其所著《傷寒雜病論》，是中醫史上第一部理、法、方、藥具備的經典，是我國醫學史上影響最大的著作之一，是後學者研習中醫必備的經典著作，廣泛受到醫學生和臨床大夫的重視。
張仲景兒童時就很聰穎，成年後拜同郡張伯祖為師學醫，頗有造詣，時人稱讚他的醫術已超越老師。
在那個戰爭頻繁的年代，疾病流行。當時著名的“建安七子”中，就有徐幹、陳琳、應場、劉楨因傳染病死去的，可見疾疫流行的嚴重程度。當時人們對疾病的認識卻是錯誤的，一些患病之家迷信巫神，總是企圖用禱告驅走病魔。
醫生得不到臨床實踐機會，所以很少研究醫術，而終日卻以主要精力結識豪門，追求榮勢，這樣醫學當然很難得到發展。
在這樣的曆史背景下，張仲景深有感觸，決心解決危害人民的疾病問題。為此，他從閱讀《素問》、《九卷》、《八十一難》、《陰陽大論》等前代古籍入手，在“勤求古訓、博采眾方”的基礎上，經過臨床實踐的驗證，最終寫成《傷寒雜病論》一書。
《傷寒雜病論》原書16卷，因戰亂關係，書籍曾經散失，現存張仲景著作是經西晉太醫王叔和整理過的。計整理出《傷寒論》10卷、《金匱玉函經》8卷、《金匱要略方》3卷。上述書籍，《金匱玉函經》在北宋以後流傳並不廣泛，研究者很少，《傷寒論》和《金匱要略方》則流傳日廣。特別是《傷寒論》，在北宋時研究者就開始增多，其主要學術內容是多方麵的。
首先，《傷寒論》確立了辨證施治基礎。
《傷寒論》發展了《內經》學說，確立以“六經”作為辨證施治的基礎。“六經”辨證原是《素問·熱論篇》根據古代陰陽學說在醫學中運用而提出的辨證綱領。
“六經”是指太陽、陽明，少陽；太陰、少陰、厥陰，是按照外感發熱病起始後，在發展過程中出現的各種症狀，並結合患者體質強弱的不同，髒腑和經絡的生理變化，以及病勢進退緩急，加以分析綜合得出的對疾病的印象。
太陽、陽明，少陽是指表、熱、實證；太陰、少陰、厥陰是裏，寒、虛證。
凡病之初起，疾病在淺表，出現熱實現象的，如脈浮，頭項強痛而惡寒者，屬於陽證的便稱太陽病。凡病邪入裏，病情屬於陽證，並表現胃中燥實，大便幹燥、發熱譫語、口渴、舌苔黃厚等屬熱實在裏，稱陽明病。
另一種既非表證，又非裏證，症狀表現為口苦、咽幹、目眩、胸脅苦滿、寒熱往來的半表半裏狀態，也屬陽證範圍，稱少陽病。
所謂三陰病，一般多是三陽病轉變而來，特點是不發熱，症狀表現虛寒現象。如腹滿、嘔吐、腹瀉、口不渴、食不下等稱太陰病；如疾病出現脈象微細、四肢厥逆、怕冷、喜熱飲，說明氣血虛弱，稱少陰病；還有一類疾病多因誤治，呈現上熱下寒，忽厥忽熱，饑而不思食，或下利不止，手足厥冷，呈現寒熱錯雜現象的稱厥陰病。
上述按“六經”症候的分類並不是孤立的6種證候群，而是它和人體髒腑、經絡、氣化各方麵都有機地聯係一起進行觀察認識的。從總的方麵說，三陽表示肌體抵抗力強，病勢亢奮。三陰病表示肌體抵抗力弱，病勢虛弱。
“六經”辯證的治療，各有一定治則。如太陽病按證候又有中風、傷寒、溫病之分。
凡無汗、脈緊的，屬表實，方用麻黃湯發汗，開腠理，驅寒邪。如脈浮緩，有自汗，屬表虛，則用桂枝湯解肌發汗。其他按證立方。
屬於陽明病的，主要指胃有實熱或邪熱蘊裏，又有陽明經證和陽明腑證之分。前者身熱，汗自出，不惡寒，反惡熱者，治療以白虎湯清熱保津為主；後者，證見身燒壯熱，或潮熱，手足有汗，繞臍痛，大便秘結，小便黃赤，故治療以用三承氣湯攻下燥結為主。
少陽病邪在半表半裏之間，故以大、小柴胡湯為主方。至於三陰病，因屬虛寒、虛熱之證，疾病起因多屬寒邪直中少陰，以及年老虛弱抗邪乏力之人，病情均較險峻。
另一種則為傳經之邪，因誤治而呈現身體蜷縮，手足厥冷、昏沉萎靡或下利不止，脈象不清等，是危重之象。法以理中湯、四逆湯或附子湯為主方，取溫通中陽和回陽救陰之效。
張仲景“六經”證治，乃是在當時疾病流行之時，通過醫療實踐總結的一個熱病治療的總規律。
其次，《傷寒論》創造了“八綱”辨證的診斷方法。
《傷寒論》在辨證論治方麵也有重要創造，這就是診斷疾病時，以陰、陽、表、裏、寒、熱、虛、實為綱，通稱“八綱”，“八綱”中陰、陽為總綱。
表、熱、實屬陽；裏、寒，虛屬陰。凡外感疾病，對身體壯實的人來說，多邪從陽化，形成表、熱、實證。而對身體虛弱的人來說，病邪多從陰化，成為裏，寒、虛證。
“八綱”辨證的診斷方法是應用望、聞、問、切四診法。從觀察病人麵色、形體、舌質，聆聽病人聲音，嗅聞排泄物氣味，詢問病史，現有病情，以及通過切脈、診肌膚，了解病情的諸方麵，從而取得疾病的深淺程度，病象的寒熱、盛衰印象，然後分別疾病所屬三陽，三陰的某一類型。
