每次修理，興師動眾，勞民傷財，所費不貨。明代改建的磚城也略呈梯形，下寬上窄，每行磚與每行磚之間，往上稍有凹進，以利雨水下流。
最後，把元大都的11門改為9門，南城3個門照舊，隻把城門的名稱改了，並將文明門改為崇文門，並一直沿用了下來。
到了1552年，嘉靖皇帝為了防止北方少數民族的入侵，計劃在整個北京城外，再建築一道外城，結果困於財力、物力，隻在南城外築成一條東西狹長的城牆，即東起廣渠門、西到廣寧門的外城，又叫羅城。
這樣一來，昔日北京城最南麵的崇文門，就成為內城。街道店鋪，住戶人家，出人此門的官吏商人，日益增多。
清入關以後，在城建上沿襲明製。它為了調劑在京滿人官吏的收入，在《戶部稅則》中規定，行李不在納稅之列：
然而外吏入都，往往有應納稅之物，如續綢緞布等。
可見崇文門一帶的稅收頗豐。
明末以來，崇文門外是比較熱鬧的，大小商販，車水馬龍。護城河水清瀅，河上架有橋梁，河中遊有畫舫，兩岸種著樹木花草。綠柳迎風，紅花邀月，秀麗非常。
正陽門箭樓始建於1439年的明代，建築形式為磚砌堡壘式，城台高12米，門洞為五伏五券拱券式，開在城台正中，是內城九門中唯一箭樓開門洞的城門，專走龍車鳳輦。
箭樓為重簷歇山頂、灰筒瓦綠琉璃剪邊。上下共4層，東、南、西三麵開箭窗94個，供對外射箭用。箭樓四闊七間，寬62米，北出抱廈5間，寬42米，樓高24米，門兩重，前為吊落式閘門，後為對開鐵葉大門。
明、清時期的正陽門城樓和箭樓之間，原有一個巨大的甕城，南端呈弧形抹角，箭樓坐落在頂端，甕城南北長108米，東西寬88米，內有空場，四向均有門。
1780年和1849年，箭樓曾兩度失火被毀。後來，經過修繕後，增加了平座護欄和箭窗的弧形遮簷，月牆斷麵增添西洋圖案花飾，十分漂亮。可以說，正陽門箭樓從它建成的那天起，一直都是老北京的象征。
宣武門，元稱順承門。是在1419年在南拓北京南城牆時所修建的，沿稱元“順承門”之名。後來，明朝政府又重建城樓，增建甕城、箭樓和閘樓，曆經4年之後，工程全部竣工。取張衡《東京賦》“武節是宣”，有“武烈宣揚”之義，改稱“宣武門”。
宣武門城樓麵活5間，通寬32.6米，進深3間，通進深23米，樓連台通高33米，重樓重簷，歇山式灰筒瓦綠互諒互綠琉璃瓦剪邊。
甕城呈長方形，南北長83米，東西寬75米，西牆辟券門，其上為閘樓，將門樓與箭樓連接為一體。甕城南牆城台之上為箭樓，箭樓麵活七間，通寬36米，通進深21米，連台通高30米。
門樓以西設有一水關，城內雨水與汙水可沿明濠順此排入南護城河。城外護城河上還有一石橋。清代的城樓規製基本沿襲明製，僅加以修葺。
宣武門內的天主堂，是北京的第一座教堂。1601年，意大利人利瑪竇遠涉重洋入北京傳教，萬曆皇帝準其留京。數年間，利瑪竇遍遊京師，1605年擇吉地，在宣武門內建“禮拜堂”。
當年的禮拜堂雖然宣揚基督教，但仍是我國傳統建築樣式。後來，當時任職欽天監的德國人湯若望將禮拜堂改建成具有西洋風情的建築樣式，俗稱“南堂”，為清代北京耶穌會人士的活動中心。
阜成門在元代初建成時名為平則門，與朝陽門東西兩方遙遙相對，京西門頭溝齋堂的煤車，多出入此門，故甕城門洞內由煤棧客商募捐刻梅花一束記之。
“梅”與“煤”諧音，每當北風呼號，漫天皆白，烘爐四周之人皆讚：“阜成梅花報暖春”。
