結果奏章還沒上，正巧朝廷大臣主父偃到董仲舒家做客，看見奏章，因嫉妒董仲舒之才，就把奏章草稿偷走，交給了漢武帝。
漢武帝看後大怒，決定將董仲舒斬首。後憐其才，又下詔赦免。從此，董仲舒不敢再說災異之事，而是又從事起教學活動，又教了十年的《公羊春秋》。
漢武帝元朔四年，公孫弘又推薦董仲舒做膠西王劉瑞的國相。劉瑞也是漢武帝的哥哥，他比劉非更凶殘、蠻橫，過去不少做過他國相的人都被殺掉，或毒死。因董仲舒是知名的大儒，劉瑞對他還比較尊重。
董仲舒一直提心吊膽，小心謹慎，唯恐時間長了遭到不測，任職四年後以年老有病為由，辭職回家。這次辭職也就結束了他的仕途生涯。
董仲舒暮年清心寡欲，隻是埋頭讀書、著作，雖然辭去了官職，但朝廷有大事，還常派人到他家向他請教，後來，張湯把詢問董仲舒的部分材料，整理為《春秋決獄》一書。
董仲舒雖然養病在家，但仍十分關心朝政大事，他還常常就重大時政發表看法，上疏獻計獻策。當時關中農民不好種麥，他建議多種冬小麥，以避饑荒。還針對“富者田連阡陌，貧者無立錐之地”的現象，建議限民占田，抑製土地兼並。
在臨終之前，董仲舒還寫奏章給漢武帝，堅決反對鹽鐵官營的政策。
董仲舒總結了自己50餘年治學的心得體會，加上對《春秋公羊》等的研究，寫成了17卷82篇《春秋繁露》。
其中，說《春秋》的共有16篇，講天道陰陽五行的三十二篇，其餘為郊祀及其他內容。
《春秋繁露》是董仲舒的政治哲學著作，它發揮“大一統”之旨，闡述了以陰陽、五行為骨架，以天人感應說為核心的哲學——神學理論，宣揚“王道之三綱可求於天”的赤、黑、白三統循環的曆史觀，為漢代中央集權製度的建立奠定了理論基礎。
董仲舒把“四權”和“三綱五常”在書中做了歸納，在《基義》中用天地、陰陽之道論證了三綱，他說君為臣綱、父為子綱、夫為妻綱是上天的意誌。
他的“三綱五常”論是維護封建宗法製度的核心，也是原生儒學的核心，因此，董仲舒一直被宋元明清許多朝代帝王所尊崇。
董仲舒從儒家思想出發，在書中表達了“仁義”的改良主張。在《仁義法》篇中，他解釋“仁義”為“愛人”、“克己”。在《製度》篇中，他還指出土地兼並是社會等級破壞、農民貧困作亂的原因，還主張廢除奴婢製。
儒學從產生之日起，它的內涵就時刻發生著變化。創始人孔子首創“仁學”，把人提到了哲學的高度進行論述。孟子把孔子的“仁學”發展成為“仁政”學說，使儒家學說同齊家治國結合起來。
董仲舒則把儒學理論推向了一個新的階段，他把儒家的“天人合一”的思想，發展成為宇宙構成論體係，使儒家向往的“人與天地參”的世界觀得到了具體落實。
董仲舒宇宙構成論體係的建立，是儒學神學化的重要標誌。儒學經過董仲舒的改造，開始演變成為一個兼綜陰陽刑名之學的理論體係。
漢武帝太初元年，公元前104年，董仲舒在家中病逝，葬於長安西郊，據說有一次漢武帝經過他的墓地，為了表彰其對漢王朝的貢獻，特下馬致意。由此，董仲舒的墓地，又名為“下馬陵”。
在曆史上，董仲舒創造的新儒學體係有著非常重要的地位，它不但成為以後眾多封建王朝理國治民的宗法性思想，同時也為下一時期魏晉玄學和宋明心性論做了理論上的充足準備。
【旁注】
