俞大猷的方略受到了上司的支持。他被授權調集福建沿海的明軍舟師，以福建製造的樓船分布沿海島嶼，伺機率領精銳部隊沿河道突襲倭寇戰艦。
1553年，俞大猷率閩中樓船突擊普陀山的倭寇新巢。次年，浙閩提督王抒縝密地偵察金塘島地形後，製訂了周密的作戰計劃，遣參將俞大猷從瀝港正麵進攻，參將湯克寬從西堠門堵住倭寇退路，采用兩麵夾攻的戰術，配合戚繼光、鄧城等將領，以福建樓船戰於寧波、紹興、鬆陽諸郡，焚舟數十艘，斬俘敵千餘人，一顯樓船的威力。
這場戰鬥也是舟山抗倭曆史上首次大捷，影響深遠。為此，俞大猷把瀝港改稱為“平倭港”。當地百姓為了褒揚俞大猷抗倭的業績，又在瀝港建立了“平倭碑”，以供後人瞻仰。
1554年，倭寇據寧波普陀，俞大猷率將主攻之，敗賊於吳淞所，代湯克寬為蘇鬆副總兵，擊賊於平望，再戰於六金壩，皆獲大捷。
1555年，新倭犯蘇州陸涇壩，直抵婁門，俞大猷偕副使任環，大敗賊於陸涇壩，繼又破賊於吳江鶯脰湖，追擊於馬跡山，生擒倭寇首領金涇和許浦。
白茆港之賊俱逃出海，俞大猷再追擊於茶山，一月之間，將浙東陸上倭寇打得東逃西竄，令倭寇聞知俞大猷的名字就心驚膽寒。
廷臣爭言俞大猷軍事幹才，遂於1556年以俞大猷代浙江總兵官。俞大猷在西庵、沈莊、清水窪、黃浦等戰役連獲大勝，詔還世蔭，加都督僉事。繼敗盤踞舟山之賊。
後來，俞大猷又取得大同、興化大捷。興化大捷班師後，俞大猷偕友人遊清源山，在水流坑清源古道石旁刻下《俞大猷興化平倭崖記》：
明嘉靖癸亥歲季春，欽差鎮守福建、南贛、惠潮兼郴桂、南韶地方都督俞大猷，提兵往興化剿陷城倭寇。歲次竣事班師，偕友人遊諸洞。
俞大猷不但長於軍事，且精通六經，守金門、武平時，都建“立馬讀易軒”，讀書授眾不絕。
俞大猷一生的思想，當可歸入閩學一派。他把閩學思想中的積極成分付諸實踐，其治軍，以《易》來指導劍術和戰陣法式，以儒家的忠、義、仁、信等取信於士兵；其理民事，亦以儒家的仁、信等來折服百姓；其在抗倭戰爭中的傑出表現，主觀上是激發民族正氣，發揚朱熹的攘夷思想，以衛護我國的主權不受侵犯。
[旁注]
百戶 古代官名。金初設置，為世襲軍職。元代相沿，設百戶為百夫之長，為世襲軍職，受千戶管轄。明代衛所兵製亦設百戶所，統兵100人，分為2總旗，旗各50人；10小旗，旗各10人，隸屬千戶所。百戶為百戶所的長官。
《易經》 即《周易》，是我國傳統思想文化中自然哲學與倫理實踐的根源，對我國文化產生了巨大的影響。是華夏5000年智慧與文化的結晶，被譽為“群經之首，大道之源”。在古代是帝王之學，政治家、軍事家、商家的必修之術。
都指揮僉事 明代軍事指揮職務，都指揮使屬官，秩正三品，與都指揮同知分管屯田、訓練、司務等事。隸屬都指揮使司共設4人，都指揮使司長官還有都指揮使1人、都指揮同知2人，其屬有經曆司經曆、都事。
提督 為武職官名。全稱為提督軍務總兵官。負責統轄一省陸路或水路官兵。提督通常為清朝各省綠營最高主管官，稱得上封疆大吏。若以職能分，提督分為陸路提督與水師提督，掌管區域達一至兩省。
總兵 古代官名。明初，鎮守邊區的統兵官有總兵和副總兵，無定員。總兵官本為差遣的名稱，無品級，遇有戰事，總兵佩將印出戰，事畢繳還，後漸成常駐武官。明朝末年，總兵是明朝的高級將領，全國不過20人左右，權力是非常大的。
六經 指六部儒家經典，是指經過孔子整理而傳授的六部先秦古籍，分別為《詩經》、《尚書》、《儀禮》、《樂經》、《周易》、《春秋》。
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俞大猷曆任明代三朝，一生坎坷。戎馬生涯47年，“時而受重用，名聲顯赫；時而受貶責，淪為囚徒”，四為參將，六為總兵，累官都督。
本邑好友潘湖黃光升密授俞大猷方略，率部轉戰於蘇、浙、閩、粵之間，身經百戰，戰功顯赫，“俞家軍”威名赫赫，與當時另一位抗倭名將戚繼光並稱“俞龍戚虎”。
《明史·俞大猷傳》曰：“大猷負奇誌”，“忠誠許國，老而彌篤”。