阜成門位於北京內城的西垣南側，1439年重修時改名為“阜成門”，為通往京西之門戶，明清及後來很長時間，城內所需要的煤炭都是經由此門運入的。
明代在元大都城的基礎上營建北京城，改11門為9門，其西城垣除北端縮短2500米並取消肅清門，南端展拓1000米外，其餘基本未動，平則門亦沿襲舊稱，之後有更名為阜成門，並修築了城樓、城門、箭樓、甕城、甕城門各一，其規製較元大都城門為高。
城樓為三重簷歇式重樓建築，台座呈梯形狀，連同城樓通高35米。台座頂麵鋪設城磚，並與城垣頂麵甬道相連，其餘箭樓、甕城及甕城門城樓的規劃均類似於西直門的建造。
城內道路亦改稱阜成門街，街南側有巡捕廳等機構，而城外的官道則為通往西山的重要道路。清代北京城垣規製多沿襲明代。
1787年的乾隆時期，曾對城門和箭樓等進行較大規模的維修。阜成門是明、清兩代自門頭溝運煤進城的重要通道，故有“煤門”之稱。
西直門是在1267年元世祖忽必烈在金中都舊城東北營建新城時開始建造的，在當時西直門被稱為和義門，是東直門的姐妹門，劉秉忠為西直門總設計師，郭守敬負責水源方麵的設計，按照《周禮·考工記》中關於帝王之都的理想布局設計建造，曆經18年完成。
1358年冬天，元順帝為防農民起義軍攻城，下令趕築包括和義門在內的11座城門的甕城和城外護城河的吊橋。
1368年，徐達率大軍攻占北京城，為了防止北元的反撲，曾命華雲龍整修和義門及附近城牆，後來再次修繕後改名西直門。
1436年，明英宗命太監阮安等監修京師9門城樓，修建時利用和義門原有的門洞，將原甕城壓在新建的甕城之下。史書中曾有明代萬曆年間大風毀壞西直門城樓的記載，到了清代，乾隆皇帝也對西直門的城樓和箭樓進行過修葺。
西直門城樓台基底寬40.9米，城台頂進深24米，城台高10.7米，內側券門高8.4米，外側券門高6.3米。
城台內側左、右馬道寬5米，城樓麵闊五間，連廊麵寬32米，進深三間，連廊通進深15.6米，城樓連城台通高32.7米。
甕城為方形，東西長62米，南北寬68米，甕城南側辟券門，券門上建閘樓，東北角建關帝廟。
建成之後的西直門包括門樓、門洞、箭樓、甕城和甕城門各一，均采用山東臨清燒製的特大城磚，是除正陽門外規模最大的一個城門。
門樓通高34.4米，為3層飛簷歇山式建築，柱、門、窗皆為朱紅色，簷下的梁枋上飾以藍、綠兩色圖案，頂部為綠色琉璃瓦，飾有望獸及脊獸。
在門樓台下部正中與城垣牆身垂直方向，辟有券頂式城門洞，因沿襲和義門之製，較內城其他門洞低。裝有向內開啟的城門一合，用福山壽海5麵包錠鐵釘固定。
城門正前方為一重簷歇山頂箭樓，西、南、北3側共有箭窗82孔。箭樓西側麵闊7間，內側廡座麵闊5間，通高30米，俯視呈“凸”型。
甕城連接城樓與箭樓，為東西62米、南北68米的方形。西北角設有甕城廟。在甕城南牆辟有一甕城門。與城門方向成曲尺型，以利屏蔽城門。上方有一座單簷硬山譙樓有兩層12個窗，有稱甕城門樓。城外護城河木橋改為石橋。
西直門城門為木質，有地堡式城樓3間，上設5孔水眼的水窩兩個，可向城門灌水，以抵禦火攻。
1894年，光緒皇帝下令修建了西直門至頤和園的石路，同時修繕西直門城樓，後因中日甲午戰爭爆發，修繕還有沒有來得及完工就被中斷了。
由於北京的水源地多位於北京玉泉山附近，因此，皇城中所需的禦用水從玉泉山途徑西直門運進北京，所以西直門又被稱為“水門”。在西直門甕城門洞中有漢白玉水紋石刻一塊，故有“西直水紋”一說。