1594年，由明孝定皇太後出資，整修潭柘寺，增添殿宇，並建造了方丈院等房舍80餘間。
明代的200多年期間內，皇帝幾次對寺院賜名，因而寺名幾次更改。明宣宗曾經賜名“龍泉寺”，明英宗曾經“敕改仍名嘉福寺”，但民間仍稱其為“潭柘寺”。
1686年，清代康熙皇帝降旨，命阜成門內廣濟寺的住持僧，著名的律宗大師，與自己相交多年的震寰和尚為潭柘寺的欽命住持。
當年秋天，康熙皇帝駕臨潭柘寺進香禮佛，並且留住了數日，賞賜給潭柘寺禦書金剛經10卷、藥師經10卷、沉香山1座、壽山石觀音1尊、壽山石羅漢18尊。
1692年，康熙皇帝親撥庫銀1萬兩，整修潭柘寺。在震寰和尚的親自主持下，從這年秋到1694年夏，曆時近兩年，整修了殿堂共計300餘間，使這座古刹又換新顏。
1697年，康熙皇帝二遊潭柘寺，並親手為山門額匾書寫了“敕建岫雲禪寺”6個楷體大字，寺名遂正式成為“岫雲寺”。從此潭柘寺就成為了北京地區最大的一座皇家寺院。
康熙還作有《為震寰和尚題照》詩一首：
法像儼然參涅槃，皆因大夢住山間。
若非明錦當合法，笑指真圓並戒壇。
1698年，康熙皇帝為牌樓親題匾額，並賜給潭柘寺12桶桂花和8杠龍須竹，這就是寺中著名的“金鑲玉”和“玉鑲金”竹。
1699年，康熙皇帝命著名的律宗高僧止安律師為潭柘寺的欽命住持，並賜給潭柘寺鍍金劍光吻帶4條，安裝在大雄寶殿的殿頂上。
據說，康熙皇帝有一次來到潭柘寺時，看見大雄寶殿正脊的兩端各有一巨型碧綠的琉璃鴟吻，這對鴟吻見了康熙帝，竟然躍躍欲動，大有破空飛走之勢。於是康熙皇帝就命人打造金鏈將它鎖住，而後又在上麵插上了一隻寶劍。幾百年後，這4條金光閃閃的吻帶依然完好如初。
清雍正年間，一向深居簡出的雍正皇帝也曾專程到潭柘寺進香禮佛。並作有《潭柘寺》詩：
省耕郊外鳥聲歡，敬從祗林擁入鸞。
法苑風飄花作雨，香溪水激石鳴喘。
含桃密綴紅珠時，嫩籜新抽碧玉竿。
勝地從容駐清華，慈雲鎮日護岩巒。
1742年，乾隆皇帝第一次遊幸潭柘寺，“賜供銀二百金、匾額九、楹聯二、詩二、章幅子一軸、法琅五供一堂”。
在潭柘寺，到處都留下了乾隆皇帝的墨寶。如他在《猗亭小詩》中寫道：
掃徑猗猗有綠筠，頻伽鳥語說經頻。
引流何必浮觴效，豈是蘭亭修歧人。
1744年，乾隆皇帝還把禦筆《心經》和自己手書的詩篇賜給了潭柘寺。
清代嘉慶皇帝也像其前輩一樣，崇信佛教，他也曾到潭柘寺進香禮佛，遊玩賞景，曾作有《初遊潭柘岫雲寺作》五言詩一首：
西山古潭柘，今日徑初由。
問景層層妙，入門步步幽。
春輝在峰頂，老樹倚階頭。
禮佛參心性，聽泉泯去留。
璿題標上界，神物護深秋。
花雨諸天淨，圓光萬象周。
一宵亦舊業，中道勉前修。
汲汲離佳境，隨雲出岫遊。
潭柘寺經過數次維修和擴建，寺院建築規模龐大，錯落有致。其整體布局嚴謹有序，不愧為皇家寺院。
潭柘寺坐北朝南，主要建築可分為中、東、西3路：中路主體建築有山門、天王殿、大雄寶殿、齋堂和毗盧閣；東路有方丈院、延清閣、行宮院、萬壽宮和太後宮等；西路曾有愣嚴壇、戒台和觀音殿等。
此外，還有位於山門外山坡上的安樂堂和上、下塔院以及建於後山的少師靜室、歇心亭、龍潭、禦碑等。塔院中共有71座埋葬和尚的磚塔或石塔。
山門外是一座三樓四柱的木牌坊，牌樓前有兩棵古鬆，枝葉相互搭攏。牌樓前有一對石獅，雄壯威武。過了牌坊是一座單孔石拱橋，名懷遠橋，過橋就是山門。
山門正中券門上方匾額“敕建岫雲禪寺”出自康熙之手，山門兩側紅牆嵌有醒目大字，左為“佛日增輝”，右為“法輪常轉”。
天王殿殿中供奉彌勒像，背麵供韋馱像，兩側塑有高約3米的四大天王神像。
天王殿前，有“潭柘二寶”之一的寶鍋，是一口銅鍋，直徑1.80米、深1.1米，為和尚們炒菜專用鍋。在東跨院北房還有一口更大的鍋，直徑4米，深2米，一次煮粥能放10石米，需16個小時才能煮熟。
關於這兩口鍋，還有“潑砂不漏米”之說，原來，鍋底有“容砂器”，隨著熬粥時的不斷攪動，砂石會沉入鍋底的凹陷處。
天王殿兩旁為鍾鼓樓，後麵是大雄寶殿。大雄寶殿為重簷廡殿頂黃琉璃瓦綠剪邊建築，麵闊5間，上下簷懸有禦賜金字大匾，上簷為康熙手書“清淨莊嚴”，下簷為乾隆手書“福海珠輪”。
