後來，人們又在此地新建了中山東路和逸仙橋。這樣一來，明故宮遺址被從中分為南北兩部分，僅存午朝門與地下石柱礎等少量遺跡了。
明故宮雖然被毀了，但它的曆史地位不可磨滅。
[旁注]
陪都 是指因政治地理原因或其他政治軍事形勢的原因，朝廷或國家在正式首都之外選擇特定地理位置所建立的輔助性首都。陪都現象在我國最早出現於殷商時期，但是比較正規的陪都始於西周。設置陪都是為了加強對全國的統治。
都統衙門 都統是八旗組織中一旗的最高軍政長官。1615年設置，並各設兩個輔佐官。1660年定漢名為“都統”，滿洲、蒙古、漢軍旗各一人，共24人。分掌各該旗之戶籍、田宅、教養、營製、兵械以及選官序爵、操演訓練等軍政事務。都統衙門就是都統辦公的地方。
太平天國 1850年末至1851年初，由洪秀全、楊秀清、蕭朝貴、馮雲山、韋昌輝、石達開組成的領導集團在廣西金田村發動對滿清朝廷的武力對抗，後建國號“太平天國”。1872年，最後一支打著太平天國旗號作戰的太平軍在貴州敗亡，太平天國至此消亡。
石柱礎 是我國傳統建築中的一種結構構件，它主要有：第一、承受由柱子傳來的屋頂荷載，並將其傳達到地基上；第二，隔絕地基的潮氣，防止木柱受潮腐爛；第三，根據柱間板壁的安裝要求不同，柱礎形態做相應的變化及處理。
朱棣 （1360年～1424年），明朝第三位皇帝，明太祖朱元璋第四子。1402年奪位登基，改年號為永樂。明成祖朱棣即位後五次北征蒙古，緩解其對明朝的威脅；疏通大運河；遷都並營建北京；編撰百科全書《永樂大典》；設立奴兒幹都司，以招撫東北少數民族。鄭和下西洋溝通了中國同東南亞和印度河沿岸國家。
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新中國成後，荒寂多年的明故宮遺址又重獲新生。南京剛一解放，國家領導人邀請有關專家、學者座談，征求保護意見。
與會者一致認為，這是我國曆史上重要的明朝皇宮遺址，應該予以保護，因此決定將明故宮僅存的約350個石柱礎就地深埋，埋入路北側中軸線及其兩側；將中山東路北側約60萬平方米的地辟為南京軍區教練場進行保護。
1956年10月，明故宮遺址被公布為江蘇省重點文物保護單位。
現存的明故宮遺址公園，不僅有大量的精美石刻遺跡，供人們從中遙想當年這座皇宮的輝煌，另外，隨著陸續恢複的東華門、西安門遺址公園，更能讓人們從中感受到明初皇氣初成的輝煌。