通過禦河橋向北，順緩坡而上，便是陵寢的主體建築。自正門至崇丘，包括文武方門、碑殿、享殿、大石橋、方城、明樓、寶頂等，築有圍牆。
文武方門是孝陵的正門，原為5座門洞，三大二小，中間3座為拱形門洞，兩邊兩座為長方形門洞。廡殿頂上蓋黃色琉璃瓦。
清朝同治年間改建為一個門洞，上嵌清石門額，陰刻楷書“明孝陵”3字。後來重新進行修複，恢複了明代時大門的原貌。現為5門，黃瓦、朱門、紅牆，正門上方懸掛長方形門額，寫著“文武方門”4個鎏金大字。
碑殿原為孝陵享殿前的中門，即孝陵門，原為5座門洞，後被毀。碑殿是清朝時改建的，是一歇山頂，三開間，紅牆小瓦建築，南北正中各開一門，亭內立有5通碑刻。根據史書記載，這裏曾有明孝陵的一道中門，後來清代在中門的基礎上改建來碑殿，並豎立了5通高大的石碑。
正中有一通大石碑，下有馱碑龜趺。這個馱碑龜趺與眾不同，脖子出奇地短。碑高3.85米，寬1.42米，厚度0.38米，石碑上有後來的清康熙帝寫的“治隆唐宋”4個鎏金大字 ，意思是明太祖的治國方略甚至超過了唐太宗和宋太祖。這是康熙皇帝在1699年第三次下江南謁陵時禦題的頌揚詞。
碑殿之後是孝陵的主要建築孝陵殿，也就是享殿。大殿台基四角有石雕螭首，殿前後各有3道踏垛，尚存6塊浮雕雲龍山水大陛石。殿中供奉著朱元璋和馬皇後的神位。
享殿後麵是一片縱深100 餘米，寬數十米的空地，是露天祭祀的場所，中間有甬道，兩邊林木茂盛。甬道盡頭有石橋，稱大石橋，又稱升仙橋，意思是過了此橋即為“仙界”。
橋的北麵是一座寬75米，高16米，進深31米的城堡式建築，稱“方城”。方城是孝陵寶頂前麵的一座巨大建築，外部用大條石建成，東西長75.26米，南北寬30.94米，前高16.25米，後高8.13米，底部為須彌座。方城正中為一拱門，中通圓拱形隧道。
隧道共有54級台階，台階的盡頭是用13層條石砌築的寶頂南牆。南牆正中橫刻著“此山明太祖之墓”，是後人所製的。方城左右兩側有步道，可以通往明樓。
明樓在方城之上，原為重簷黃瓦大屋頂建築，屋頂後來被毀，僅存四壁磚牆，東西長39.45米，南北寬18.47米，南麵開3扇拱門，其餘三麵各開一扇拱門。
方城明樓以北為真經400米左右的崇丘，即是寶頂，也稱“寶城”，是朱元璋和馬皇後的寢宮所在地。寶頂近似圓形，原名“獨龍阜玩珠峰”，周圍砌有磚牆。
方城北是一座寬75米，高16米，進深31米的城堡式建築，稱“方城橋”，它是明孝陵最後的一重建築。
明孝陵代表著明初皇家建築的藝術成就，是我國陵墓建築和陵墓文化的縮影。從下馬坊至地宮所在地的寶頂，縱深達2600多米，沿途分布著30多處不同風格、用途各異的建築物和石雕藝術品，融整體宏大與局部精細為一體，也代表了我國明初石雕藝術的最高水平。
明孝陵還改變了唐宋帝陵方上、陵台、方垣、上下宮製度和十字軸線的陵墓布局，首次按皇宮布局建立“前朝後寢”三進院落製，開創了陵寢建築平麵呈“前方後圓”的基本格局，並一直規範著此後明清兩代500多年20多座帝陵的建設規製。
【旁注】
徐達 （1332年～1385年），明代開國軍事統帥。智勇兼備，戰功卓著，位於諸將之上，為明王朝的開創立下了蓋世之功。明王朝建立後，被授為太傅、中書右丞相，後封魏國公，並封徐達的長女為燕王妃，次女為代王妃，三女為安王妃。徐達地位顯赫，但依然謙虛處世，從不居功自傲，是朱元璋最器重的大臣之一。
常遇春 （1330年～1369年)，安徽懷遠常家墳鎮永平崗人。是明朝開國皇帝朱元璋麾下的一員驍將。他身為軍中前鋒，作戰勇猛，席卷幽燕，直搗上都。由於他曾攻克了開平府，被封為開平王鄂國公。
重簷 我國古代建築經常出現的建築形製之一，是在基本型屋頂重疊下簷而形成。其作用是擴大屋頂和屋身的體重，增添屋頂的高度和層次，增強屋頂的雄偉感和莊嚴感，調節屋頂和屋身的比例。有重簷廡殿、重簷歇山和重簷攢尖三大類別。
石像生 我國古代帝王陵墓前安設的石人、石獸，是皇權儀衛的縮影。在我國古代明朝時，凡是舉行大典的時候，除文武百官及軍事儀仗，還要將人工馴養的猛獸裝在籠裏，放在禦道兩旁，以壯皇威。皇帝駕崩後，就在陵前設置石像生代替這些百官和猛獸。
廡殿 又稱“四阿殿”、“五脊殿”，廡殿建築屋麵有四大坡，前後坡屋麵相交形成一條正脊，兩山屋麵與前後屋麵相交形成4條垂脊。是我國古代建築中最高型製的一種形式，象征著至高無上，是我國古建築中的皇家建築專用的建築形式。
鎏金 我國古代金屬工藝裝飾技法之一。鎏金是我國一項傳統的古代勞動人民在生產勞動中總結創造的工藝。我國的鎏金技術始於戰國，同時我國也是世界上最早使用這一技術的國家。
龜趺 又叫贔屭或霸下，傳說是龍的九子之一，是靈禽祥獸。霸下長得像龜而且能負重，力大到可馱負三山五嶽。因為霸下能背重物，因此多為石碑、石柱的底台及牆頭裝飾。傳說霸下是大禹治水時收服的，為治水作出了貢獻。
仙界 源於我國遠古神話，是我國古代神話傳說中眾神居住、遊玩、工作的地方。傳說仙界以昆侖為中心，方圓800千米，高7萬尺，萬物盡有，每麵9個門，每個門都有神獸守衛。仙界的下麵是溺水之淵，外有炎火之山，遠望光芒四射，宮闕壯麗。
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據說，在朱元璋的孩子中，有個小公主特別喜歡神道旁的一個石人武將，她每次和朱元璋一起查看陵墓時，都要和那個石人武將玩。有一天，這個小公主摸著石像將軍的甲袍說：“如果他來迎親，我就願意嫁他！” 結果，當天夜裏，石像竟然活了，找到朱元璋要求迎娶小公主。
朱元璋又驚訝又害怕，他不想把小公主嫁給一個石像，於是就對石像說：“我知道了，你先回去吧！”石像信以為真，滿心歡喜地回去了。 第二天，朱元璋馬上派人砍掉了那個石人的腦袋，於是石像再也不能顯靈了。直至朱元璋下葬的時候，才重新雕了個石人頭安上去了。