這些士族大量湧進道教以後，將其思想也帶到道教中，引起道教內部在思想和組織上的蛻變。於是，各類道教書籍日益增多，新的道派也相繼出現。
在這個轉變關頭，東晉道教學者、著名煉丹家葛洪對戰國以來的神仙方術思想作了係統的總結。在其所著的《抱樸子·內篇》中，他為道教構建了種種修煉成仙的理論和方法，提出以神仙養生為內、儒術應世為外的主張。
葛洪將道教的神仙方術與儒家的綱常名教相結合，建立了一套長生成仙的理論體係，使道教的神仙信仰理論化，豐富了道教的思想內容，為上層化的士族貴族道教奠定了理論基礎，對後世道教的發展有很大的影響。
到了南北朝時期，北朝的天師道世家寇謙之，南朝的陸修靜都對天師道進行了改革。
寇謙之出身於貴族家庭，祖輩幾代信奉天師道。他自幼學道，後跟隨道士到華山修道，最後選定嵩山作為其傳道地，成為十六國北魏之際北方天師道領袖。
寇謙之廢除了原來祭酒等道官私授教職的做法，以及天師道一些教職的世襲製度，要求“唯賢是舉”，並廢除五鬥米道原有的24治名稱，規定信徒不得隨意改投道觀，道觀招收弟子應先考察3年等。
同時，寇謙之還重新製定了有關宗教活動的教規。廢除入道費用、治病報酬和租米錢稅等，規定“從今以後，唯聽民戶歲輸紙三十張，筆一管，墨一挺。”寇謙之教導道教信徒應當遵守修道戒律，並認真做齋功禮拜，從而得道成仙。後人稱寇謙之改造後的天師道，為新天師道或北天師道。
寇謙之還製定了道教音樂，即道教音樂。是古代巫覡祭神儀式的承襲與發展，最初誦經為直誦。 據《魏書·釋老誌》記載，北魏明帝神瑞年間，寇謙之稱自己在嵩山遇到了太上老君，太上老君授其天師之位，並賜《雲中音誦新科經戒》。於是，寇謙之製定了《樂章誦戒新法》，遂產生了《華夏頌》《步虛辭》等最初的道教音樂。
《華夏頌》是吸收秦漢時宮廷中演奏的雅樂改編而成的，它大約是在道教儀式開壇前行進吟詠的一種音韻。據《玉音法事》注說：
華夏，三千五百裏為華夏，言其迢遠之意，今華夏自思真堂舉起，徐徐吟詠，過廊廡，登殿堂，而畢。似取其迢遠之意也。
《步虛辭》多是對神仙的頌讚之詞，一般是五言、七言的詩歌詞，長短不拘，視法事的需要而定。因其音韻若眾仙飄渺行於虛空歌頌之音而得名，風格古雅。
南朝茅山道士 陸修靜出身於江南吳郡的士族名門，他對道教發展有著重大的貢獻。為了將當時的道經去偽存真，加以整理，他到處搜訪道經，足跡遍布半個全國。
陸修靜整理了《靈寶經》，編寫了《靈寶經目》。在編寫《靈寶經目》時，將《靈寶經》分為“三洞四輔十二類”。後來的《道藏》就是在此基礎上發展形成的。
陸修靜還撰寫了《太上洞玄靈寶授受》中，便收有《步虛辭》，現存明《正統道藏·洞玄部·讚頌類》所收《玉音法事》中錄有多首《步虛辭》。
陸修靜逐步製訂完善了道教戒律和齋醮儀式，整理出一套比較完整的規定。經過陸修靜在齋儀方麵的統一、規範和編訂工作以後，天師道從形式到內容上，都得到了進一步的充實和健全。後人稱他的天師道為南天師道，和寇謙之的北天師道相區別。
道教經過漢末和魏晉南北朝時期的改造，已經有了較為完備的教義理論和經典文獻，建立完善了自身的齋戒儀式和相對統一的教會組織，豐富了修煉方術，形成了獨特的神仙信仰體係，並擴大了在執政者和普通民眾中的影響，完成了從民間宗教向官方正統宗教的演變過程。
西晉以後，在少數民族建立的十六國北朝境內，也出現了道教改造舊天師道的現象。形成了寇謙之新天師道和樓觀派。
