小說敢於針砭時弊，鞭斥官僚惡習，發表之後引起強烈反響。
當時，作者王蒙剛22歲，卻是已有8年黨齡的“少年布爾什維克”，共青團北京市委幹部。這篇作品是王蒙在“百花齊放、百家爭鳴”方針的鼓舞下積極幹預生活的一種嚐試。
多年之後，王蒙回憶當時說：
1956年“雙百”方針剛剛提出時便立見成效，很快就出現了各種各樣的新作品和新的藝術探索。我自己也是在“雙百”方針的鼓舞下創作了《組織部新來的年輕人》，因為它為文學藝術家們，創造了一種輕鬆自由的氣氛，它鼓勵了人們進行批評的勇氣。
王蒙的這篇小說發表後引起了熱烈的爭論。
從1956年12月起，《文藝學習》編輯部先後收到有關稿件1300多篇，編輯部連續4期發了25篇。《人民日報》、《文彙報》、《光明日報》、《中國青年報》和《延河》雜誌也先後發表討論文章。
主要討論是否定王蒙的，但是，也有支持王蒙的，如劉紹棠、邵燕祥、鄧友梅、唐摯、王愚等人。他們認為王蒙的小說忠誠於生活。
起初的討論，大體還在學術範圍，接下來的批評越來越嚴厲了。
1957年1月29日，中國作協黨組召開會議專門討論這篇小說。在公開的批評中，李希凡、馬寒冰的文章具有代表性。
李希凡說：“在典型環境的描寫上，由於作者過分的‘偏激’，以我們現實中某些落後現象，堆積成影響這些人物性格的典型環境，而歪曲了社會現實的真實。”
解放軍總政治部文化部的馬寒冰從“典型環境和典型性格”這一文學範疇出發，認為，“像小說描寫的這樣的區委會是完全不可能有的，至少在中央所在地的北京市不可能有這樣的區委會。”
這些批評引起了毛澤東的注意，早在1956年11月的省市委書記會議上，毛澤東就表態，不讚成批評王蒙的人的觀點。此後，毛澤東還多次講話支持王蒙。
1957年2月16日，毛澤東召集中央報刊、作家協會、科學院和青年團的負責人開會，談文藝思想問題。
毛澤東說：
王蒙最近寫出了一篇《組織部新來的年輕人》。這篇小說有缺點，需要幫助他。對待起義將領也要幫助，為什麼對青年人不采取幫助的態度呢？王蒙寫正麵人物無力，寫反麵人物比較生動，原因是生活不豐富，也有觀點的原因。有些同誌批評王蒙，說他寫得不真實，中央附近不該有官僚主義。我認為這個觀點不對。我要反過來問，為什麼中央附近就不會產生官僚主義呢？用教條主義來批評人家的文章，是沒有力量的。
2月26日，在頤年堂的一次座談會上，毛澤東又一次談文學批評問題，他說：
王蒙寫了一篇小說，讚成他的很起勁，反駁他的也很起勁，但是反駁的態度不怎麼適當。王蒙的《組織部新來的年輕人》正在討論，問題在於批評態度。小說揭發官僚主義，很好，揭發得不深刻，但很好。
3月12日，毛澤東在中央宣傳工作會議上又對王蒙的小說給予肯定。
原來，在“雙百”方針提出以後，在廣大知識界獲得了一片歡呼聲，但是在黨員幹部中，不少人對此心存疑慮甚至是反感的。
在1957年1月7日，《人民日報》發表了解放軍總政治部文化部負責幹部陳其通、陳亞丁、馬寒冰、魯勒的文章《我們對文藝工作的幾點意見》。
文章中說，“有些人認為國家已進入社會主義建設的新時期，隻需要強調‘百花齊放、百家爭鳴’，而為工農兵服務的方向就可以不必強調了。過去的一年中一直在大張旗鼓地反對‘公式化、概念化’，被一些人誤認為或者利用來反對藝術應為政治服務的借口，大量的家務事、兒女情、驚險故事等等，代替了描寫翻天覆地的社會變革、英雄人物，文學藝術的戰鬥性減弱了”等等。
這篇文章發表後，立即引起了很大的反響，不少報刊都進行了轉載。2月28日，《旅大日報》在按語中說：“在我省，日前中共遼寧省委文教部召開的文藝編輯座談會曾經討論了這篇文章。與會者一致認為這篇文章是很重要的，也是及時的，文章中提出的幾點意見，都是正確的。”這表明，對“雙百”方針持懷疑甚至反對態度的人不在少數。