正脊兩端各有一巨型碧綠的琉璃鴟吻，釉彩碧綠斑斕，造型生動，高2.9米，僅比紫禁城太和殿上的正吻小0.5米，在北京古建築中位列第二大。鴟吻海口大張，銀牙淩翹，其前後兩側各盤曲有一條“S”形金龍，金龍為鮮亮的金黃色，鑲嵌在橙黃色的琉璃大吻上十分醒目。在正吻兩側，各拴有一條長約兩丈的鍍金鎖鏈，在陽光下熠熠生輝。
殿內正中供奉碩大的佛祖塑像，塑像後麵背光上雕飾有大鵬金翅鳥、龍女、獅、象、羊、火焰紋等。佛像左右分立阿難、伽葉像。均為木質漆金，雕刻精美。
據潭柘寺的寺誌記載，在大雄寶殿佛像前原有兩棵神奇的柱子，“每年春夏之交煥彩如新，人莫測其所以”，被稱作“自油柱”，奉為寺寶，不料1692年大殿失火，兩棵“自油柱”未能保存下來。
整座大殿寬大的月台圍以鏤刻精美的漢白玉石欄，中有一座大焚香爐，煙雲繚繞，為“潭柘十景”之“殿閣南蒸”。
大雄寶殿後麵就是齋堂院，是和尚們吃飯的地方，堂後有三聖殿，但這兩座殿都在後來被拆除，隻剩下兩棵高大的娑羅樹和兩株銀杏樹。
傳說這兩棵娑羅樹是明代由印度移植而來，已有600多年的樹齡。 據清乾隆年間《日下舊聞考》第105卷記載：
惟殿左銀杏大者一株，高十丈餘，圍約二丈餘，其旁複生小者三株，高數丈。寺僧雲，前一株生，適當聖祖臨幸時；後二株生，適當皇上臨幸時。
這兩株銀杏東側一株較大的被乾隆皇帝禦封為“帝王樹”，西側封為“配王樹”。此記載被廣大信眾傳說為帝王樹每逢清代的一位皇帝登基，必生一枝幹；每逢一位皇帝駕崩，其枝會自裂或與母幹合而為一。
潭柘寺隨地勢層層拔高，中軸線終點是一座樓閣式的建築，名毗盧閣。閣頂大脊用磚砌成，大脊正麵鏤空雕出“遊龍戲珠”圖案，8條奮鱗揚爪的遊龍追逐著一顆光焰四射，向上升騰的寶珠，十分壯觀。
在大脊後麵，是雕刻著6隻展翅的彩鳳簇擁著一朵朵碩大的牡丹花的“鳳戲牡丹”圖。在大脊兩端的鴟吻上麵也雕刻有美麗的圖案，正麵是“飛龍戲珠”，後麵雕刻的“龍鳳呈祥”卻是一隻展翅飛舞的金鳳高翔在上，其下則是一條遊龍，金鳳高高在上，占據了整幅圖案的三分之二，是圖案主體，而遊龍則起一種陪襯作用。
毗盧閣簷下正中懸有乾隆禦匾“圓靈寶鏡”，殿內供奉五尊佛像，自東向西分別為：表示福德的南生佛；表示覺性的東方阿佛；法身佛即如來佛；表示智慧的西方阿彌陀佛；表示事業的北方不空成就佛。
閣前植有臘梅、探春、二喬玉蘭等名貴花木，殿兩側有“雲梯百尺”通往上層閣樓，是眺望寺容山景的最佳位置。
圓通殿和地藏殿在毗盧閣東，平行排列，兩殿之間有一座高大、潔白的僧塔，名為金剛延壽塔，由越靖王朱瞻墉建於1437，為石砌覆缽式塔，高17米，舍利塔後側牆壁上嵌有一塊刻石，這就是前麵提到的寺中最古老的石碑“金代詩碣”。
寺院東路由庭院式建築組成，有方丈院、延清閣和清代皇帝的行宮院，主要建築有萬壽宮、太後宮等。
方丈院和行宮均在清康熙時修建，頗具江南園林之意境。行宮院建成後，康熙皇帝來住過數次，以後乾隆皇帝也駕臨住於此處。
行宮院中在方丈院東側，竹地之北有一綠琉璃瓦頂單簷四角攢尖亭式木結構建築名為流杯亭，坐北朝南，乾隆帝禦筆題額“猗犴亭”。
亭內地麵為一巨石，地麵刻出彎彎曲曲的十餘厘米的水槽，深約三寸，取自古代“三月三”“曲水流觴”的習俗。水道呈龍虎形花紋圖案，南側看是龍頭，北側看是虎頭。
此院中幽靜雅致，其中流杯亭北側的竹林最為奇特，係潭柘寺極為有名的翠竹。該竹高3米至5米，竹幹金黃色，每隔一節就有一道翠綠如玉的垂直線條，名“金絲掛翠”，即前麵提到的“金鑲玉”。
流杯亭南房後還有一片竹林，正和金絲翠竹相反，竹幹翠綠如玉，每個竹節前後交替各有一垂直金線，名“碧玉鑲金”竹，即前麵提到的“玉鑲金”。
據文獻記載，以上兩種竹原產我國成都，稱“金鑲碧竹”，後移植到浙江杭州一帶栽植。自1699年康熙皇帝賜給寺內以來，這些珍貴名竹已有300多年，但仍枝繁葉茂，成為潭柘寺一景。
寺院西路大多是寺院式的殿堂，主要建築是楞嚴壇、戒台大殿、藥師殿、文殊殿、觀音殿、祖師殿、龍王殿以及西南齋、寫經室和大悲壇三處自成係統的院落，一層層排列，瑰麗堂皇。