張仲景《傷寒論》非常重視疾病的變化和假象。如一些症狀，類似實熱證候，而脈象卻呈現沉細無力的，或如四肢厥逆者，而脈象卻呈現沉滑有力的，都是真寒假熱或真熱假寒現象，《傷寒論》有多條例證。
另外，張仲景認為在診斷病情時，脈象和征候要互相參證取得病情依據，有時要根據症狀診斷病情，有時要根據脈象診斷病情。
最後，《傷寒論》給出了用藥方法。
《傷寒論》在用藥方法上是多種多樣的，可歸納為汗、吐、下、和、溫、清、補、消8種方法。也可說是按照病情用藥時的8個立方原則，通稱“八法”。針對不同病情，可分別采取汗下、溫清、攻補或消補的給藥方法，也可分別並用。
凡寒證用熱藥或熱證用寒藥，為“正治法”。如疾病出現前麵所說的真寒假熱或真熱假寒現象，可采取涼藥溫服，熱藥冷服，或者涼藥中少佐溫藥，溫藥中少佐涼藥。這稱為“反治法”。
《傷寒論》一書所體現的治療方法是多種多樣的，是依據臨床實際製訂治療方案的。有時先表後裏，有時先裏後表，或表裏同治，極為靈活變通。後世總結該書共包括397法，113方。其中“扶正祛邪”、“活血化瘀”、“育陰清熱”、“溫中散寒”等治療方法，對後世學者有很大啟發，得到廣泛應用。
《傷寒雜病論》成書以後，對後世醫學之發展影響極大。其中，“六經”辨證論治的體係，具有極高的臨床實用價值。其係統的辨證施治思想不僅對外感熱病的診治具有指導意義，而且廣泛適用於中醫臨證各科。
“八綱”辨證是在《內經》理論的指導下，對“六經”辨證內容在另一個理論高度上加以係統化、抽象化，是“六經”辨證的繼承和發展；髒腑辨證為後世髒腑辨證理論體係的最終形成，奠定了良好的基礎。
溫病學說實為傷寒學說之發展和補充，二者相互補充，使中醫外感病症治療體係趨於完善；本草學說為後世本草學之研究，開創了一個新局麵；方劑學成就基本包括了臨床各科的常用方劑，故被譽為“方書之祖”。
總之，《傷寒雜病論》所確立的辨證論治原則和收錄的著名方劑等，向為曆代醫家奉為圭臬，因而該書實為後世臨證醫學之基石。
[旁注]
建安七子 建安年間，即196年～220年七位文學家的合稱，包括：孔融、陳琳、王粲、徐幹、阮瑀、應瑒、劉楨。他們大體上代表了建安時期除曹氏父子外的優秀作者。他們對於詩、賦、散文的發展，都曾作出過貢獻。
髒腑 指人體的內髒器官，為五髒和六腑的統稱。古人把內髒分為五髒和六腑兩大類：五髒是心、肝、脾、肺、腎；六腑是膽、胃、大腸、小腸、膀胱和三焦。此外還有一個心包絡，它是心的外衛，在功能和病態上，都與心髒相互一致，因此，它也是屬於髒。
證候 中醫學的專用術語。證的外候，即疾病過程中一定階段的病位、病因、病性、病勢及機體抗病能力的強弱等本質有機聯係的反應狀態，表現為臨床可被觀察到的症狀等。
脈象 中醫診斷學名詞。脈動應指的形象。包括頻率、節律、充盈度、通暢的情況、動勢的和緩、波動的幅度等。脈象的形成，與髒腑氣血關係密切。
寒證 中醫認為，寒邪侵襲，或陽虛陰盛，以惡寒，或畏寒，肢冷喜暖，口淡不渴，麵白踡臥，分泌物、排泄物清稀，舌淡苔白，脈緊或遲等為常見症的寒性證候。
熱證 中醫認為，熱邪侵襲，或陽氣亢盛，以身熱煩躁，麵目紅赤，唇紅而幹，咽燥口渴，喜冷飲，大便秘結，小便短赤，舌紅苔黃，脈數等為常見症的熱性證候。
方劑 在辨證、辨病，確定立法的基礎上，根據組方原則和結構，選擇適宜藥物組合而成的藥方和製劑。我國古代很早已使用單味藥物治療疾病。經過長期的醫療實踐，又學會將幾種藥物配合起來，經過煎煮製成湯液，即是最早的方劑。
張伯祖 東漢醫家。南郡涅陽，即今河南省南陽人，篤好醫方，精明脈證。其療病每有奇效。張仲景聞其名而拜為師，盡得其傳，為醫中之聖。
王叔和 （201年～280年），名熙，西晉高平，即今山東省鄒城市人。魏晉之際的著名醫學家、醫書編纂家。在中醫學發展史上，他作出了兩大重要貢獻，一是整理《傷寒論》；一是著述《脈經》。
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張仲景在任長沙太守期間，對前來求醫者總是熱情接待，細心診治，從不拒絕。開始他是在處理完公務之後，在後堂或自己家中給人治病；後來由於前來治病者越來越多，使他應接不暇，於是他幹脆把診所搬到了長沙大堂，公開坐堂應診，首創了名醫坐大堂的先例。
後來，人民為了懷念張仲景，便把坐在藥店內治病的醫生通稱為“坐堂醫”。這些醫生也把自己開設的藥店取名為“××堂藥店”，這就是中醫藥店稱“堂”的來曆。