1652年，吳家子弟吳寄穀得到後，他將《富春山居圖》燒焦的部分細心揭下，經重新接拚後，畫卷居然正好畫的是富春江起始的丘陵山巒之景，幾乎看不出是經剪裁後拚接而成的，於是人們就把這幅縱0.318米，橫0.514米的小段部分稱作《富春山居圖·剩山圖》。
而幅縱0.33米，橫6.369米的大段保留了原畫主體部分的內容，他在裝裱時為掩蓋火燒痕跡，特意將原本位於畫尾的董其昌題跋切割下來放在畫首，這便是後來的《富春山居圖·無用師卷》。
就在當年，大段的《富春山居圖·無用師卷》為江蘇丹陽畫家張伯駿家所得，1656年時又轉到江蘇泰興季寓庸家，鈐有“揚州季因是收藏印”等印章多枚。小段的《富春山居圖·剩山圖》幾經輾轉，流落到了浙江徽州著名的古董商人吳其貞手中。
1669年，本卷圖畫又被清初大收藏家王廷賓重金購得，輯入《三朝寶繪冊》，此後輾轉於各藏家之手，長期湮沒無聞。
1690年，《富春山居圖·無用師卷》被清代著名畫家兼鑒賞家高士奇以六百金購得。其後，本卷又被清代書法家王鴻緒以原價買進。高士奇和王鴻緒收藏時，也都鈴有收藏印。
1728年，王鴻緒病故，不久即家道中落，由家人拿出來到蘇州售賣，為沈德潛所見，他在卷後寫下了非常感慨的一段：“計詹事（高士奇）、司農（王鴻緒），品地聲勢，極一時之盛，今不過三四十年，如春花飄零，雲煙解散，而山人筆墨，長留人世間，洵穠華難久，而淡寂者多味外味也。”
因索價高達千金，蘇州無人買得起，王家的一位仆人不久就拿著這幅畫轉去揚州碰運氣了。後來，《富春山居圖·無用師卷》被清代書畫鑒藏家、天津鹽商安岐收藏。
1735年，清代詩人沈德潛在京師重又見到《富春山居圖·無用師卷》時，該畫已為安岐收藏。沈德潛還頗不以為然，覺得安氏不過“唯侈寶玩之多、賈值之重，以為豪舉”，“此卷亦未為得所也”。
他的不屑或者也有點道理，因為這樣珍貴的畫卷，在安岐著的書畫鑒賞考證專著《墨緣彙觀》中僅列在附錄中，而且卷中也沒有他的印記。
[旁注]
鄒之麟 明代畫家。1606年在南京鄉試第一，1610年進士，弘光時期官至都憲，博極群書，文辭歌詩追古作者。明末清初的政治人物、書法家、畫家、散文家。鄒之麟的書法主要學唐代的顏真卿，繪畫學習元代黃公望的畫法。
《智永書真草千字文》 古代名帖之一，智永傳世傑作。智永，南朝陳時期、隋代書法家。王羲之七世孫，出家為僧。擅長楷書、草書。其書法法度謹嚴，精熟過人，曾書《真草千字文》800本，至宋代已罕見。
安岐 (1683年～？)，清代書畫鑒藏家。先世為鹽商，家資巨富。自幼讀書，喜愛法書名畫。當時幾位著名鑒藏家先期相繼謝世，所藏精品，大多為安岐收藏。
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“無用師卷”名稱緣由，是因為題跋說明畫給“無用師”，無用師本姓鄭，號無用，是一個道士，是黃公望師弟。1746年收藏家安儀周死後家道中落，“無用師卷”被變賣後被清宮收藏。
乾隆皇帝認定1745年收藏的《富春山居圖》“子明卷”為真，在“子明卷”畫卷空白處題寫評語55處並加蓋玉璽，在他出巡時常比對真實風景與畫中風景。
“無用師卷”由於不被視為真跡故沒有他的題字，僅有“大臣梁詩正奉敕敬書乾隆禦識”文字，因此黃公望在畫中的留白空間得以保留。“剩山圖”有1669年王廷賓的題跋，說明1650年吳洪裕火燒“富春山居圖”的故事。20世紀初期曾流落民間，後來被上海吳湖帆收藏，並用篆字提了“山川渾厚草木華滋”。之前韓葑題“富春一角”，意指現存者隻是殘留的一小部分。
乾隆與真假千古名畫
1745年夏，清代詩人沈德潛在呈給乾隆皇帝愛新覺羅·弘曆的詩古文稿中，提到了黃公望的《富春山居圖》。當年冬天，一幅與《富春山居圖·無用師卷》真假難辨的畫卷就被征入宮。
乾隆皇帝見到後愛不釋手，把它珍藏在身邊，不時取出來欣賞，並且在6米長卷的留白處經常賦詩題詞，加蓋玉璽，但這卷畫，就是被後世所稱的《富春山居圖·子明卷》。
在這幅畫卷上，有署名為黃公望於1338年所題的跋文：
子明隱君將歸錢塘，需畫山居景，圖此贈別。大癡道人公望，至元戊寅秋。”
關於《富春山居圖·子明卷》真偽的爭論，這段題款一直是焦點。在這幅畫卷上，乾隆皇帝曾兩次講到了子明其人。第一次是在1746年春，他題了段跋文，大致意思是說：
都說《富春山居圖》是黃公望的生平傑作，此卷哪個在先，哪個在後？董其昌說這幅畫按照董源、巨然的畫路，畫得天真爛漫，極其精妙。當也應該是黃公望最得意的畫作了。
《清河書畫舫》說大癡作畫的格調有兩個，一種作淺絳色；一種作水墨畫，筆意尤其簡遠。今觀這幅畫，長幾乎有3丈，包孕了山川之勝，發抒襟懷之奇，在水墨畫法中尤出一格。落款說是為子明隱君作，但是子明是誰？不知道他姓甚名誰。還需要再考證才是。
這段題跋的最後一句，表達出此時的乾隆還不知道子明是誰？認為這個問題需要考證。另一段畫卷上的跋文是乾隆皇帝在1746年小寒時寫道：
《元史》不載子明其人，惟明金齎《畫史會要》雲：任仁發，字子明，鬆江人，官至都水庸田副史。計其時代，與公望相同，且善書畫，氣類孚合，殆即其人耶！顧仁發官水監而圖雲隠君，或在其未仕前，抑或宦成歸隠，均未可知。至鬆人而曰將歸錢唐，或亦猶公望虞山人而小隠富春也。
丙寅（乾隆十一年）小寒重華宮，禦識
乾隆皇帝寫這段題款時，《富春山居圖·子明卷》已經被他鑒定為黃公望的真跡了。他在畫卷上題款評價說：“此卷寫山居風景，岩壑平遠曠若千裏”，“今觀是幅長幾三丈，包孕山川之勝，發抒襟抱之奇，在水墨法中尤出一格。”、“畫家貴正不貴奇，大癡此卷三昧知。
天地造物匪物造，元氣裹合神淋漓。”，“是年冬，偶得黃子久《山居圖》，筆墨蒼古，係真跡”、“愛其谿壑天成，動我吟興，”和“黃公望富春山居圖，丙寅長至月鑒定，無上神品。”
另外，乾隆皇帝還題跋說道：“六度南巡，所曆江山風物氣象萬千。時展此卷印證，無不契合，自非造化為師者焉能若此？”、“山莊朝靄夕嵐，以此圖證之，益信神妙。”