在北方十六國分布的天師道中，像張忠、王嘉以清虛守誌，修道養生為宗旨，隱居山林，招合徒眾的鬆散道教集團很多，這對於寇謙之改革天師道的影響很大。
由於天師道經過變革後，適合了鮮卑執政者與漢族門閥地主的需要。加之寇謙之善於鑽營，得到地位顯赫的貴族崔浩的寵信，最終使道教得到了官方的正式承認和支持，在北魏大興起來。
北魏初期，佛教與道教同時發展壯大。由於北魏太武帝即位之初，聽信寇謙之與崔浩之言，又加之隨著北魏統一戰爭的進展，新征服的中原地區都是佛教興盛之地，僧侶地主妨礙國家政令統一，甚至有參與叛亂的可能，這些都成了北魏太武帝決心鎮壓佛教勢力的原因。
444年正月，北魏太武帝詔令滅佛，至548年北魏分裂後，道教與佛教在辯論中失敗。北齊政權滅道倡佛，從此新天師道幾近消亡了。
在北魏孝文帝時，以梁諶、王嘉、王道義、陳寶熾、李順興等為代表，正式形成道教樓觀派。此派受到南方上清派的影響頗深。 樓觀派繼承了北方天師道的傳統，成為與上清派擁有同樣待遇的禦用道教流派，具有融合南北方特點的道教，在學術上形成了注重實用而不尚義理辨析的特點。
在這一時期，道教雖然經曆了被廢除的厄運，但基本上融合成為封建上層建築與思想文化的重要組成部分。
東漢以來，道教組織逐步壯大，道教詩也隨之增加和日趨成熟。 從形式上看，煉丹有外丹、內丹之分，因此關於煉丹的詩其內容也有內丹、外丹之別，或主內丹、或主外丹，或內外兼而有之的情形。
如《太清金液神丹經》卷上所載的一篇504字歌謠，以七言一句的形式，運用象征的文學手法，暗示煉丹原理和作用。其意象的運用頗為隱晦，但其比喻與象征手法，則增加了作品的生動性。
在煉丹詩秘傳之際，道門中人還注意創作咒語詩。咒語本是一種祝告之辭。相傳黃帝時已有咒語傳世。道教產生之際，咒語成為道士們召神驅鬼、治病求道的一種形式。到了魏晉時期，咒語更加發展起來。
咒語有散文體和詩體兩種，但以詩體居多。較著名者有《真文咒》《三皇咒》《洞淵神咒》等。咒語詩不僅注意模擬自然聲響與節奏，而且表現出明顯的愛憎情緒。同時，咒語詩也注意典故的應用與氣氛的渲染，甚至還有一定的場麵描繪。
魏晉南北朝間，不僅在道門中秘傳煉丹詩、咒語詩，而且在社會上流行著遊仙詩。 遊仙詩是一種歌詠神仙漫遊的詩篇，它的淵源可以追溯到戰國時代的《楚辭》，如屈原的《遠遊》，也不乏仙人漫遊的描繪，頗多浪漫色彩。
在道風盛行的背景下，遊仙詩應運而生。其體裁多為五言，句數不等。梁蕭統《文選》首列遊仙詩為文學體裁之一。從作者身份來看，遊仙詩可分為道人遊仙詩和文人遊仙詩。道人遊仙詩與文人遊仙詩，都表現出“衝舉飛升，遨遊八極”的浪漫色彩和奇幻的想象力。不同的是，道人的遊仙詩往往是崇道思想與神遊境界的結合。
道教詩因其內容獨特，表現手法豐富，在我國文學史上具有獨特的貢獻。
總之，從東漢末年開始，道教獲得了長足的發展。張道陵後人張魯繼續闡揚的五鬥米道、張角的太平道以及魏晉南北朝時期出現的諸多教派，這些早期教派的發展，豐富了古代道教文化，並產生了深遠的曆史影響。
[旁注]
符水 即符水道教，又稱符籙派，是對道教中以符咒等方術治病驅鬼為主的各道派的通稱。早期的五鬥米道、太平道，以後的靈寶派、上清派，直至正一道都屬於籙派。符籙派統一於正一道。該派由古代的巫鬼道發展而來，用籙祈禳，以消災卻禍、治病除瘟、濟生度死等為職事，與我國民間生活習俗聯係較密切。
