當劉裕討伐桓玄率兵東下時，陶淵明又仿效田疇效忠東漢王朝喬裝馳驅的故事，喬裝私行，冒險到達建康，把桓玄挾持安帝到江陵的始末，馳報劉裕，實現了他對篡奪者抗爭的意願。他高興極了，寫詩明誌：
四十無聞，斯不足畏，
脂我名車，策我名驥。
千裏雖遙，孰敢不至！
劉裕的性格、才幹、功績，頗有與陶侃相似的地方，陶淵明曾一度對他產生好感。但是入幕不久，看到劉裕的所作所為，使他感到失望。
在《始作鎮軍參軍經曲阿作》這首詩中寫道：“目倦山川異，心念山澤居”、“聊且憑化遷，終返班生廬”。
緊接著，陶淵明再次辭職隱居，於405年轉入建威將軍、江州刺史劉敬宣部任建威參軍。後來，陶淵明奉命赴建康替劉敬宣上表辭職。劉敬宣離職後，他也隨著去職了。
同年秋，叔父陶逵介紹陶淵明任彭澤縣令，到任81天，碰到潯陽郡督郵，屬吏說：“當束帶迎之。”
他歎道：“我豈能為五鬥米折腰向鄉裏小兒。”遂授印去職。
陶淵明13年的仕宦生活，自辭彭澤縣令結束。這13年，是他為實現“大濟蒼生”的理想抱負而不斷嚐試、不斷失望、終至絕望的13年。最後賦《歸去來兮辭》，表明與上層統治階級決裂，不與世俗同流合汙的決心。
陶淵明辭官歸裏，過著“躬耕自資”的生活。因其居住地門前栽種有五棵柳樹，故被人稱為五柳先生。夫人翟氏，與他誌同道合，安貧樂賤，“夫耕於前，妻鋤於後”，共同勞動，維持生活，與勞動人民日益接近，息息相關。
歸田之初，生活尚可。“方宅十餘畝，草屋八九間，榆柳蔭後簷，桃李羅堂前。”陶淵明一生愛菊，宅邊遍植菊花。“采菊東籬下，悠然見南山”膾炙人口。
陶淵明性嗜酒，飲必醉。朋友來訪，無論貴賤，隻要家中有酒，必與同飲。他先醉，便對客人說：“我醉欲眠卿可去。”在其《五柳先生傳》中也有記載：“造飲輒盡，期在必醉；既醉而退，曾不吝情去留。”
陶淵明在農村長期參與田間勞作，感情上越來越貼近勞動人民，更了解人民疾苦，在他的詩中對勞動人民的貧寒生活多有反映。他在詩中寫道：
夏日常抱饑，寒夜無被眠……
舊穀既沒，新穀未登，頗為老農，而值年災，日月尚悠，為患未已……
羲農去我久，舉世少複真……重華去我久，貧上世相尋。
雖然歸隱田園，但陶淵明心中並不平靜，他不願也不可能完全拋卻社會現實，他將自己未盡的政治理想寄寓詩中。在《桃花源詩》裏，詩人描述了一個心中的理想社會：“春蠶收長絲，秋熟靡王稅”，“童孺縱行歌，斑白歡遊詣”，人人都“怡然自樂”。
這裏沒有剝削，沒有壓迫，人人勞動，大家過著富庶和平的生活。這個“世外桃源”反映了陶淵明美好的願望，它和當時的社會現實形成了鮮明的對比，是他對現實社會的一種否定。
它是他歸田後對農村生活實踐的結晶，是陶淵明思想進一步發展的結果。這也足以證明，歸隱後的陶淵明並未完全脫離現實。
陶淵明辭官回鄉22年，一直過著貧困的田園生活，而固窮守節的誌趣，老而益堅。427年在他神誌還清醒的時候，給自己寫了《擬挽歌辭》三首，在第三首詩中末兩句說：“死去何所道，托體同山阿。”表明他對死亡看得那樣平淡自然。
427年，陶淵明走完了他63年的生命曆程，與世長辭。他被安葬在南山腳下的陶家墓地中，墓碑由一大二小共三塊碑石組成，正中楷書“晉征士陶公靖節先生之墓”，左刻墓誌，右刻《歸去來兮辭》，是清朝乾隆時陶姓子孫所立。
[旁注]
大司馬 古代官名。《周禮·夏官》有大司馬，掌邦政。漢承秦製，置丞相，禦史大夫，太尉。 漢武帝罷太尉置大司馬。東漢初為三公之一，旋改太尉，東漢末年又別置大司馬，位在三公之上。後世沿用，明清則用作兵部尚書的別稱。
祭酒 戰國時齊國稷下學官尊長稱祭酒。漢魏以後則為官名，漢代有博士祭酒為博士之首。西晉改設國子祭酒隋唐以後稱國子監祭酒為國子監的主管官。清末始廢。後亦以泛稱文壇﹑藝壇或學術界﹑文化界的首腦人物。
督郵 古代官名。督郵書掾、督郵曹掾的簡稱。漢代各郡的重要屬吏。代表太守督察縣鄉，宣達政令兼司法等。每郡分若幹部，每部設一督郵。
羲農、重華 羲農即伏羲和炎帝的合稱；重華即舜，是傳說曆史中的人物，是五帝之一，舜為四部落聯盟首領，以受堯的“禪讓”而稱帝於天下，其國號為“有虞”。帝舜、大舜、虞帝舜、舜帝皆虞舜之帝王號，故後世以舜簡稱之。
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陶淵明的隱逸文化總的風格有三：其一是柔，其二是淡，其三是遠。他的創作開創了田園詩的體係，從而使我國古典詩歌達到了一個新的境界。
從古至今，有很多人喜歡陶淵明固守寒廬，寄意田園，超凡脫俗的人生哲學，以及他淡薄渺遠，恬靜自然，無與倫比的藝術風格；同時對陶淵明歸隱田園的原因以及他的隱居生活情況進行研究分析。