經學 原是泛指各家學說要義的學問，但在漢代獨尊儒術後為特指研究儒家的經典，是一種解釋其字麵意義、闡明其蘊含義理的學問。經學是我國古代學術的主體，僅《四庫全書》經部就收錄了經學著作一千七百七十三部、二萬零四百二十七卷。經學中蘊藏了豐富而深刻的思想，保存了大量珍貴的史料，是儒家學說的核心組成部分。
五經 指儒家的五聖經，即《周易》、《尚書》、《詩經》、《禮記》、《春秋》。五經通常和四書合為一起說，是儒家經典著作的代表，四書指《論語》、《孟子》、《大學》、《中庸》。
管仲 姬姓，名夷吾，字仲，諡敬，被稱為管子、管夷吾，今安徽省潁上縣人，春秋時代齊國的政治家、哲學家、軍事家。管仲少時喪父，生活貧苦，為維持生計，與鮑叔牙合夥經商；後從軍，到齊國，經鮑叔牙力薦，為齊國上卿，有“春秋第一相”之譽。
主父偃 漢武帝時大臣。漢武帝為了加強皇帝的專製權力，在宮中設立內朝，主父偃在內朝備武帝顧問。他認為應該加強中央政令的推行，因此向武帝建議，令諸侯不得私自分封子弟為侯，這樣王國自析，諸侯王的權力也隨之削弱。
上疏 在朝官員專門上奏皇帝的一種文書形式。上書言事是儒臣規諫君主、實施倫理製衡的重要方式。臣民上書可以分為“上書”、“上疏’和‘上封事”等三類。“上書”是臣民向皇帝進言所采用的最常見的形式。上封事則是向皇帝進諫的帶有機密性文書。
漢武帝 漢武帝劉徹，西漢的第7位皇帝，傑出的政治家、戰略家、詩人。漢武帝時期開疆拓土，擊潰匈奴、西愈蔥嶺，征服大宛，奠定了中華疆域版圖，首開絲綢之路、首創年號，興太學。
玄學 魏晉時期的主要哲學思潮，是道家和儒家融合而出現的一種哲學、文化思潮。玄學也可以說是道家之學一種新的表現方式，故又有新道家之稱。
心性論 又稱為心性之學，儒家關於心性的理論或學說。我國古代哲學雖然是圍繞天人之際展開的，但是天人之際的核心不是天，而是人。而人的問題實質上就是心性問題。所以心性問題一直是我國哲學，特別是儒家哲學的一項基本理論。對於心性的不同理解和說明，是儒學內部派別分歧的重要表現，甚至可以說是儒學內部派別劃分的主要標誌。
【閱讀鏈接】
董仲舒少年時酷愛學習，讀起書來常常忘記吃飯和睡覺。他的父親董太公決定在宅後修築一個花園，讓孩子能有機會到花園散散心休息一下。
第一年，花園動工，園裏陽光明媚、綠草如茵、鳥語花香、蜂飛蝶舞。姐姐多次邀請董仲舒到園中玩。可他手捧竹簡，隻是搖頭，繼續學孔子的《春秋》。第二年，小花園建起了假山。鄰居、親戚的孩子紛紛爬到假山上玩。小夥伴們叫他，他動也不動低著頭，在竹簡上刻寫詩文。第三年，後花園建成了。親戚朋友攜兒帶女前來觀看。父母叫董仲舒去玩，他隻是點點頭，仍埋頭學習。
隨著年齡的增長，董仲舒的求知欲愈見強烈，遍讀了儒家、道家、陰陽家、法家等各家書籍，終於成為儒學大師。
大行其道的讖緯神學
西漢後期，政局動蕩，讖緯興起。讖緯漸漸與政權緊密結合在一起。讖，是預言吉凶而有應驗的隱語，也叫讖語、讖記或符命，有圖的讖叫圖讖。
在漢代之前，讖便產生。最早的讖語是秦讖。秦穆公曾借上帝之口說：
晉國將大亂，五世不安；其後將霸，未老而死；霸者之子且令而國男女無別。
這三句話包含了晉國的晉獻公之亂、晉文公稱霸等重大事件，這些事件後來在曆史中都得到了驗證。
讖語之人一般都是托名天帝或神仙，用極其簡練的隱語，預示某種尚未成為事實的“天機”。
與“讖”具有相似神秘性的是“緯”。“緯”本義是指織物的橫線，與“經”相對，後來用以指以神學觀點對經典所作的解釋、附會。