祭酒 道教二十四治，治首稱祭酒。東漢順帝時張道陵創立道教後，為了便於管理和教化民眾，遂設立了“二十四治”。當時負責某一教區的最高首領，就稱為“祭酒”。祭酒有向教民講解教義的義務，有處理違犯教規的教民的權利，同時還要主持宗教活動等。
八王之亂 西晉年間司馬氏同姓王之間為爭奪中央政權而爆發的混戰，前後曆時16年，我國曆史上空前的大內訌，並引發了亡國和近300年的動亂。其最終結局是東海王司馬越奪取大權。被認為是導致西晉滅亡的原因之一。實際上參與這場動亂的王不止8個，但八王為主要參與者，故史稱“八王之亂”。
士族 又稱門第、衣冠、世族、勢族、世家、巨室、門閥等。門閥，是門第和閥閱的合稱，指世代為官的名門望族，門閥製度是我國曆史上從兩漢到隋朝之前為顯著的選拔官員的係統。直到隋朝開國，門閥製度才逐漸被以個人文化水平考試為依據的科舉製度所取代。
唯賢是舉 隻要是有賢德的人就薦舉。是南北朝時期，北朝有寇謙之改革天師道進時提出的用人原則。當時天師道祭酒等道官或私授或世襲製度，嚴重製約了道教的發展，因此，寇謙之要求“唯賢是舉”，讓那些有賢德、有能力的人擔任天師道中重要職務。
樓觀派 道教教派之一。始創於魏晉之際，顯盛於北朝、隋唐，以樓觀為中心，即陝西周至終南山腳下。主要傳播於北方關隴地區的道派。樓觀派奉老子、尹喜為祖師，主要傳習三洞經典。其道法受南方上清、靈寶派影響，博采眾家之長。該派還力主老子化胡之說，常與佛教徒發生論爭。
道教音樂 是道教進行齋醮儀式時，為神仙祝誕，祈求上天賜福，降妖驅魔以及超度亡靈等諸法事活動中使用的音樂，即為法事音樂、道場音樂。道教音樂是道教儀式中不可缺少的內容，它具有烘托、渲染宗教的氣氛，增強信仰者對神仙世界的向往和對神仙的崇敬。
雅樂 “雅樂”的意思即“優雅的音樂”。雅樂是我國古代的宮廷音樂。雅樂的體係在西周初年製定，如《雲門》、《鹹池》、《大韶》、《大夏》、《大濩》、《大武》、《帔舞》、《羽舞》、《皇舞》、《旄舞》、《千舞》、《人舞》等，它們與法律和禮儀共同構成了貴族統治的內外支柱。以後一直是東亞樂舞文化的重要組成部分。
咒語詩 是道教詩的一種類型，它的特點是運用詩的表達手法而賦予咒語的法術功能。咒語本是一種祝告之辭。相傳黃帝時已有咒語傳世。咒語詩不僅注意模擬自然聲響與節奏，而且表現出明顯的愛憎情緒；同時咒語詩也注意典故的應用與氣氛的渲染，甚至還有一定的場麵描繪。
遊仙詩 道教詩詞的一種體式。就其本義而言，這指的是歌詠仙人漫遊之情的詩。其體裁多為五言，句數或10句，或12句，或16句不等。遊仙詩源於漢代以前的歌賦。《楚辭·遠遊》篇將古老仙話傳說詩歌化，通過"遊"的描寫以表現逍遙世界，抒發內心的憂思情緒，初具遊仙詩的雛形。
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陶弘景在南朝的政壇上是負有名望的人物，而其畢生致力學術的方向，始終以修道煉丹為目的，從南北朝的道教史而論，他與北魏時代的寇謙之，都是弘揚道教的中堅分子。
陶弘景猶有道家老、莊的風格，參合神仙方士的道術，介乎入世出世之間，隱現風塵，遊戲三昧。而他的道家思想已經滲入佛家思想的成分，而且是趨向融會道、佛兩家思想與方法的前驅。至於修煉神仙與采用道術的方法，注重養生丹藥而近於抱樸子，故亦著有關於醫藥方劑的《肘後百一方》等書。