改兌法即長運法或直達法。由漕運都禦史滕昭推行。由兌運的軍官過江，徑赴江南各州縣水次交兌。免除農民運糧，但要增納一項過江費用。淮安等四倉支運糧為改兌。自此，除白糧仍由民運外，普遍實行官軍長運製度。
為維持漕運，明朝朝廷規定漕糧全征本色，不得減免，嚴格限製漕糧改折。隻許在重災、缺船或漕運受阻等嚴重情況下才實行部分的改折，折征時正、耗各項合計在內。
清朝朝廷為了確保漕運，對運道的疏通十分重視，采取了治黃兼 顧治運的方針，這樣，客觀上給運河地區，特別是黃淮地區的水利事業帶來一定的好處。
清代開鑿了中運河。中運河原為發源於山東的泗水下遊故河道，後為黃河所奪。中運河的開通，是清代一項重大水利工程，是清代南北漕運所必經的河段。它也是大運河的一部分。
清代漕運方法基本承明製，但又有下列名目：正兌米，運京倉糧，定額330萬石；改兌米，運通州倉糧，定額70萬石；折征，將漕糧折算成銀，價銀統歸地丁項內，上報戶部。
清代漕船數與編製稍異明代，一般以府、州為單位，10人一船，10船一幫，10船互保。總數1萬多艘，而實際運於漕運的僅7000艘左右。每船裝運量不得超過500石，另可裝土產往返各口岸行銷，後因運道淤塞而禁止。
清代後期實行官收官運，承運者是軍籍中較殷實的軍丁，也就是運丁。發運時每船配運軍一名，運副一名，雇募水手9名至10名。各省
運軍水手多少不等，總數在10萬名左右。
漕運最高長官為漕運總督，駐淮安。其下為各省糧道，共7人，掌本省糧儲，轄所屬軍衛，遴選領運隨幫官員，責成各府會齊、僉選運軍等；坐守水次，監督、驗明漕糧兌換，麵交押運官，並隨船 督行至淮安，呈總督盤驗。
為確保漕運無誤，清朝朝廷於淮安、濟寧、天津、通州運河沿線設置巡漕禦史，稽查本段漕運。此外，淮安淮北沿河置有鎮道將領，以催促入境漕船前行；在鎮江與瓜州的南漕樞紐處，由鎮江道催促，同時由總兵官或副將巡視河岸，協同督促漕船過江。
清代在道光年間於上海設海運總局，天津設收兌局，並特調琦善等總辦首次海運。漕船從黃浦江出發，經吳淞口東向大海，行2000餘千米達天津收兌局驗米交收。清朝朝廷特準商船載運免稅貨物20％往來貿易，調動了商船積極性。
晚清時期發生了一係列與漕運有關的事件，如商品貿易的發展及輪船和鐵路交通逐漸興起等，最終導致漕運的衰落。