“緯”大約出現在西漢，是假托孔子對儒家經書所作的神學解釋，也叫“緯候”。
起初，讖是讖，緯是緯，二者並無關聯。讖的內容多限於政治興亡，緯的內容則更加廣泛複雜。由於讖與緯都具有神秘性，後來二者逐漸合在一起。
西漢中期，人們很少引用讖語，後來隨著社會動亂加劇，讖緯之說漸漸興起。東漢初年，讖緯大盛。人們普遍認為，誰能符合讖語，誰便是“真命天子”，可以登上大位。
公元22年，南陽一帶發生饑荒，當時還是一介百姓的劉秀見他的哥哥劉績手下的門客搶劫犯法，劉秀為了免受牽連，跑到新野的姐夫鄧晨家中暫住。後來到宛縣賣糧時，偶遇當地豪傑李通。李通以“劉氏複起，李氏為輔”的讖語勸說劉秀起兵，說劉秀有天子之相。劉秀這才購置兵器，招兵買馬，正式起兵。
劉秀起兵還與另一條讖語有關。有一天，劉秀與姐夫鄧晨到別人家做客，看到桌子上有一本讖書，書中有一條寫道：“劉秀當為天子。”這條讖語在當時十分流行，擔任王莽國師的大學者劉歆為此還專門改了名字，以使自己符合讖語。
人們看到這條讖語，一般都想到國師劉歆。這時，卻聽劉秀笑著說：“安知非仆?”意思是說，怎麼知道讖書中的劉秀就不是我呢?
劉秀一向為人樸實，似乎也沒有什麼政治野心，大家當是開玩笑，一笑了之。沒想到，幾年後竟然一語成讖。
劉秀成功起兵後，於公元25年6月，在河北鄗城登上帝位，做了東漢的開國皇帝。劉秀本是儒生，建國後，即在洛陽修建太學，設立五經博士，恢複西漢時期的十四博士之學，各以家法傳授諸經。
他還經常到太學巡視，和學生交談。在他的提倡下，許多郡縣都興辦學校，民間也出現很多私學。巡幸魯地時，他曾派遣大司空祭祀孔子，後來又封孔子後裔孔誌為褒成侯，以示尊孔崇儒。
不僅如此，針對西漢末年官僚名士醉心利祿的現象，劉秀多次下詔表彰隱居不仕的士人，讚揚他們的高風亮節。
劉秀在成功當了皇帝之後，更加崇信讖緯。讖緯之學遂成為東漢統治思想的重要組成部分，具有高度的神聖性。他還在公元56年，正式“宣布圖讖於天下”，使讖緯成為國憲。
當時用人施政及其他各種重大問題的決策，都要依照讖緯來決定。對儒家經典的解釋，也要向讖緯看齊。如果不引用讖緯，經書的權威性就要受到質疑，以致五經成為“外學”，而七種代表性的緯書反而成為“內學”。
七種代表性的緯書分別是：《易經》、《書緯》、《禮緯》、《樂緯》、《孝經緯》和《春秋緯》。《易經》、《尚書》、《詩經》都大量涉及災異圖讖，《觳梁傳》雖然在西漢後期一度立於學官，但因為不善於利用圖讖解經，很快就遭廢黜。
經學大師賈逵迎合光武帝的喜好，將《左傳》附會於圖讖，不僅得到大量賞賜，更使《左傳》得以立於學官。圖讖的影響力之大，由此可見。
還有一件事可以看出光武帝劉秀對讖緯的崇信，劉秀曾經派遣尹敏校訂讖緯著作，將其中吹捧王莽的內容全部刪除。
過了一段時間，尹敏向光武帝彙報進展，並提出自己的看法。他認為，讖書非聖人所作，其中還有很多錯別字，不像是古人所著，更與上天無關。但是劉秀對此毫不理會。
尹敏想出了一個辦法。他利用讖緯原先的闕文，在空白處填補上“君無口，為漢輔”。劉秀見到這句前所未見的讖語後，十分奇怪，就問尹敏這是什麼意思。
尹敏不慌不忙地回答說，“君無口”就是“尹”字，意思是說我尹敏可以成為漢室的輔弼之臣。劉秀聽了自然不信，追問下去，尹敏說出實話。