“避難說”認為，1035年西夏人入侵敦煌時，敦煌寺院為避外寇而倉皇封閉的。 “廢棄說”認為，藏經洞是堆放敦煌各寺院中漢文碎紙塊，以及包皮、絲織品做的還願物、絹畫殘片、畫幡木網架等的處所。堆放並封閉的時間大約在11世紀初。“書庫改造說”認為，大約在1000年左右，折葉式的刊本經卷已從中原傳到敦煌，因閱讀、攜帶方便，受到僧侶們的青睞，因此，將使用起來不方便的卷軸式佛經以及許多一直分散的雜物一並封入石窟。
價值豐富的宗教典籍
敦煌遺書的主體是手寫的佛教典籍，正由於此，又把敦煌遺書概稱為石室寫經，把敦煌遺書的洞窟稱為藏經洞。除佛教文獻以外，宗教文獻還有道教典籍、景教典籍、摩尼教和祆教典籍。
敦煌遺書中的佛教文獻有很多是為曆代大藏經收錄的傳世佛經，如《大般若波羅蜜多經》、《金剛般若波羅蜜多經》、《妙法蓮花經》、《金光明最勝王經》、《維摩詰所說經》、《大乘無量壽經》等。這類敦煌佛經，有的複本多達數百件乃至一兩千件。
依據唐代的《大藏經》目錄《開元錄·入藏錄》，當時一部完整的《大藏經》應有佛教典籍1076部，5048卷。敦煌遺書中保存的佛教典籍見於《開元錄·入藏錄》的隻有350部，這說明，從當時中原佛教《大藏經》的藏經體係來看，敦煌藏經洞中的佛教典籍並不是係統的佛教藏書。
雖然敦煌遺書中的佛教典籍不能構成一部完整的大藏經，但隋唐時期流行的主要佛經卻都有存留，有的還有多種版本和複本。這些敦煌寫本佛教典籍，由於是抄寫時代較早的古本，故出錯幾率也相對較少。
同時，一些寫本佛經是在該經譯後不久就抄寫流傳到敦煌的，因此更接近譯經大師最初譯本的原貌；加之一些譯本經過了高僧大德的反複校對，堪稱善本。
敦煌佛教經典中還保存有很多傳世《大藏經》中所沒有的佛教典籍，這些未入藏的佛教典籍，有的比傳世佛經具有更高的文獻價值和研究價值。如竺曇無蘭譯《佛說罪業應報教化地獄經》和不空譯《梵漢翻對字音般若心經》等經，曾見於佛教經目著錄，後來失傳，卻在敦煌莫高窟得以重新發現，實在價值巨大。
還有一些佛經，如曇倩在安西翻譯的《金剛壇廣大清淨陀羅尼經》，法成翻譯的《般若波羅蜜多心經》、《諸星母陀羅尼經》、《薩婆多宗五事論》、《菩薩律儀二十頌》、《八轉聲頌》等，是在敦煌或瓜州翻譯的，未能傳入中原，而僅流傳於西北一帶，並被保存在敦煌遺書中。這些佛經在一定程度上，補充了漢文大藏經的缺失。
敦煌遺書中還有我國古人撰寫的佛教著作，這類佛教著作內容極為廣泛，包括經律論疏釋、史傳、目錄、音義和雜文等諸多方麵，其中尤以各種疏釋數量最多。
敦煌佛經中，有一部分還附有梵文原經，而梵文原本在印度本土早已散佚了，利用這些梵文本佛經再譯，有利於修正古譯本的不足，更加正確地認識這些佛經的宗旨。同時，這些附有梵文本的寫卷在漢梵對音研究方麵也極有價值。
有一部分敦煌寫經都附有寫經題記，這些題記具有重要學術價值。寫經題記是抄經者或出資寫經者委托抄經人所寫的文字，篇幅從幾個字到數百字不等，一般寫在佛經正文之後。
佛經題記的內容各不相同，有的較簡單，隻有書寫者或年代等。有的比較詳細，記述內容較多。官府寫經題記較為詳細，一般記錄寫經時間、書手、用紙數、裝潢手，初校、再校、三校、詳閱和監製者的姓名。這些寫經題記，使人們增加了對唐代官府的寫、校經製度的了解。
少數民族文字的典籍在敦煌佛教文獻中也有很多，其中最多的是吐蕃文佛典。敦煌所存吐蕃文文獻大多與佛教有關，含經、律、論、真言、經疏以及吐蕃人的著述等多方麵內容。
