傾向明確，學術權力與行政權力失衡。高等學校的許多資源都由政府分配，學校間相互分割，重複配置，不講效益；學校內有“建製規格”，官本位做法通行，學術權力被淡化或弱化。
（b）在決策機製方麵，缺乏暢通的民主渠道和有效的監督機製，教代會、工會、學生會的作用還未充分發揮，高等學校的績效回應機製不健全，一個最典型的事例是，溫家寶總理在主持高等教育工作會議時，問高校到底貸了多少錢，3000億，4000億，還是5000億？可見，高校的決策與管理層的注意力和責任心有強烈的相關關係。
（c）在人事體製方麵，仍然存在事業單位的一些弊病，吃“大鍋飯”，沒有形成有效的競爭機製和激勵機製，這樣一是不能吸引有學術偏好和能力的人進入高等教育行業，二是使已有教師隊伍的工作努力方向發生偏差。
總之，要使高校自發地回應市場的效率要求，回應學生的消費訴求不可能一蹴而就，還需要我們打造和擁有相應的製度基礎：（a）公眾以及高等教育管理者們能在意識形態上要認同市場邏輯和企業化經營方式，樹立鮮明、開放的品牌意識，利用社會的信息結構，開放辦學，形成支持的觀念基礎；（b）高等教育服務應實現提供與生產的分離，高校隻有成為在係統內自主經營和發展的組織，管理層才會不斷地探索具有生產性方向的知識和行為努力，實施真正的品牌戰略，而不是打著品牌的旗號，貪大求快，追求個人政績，形成支持的製度基礎；（c）高校應實現真正的治道變革，政府應充分保證高校自主辦學的權利和獨立的學術自由地位，有利於高校自主的生產性探索，在高等教育生態中形成特色，打響品牌，形成支持的自由基礎。國家要有相互銜接的政策，鼓勵高校辦出特色，經費撥款，學費製定，招生、就業等等，都要體現出鼓勵特色行為。在上述理想模型的框架下，高等教育管理者才會重視可持續性發展，高校的品牌經營才能健康發展。