蔣介石在台灣的一係列舉動，好象給反革命武裝土匪打了一針強心劑，匪患更加猖獗。其中川南地區的匪情更是越來越嚴重，大有“山雨欲來風滿樓”之勢。
西南軍區意識到了問題的嚴重性，3月中旬，便向黨中央進行了彙報。
報告中指出：
目前，西南地區土匪有數字可計者，除雲南外，現已發展至70餘萬，計川東約14萬，川西約20萬，川南川北各約有10萬，貴州約15萬。另西康之雅安1萬，西昌會理賀國光匪近1萬。
其中較大者有：川東之“川湘鄂人民自衛軍”（後改為“中國人民救國軍大陸遊擊隊”）兩萬餘；“川東北遊擊總隊”1萬餘……其骨幹者皆為蔣匪潰逃前在蓉所訓練之遊擊骨幹班分子。並叫嚷“目前國際上已成立反共同盟軍，日本軍隊已由上海、秦皇島登陸，其主力經朝鮮向東北推進。美國也已正式宣布出兵，廣州、廈門不日將被占領，共軍在大陸壽命多則一兩個月頂天了”等等，大肆欺騙群眾，並脅迫一般百姓入夥。如有不從，則以燒房子殺滿門相殘害。
3月15日，鄧小平政委主持召開了西南軍區高級幹部會議，他在會上帶頭發言，重申了西南軍區第二號、第三號剿匪指示精神，強調在兵力部署上，要有重點、有計劃地將部隊布置在適當地區，切忌無重點地平分兵力，以防止力量處處單薄。要求西南剿匪部隊在堅持麵上打擊的同時，必須采取“以集中對集中”的辦法，按照“先腹心地區，後邊沿地區；先匪患嚴重及交通要道兩側地區，後其他地區；先對付最大最凶殘的匪徒，後對付較小的”的原則，集中主力部隊有重點地展開進剿和圍剿，消滅敵人的有生力量。
在會上，西南軍區首長形成了共識，並製訂了一整套方案，主要強調了以下幾個問題：
第一、要把剿匪鬥爭當作解放大西南的第二個戰役來打，首先要集中力量狠狠打擊那些氣焰最囂張的土匪。
第二、要堅決地調整兵力部署，不要一個地方也舍不得丟。要大膽地暫時放棄一些地方，放棄是為了收複，不然會成為包袱。還要集中使用部隊，一塊一塊地清剿，要像用木梳、篦子梳頭一樣，搞一塊淨化一塊。
第三、必須實行野戰軍地方化，領導一元化。
第四、必須執行軍事清剿、政治攻勢、發動群眾三者相結合的方針，實行首惡必辦、脅從不問、立功受獎的政策。
第五、要把減租退押、清匪反霸兩者的關係處理好，充分發動群眾，最後達到徹底消滅土匪之目的。
劉伯承也發了言，並就貴州的剿匪工作，對將赴貴州工作的領導作了指示。
他說：
要以主要精力抓剿匪。剿匪也和打仗一樣，要集中兵力，不要五個指頭按跳蚤，五個指頭按五個跳蚤，結果是一個跳蚤也按不到。對貴州土匪，不能掉以輕心。國民黨在貴州辦了兩期遊擊幹部訓練班。蔣介石很重視貴州，曾兩次親自到過貴州。貴州土匪是有組織的，對此要有充分的估計，不要麻痹大意。
貴州工農產品價格的剪刀差很突出，一斤鹽巴、一尺布都要用二三十斤大米作交換。貴州人民窮，少數民族多，土匪會利用這些特點來同我們作鬥爭。你們要把發動群眾、政治攻勢和軍事進剿很好地結合起來，盡可能地多爭取群眾，把那些土匪頭子孤立起來，進行重點打擊。
3月22日，鄧小平、劉伯承與賀龍聯名發布了剿匪布告。鄧小平特別指出，這一任務“要比普通的軍事鬥爭複雜與艱苦得多”，“仍然包括流血和犧牲”，而且“不是打幾個衝鋒就能解決問題的”。要取得勝利，不僅需要堅定勇敢，更重要的是要有智慧、有策略、有辦法。
3月26日，西南局與西南軍區聯合頒發了《關於組織聯合清剿土匪的指示》，決定在川北、川東、川南、貴州4個軍區結合部，組織4個剿匪聯合指揮部，直接指揮這些地區的剿匪鬥爭。
在西南局和西南軍區的領導下，西南地區所屬各軍區部隊全麵展開大規模的剿匪鬥爭，先後取得了一係列的重大剿匪勝利。
晚年的鄧小平，在回憶進軍大西南這段往事時說：進軍西南，同胡宗南那一仗打得很容易，同宋希濂也沒有打多少仗。真正打了一場硬仗的是剿匪戰鬥，打得很漂亮。