敦煌發現的回鶻文佛教史料也很豐富，此外還有用梵文、粟特文、西夏文寫成的佛教典籍，雖然數量不是很多，但價值不菲。
道教是中華民族固有的傳統宗教，在敦煌遺書中，共保存了800多件道經及相關的文書抄本。自北周以後，幾乎曆代都有對道教經典進行搜集和整理的活動。唐代也曾大規模集結道經，編纂道藏。但由於種種原因，唐、宋、金、元曆代編纂的道藏均已亡佚，而部分道藏在敦煌遺書中有發現。
《道德經》是道教的基本經典之一，敦煌遺書中保存了一批該經的抄本，可以校勘傳世本的缺失。敦煌遺書中還保存了至少11種《道德經》的注疏，其中8種是傳世道藏所無的佚書。其中有北朝寫本《老子道德經想爾注》以及《老子化胡經》等佚道經。
《太平經》是一部大型道書，是我國早期道教東漢“太平道”的重要經典。該經原本170卷，分為10部。但此經在傳世道藏中僅存殘本，缺失大部分，且無完整目錄。而敦煌遺書中的《太平部卷第二》彌補了這一缺失。該道藏寫於南北朝時期，分前序、目錄、後跋3部分，有《太平經》10部、170卷、366篇的完整目錄，列舉了全部篇名。它揭示了《太平經》的原貌。
此外，還有《無上秘要》、《太上洞玄靈寶升玄內教經》、《太玄真一本際經》等道書，敦煌遺書中均保存有各經寫本，價值不菲。
就文本形態而言，敦煌道教典籍大多抄寫於唐前期，官書正規道書紙質優良，多用染黃，且墨色、書法俱佳。
景教是唐代時傳入我國的基督教聶斯脫裏派，也就是東方亞述教會，起源於今日的敘利亞，被視為最早進入我國的基督教派。
唐朝時，景教曾在長安興盛一時，並在全國建有“十字寺”，但多由非漢族民眾所信奉。到了唐武宗會昌五年，也就是845年，景教被朝廷取締，相關典籍也大多散失。而在敦煌遺書中卻保存了《尊經》、《大秦景教三威蒙度讚》、《大秦景教宣元本經》等數件漢譯景教經典，這就為研究唐代景教提供了重要資料。
敦煌遺書中，還保存有摩尼教的部分典籍。摩尼教即明教，又稱作牟尼教，發源於古代波斯薩珊王朝，為3世紀中期波斯人摩尼所創立，後經由中亞傳入我國。
摩尼教在唐代曾流行了約100多年，在唐武宗時的845年被取締。摩尼教徒十分重視經典編撰和翻譯，該教被唐武宗取締後，漢文經典亦均散失。敦煌遺書中保存了《摩尼光佛教法儀略》、《下部讚》和《證明過去因果經》3件摩尼教文獻。
此外，敦煌遺書中還保存了一些有關祆教的記載，這些記載對了解祆教的教義以及流傳情況等具有十分重要的價值。
敦煌遺書中的這些宗教典籍內容豐富，價值宏大，為研究古代宗教以及古人思想、生活打開了一扇扇新的窗口。
【旁注】
《大藏經》 為佛教經典的總集，簡稱為藏經，又稱為一切經，有多個版本，比如乾隆藏、嘉興藏等。現存的《大藏經》，按文字的不同可分為漢文、藏文、巴利語3大體係。這些大藏經又被翻譯成西夏文、日文、蒙文、滿文等。
善本 最早是指校勘嚴密，刻印精美的古籍，後含義漸廣，包括刻印較早、流傳較少的各類古籍。真正的善本仍應主要著眼於書的內容，著眼於古籍的科學研究價值和曆史文物價值。
書手 古代從事書寫、抄寫工作的書吏，或者指擔任書寫、抄寫工作的人員。在曆朝曆代中，唐代的書手比較有名。他們的書寫大都是以實用為目的，在大情況下按照某種既定的格式或規律進行，展現出不同於時代潮流之上名家書法的特殊一麵。
《道德經》 又稱《道德真經》、《老子》、《五千言》、《老子五千文》。傳說是春秋時期的老子所撰寫，是道家哲學思想的重要來源。道德經分上下兩篇，原文上篇《德經》、下篇《道經》，不分章，後改為《道經》37章在前，第38章之後為《德經》，並分為81章。