與此同時，王蒙的小說《組織部新來的年輕人》被指責為是一篇“嚴重歪曲現實”的小說，認為作者“把我們黨的工作，黨內鬥爭生活，描寫成一片黑暗、庸俗的現象，從藝術和政治的效果看，他已經超過了批評的範圍，而形成了誇大和歪曲”。
對王蒙小說的批判和陳其通等4人文章的發表，觸動了本來對時局十分敏感的知識分子，使一些知識分子感到黨的“雙百”方針的貫徹還處於一種好似乍暖還寒的早春天氣的狀況。
對於“雙百”方針的貫徹情況，毛澤東一直十分關注。他也曾多次說過“我看‘百花齊放、百家爭鳴’在高級幹部中讚成的是少數”。針對這種情況，他認為當前要解決的主要問題，是繼續克服教條主義、宗派主義的傾向。
1957年1月18日至27日，在北京召開的各省、市、自治區黨委書記會議上，毛澤東又一次係統地講了“雙百”方針的意義，在講到陳其通等人的文章時說：
陳其通等４同誌對文藝工作的意見不好。我們的意見，隻有反革命的話不能讓他放，但是他要用革命的麵貌放，就得讓他放。田裏有禾有草，隻準放禾，不準放草，事實上辦不到。也許這４位同誌是好心，忠心耿耿，為黨為國，但意見是不對的。
毛澤東又反複強調對人民內部矛盾要處理好，要團結一切可以團結的力量，對於屬於精神世界的問題，屬於意識形態領域的鬥爭，隻能用說理的辦法和爭鳴的辦法來解決，絕不能用壓製的辦法來解決。
毛澤東還講到了對胡適的批判問題，認為開始批的時候很好，但後來有點片麵性了，把胡適的一切全部抹煞掉了，以後要寫一兩篇文章補救一下。對康有為、梁啟超也不能抹煞。
毛澤東還說：
對思想有嚴重錯誤的人，有敵對思想的人，也要團結他們，改造他們，隻有這樣，我們才能貫徹“統籌兼顧，各得其所”。片麵地打，不能鍛煉出真正好的文學藝術。隻允許香花，不允許毒草，這種觀念是不對的。香花與毒草齊放，“落霞與孤鶩齊飛”。
3月1日，《人民日報》發表陳遼的文章《對陳其通等同誌的“意見”的意見》，列舉大量事實，有理有據地分析、批評陳其通等文章的錯誤觀點。這是學術界最早的一篇批評陳其通等人的文章。
3月18日，《人民日報》發表了茅盾的《貫徹“百花齊放、百家爭鳴”，反對教條主義和小資產階級思想》一文。文章中深刻分析了陳其通等人文章的錯誤。認為他們對文藝形勢的估計是不符合事實的。批評的方法是教條主義的。
提出“我們的工作方法應當是讓大家來‘放’，來‘鳴’，開展自由討論，從討論中加強馬列主義的思想教育。”毛澤東堅持實施方針
1957年2月27日，最高國務會議第十一次擴大會議在北京召開。
在這次會議上，毛澤東發表了《關於正確處理人民內部矛盾的問題》的講話。其中，專門講了知識分子問題和“百花齊放、百家爭鳴”的問題。
毛澤東說：
“百花齊放、百家爭鳴”的方針，是促進藝術發展和科學進步的方針，是促進我國的社會主義文化繁榮的方針。
藝術上不同的形式和風格可以自由發展，科學上不同的學派可以自由爭論。利用行政力量，強製推行一種風格，一種學派，禁止另一種風格，另一種學派，我們認為會有害於藝術和科學的發展。
藝術和科學中的是非問題，應當通過藝術界科學界的自由討論去解決，通過藝術和科學的實踐去解決，而不應當采取簡單的方法去解決。
為了判斷正確的東西和錯誤的東西，常常需要有考驗的時間。曆史上新的正確的東西，在開始的時候常常得不到多數人承認，隻能在鬥爭中曲折地發展。正確的東西，好的東西，人們一開始常常不承認他們是香花，反而把他們看作毒草。哥白尼關於太陽係的學說，達爾文的進化論，都曾經被看作是錯誤的東西，都曾經經曆艱苦的鬥爭。
我國曆史上也有許多這樣的事例。同舊社會比較起來，在社會主義社會中，新生事物的成長條件，和過去根本不同了，好得多了。但是壓抑新生力量，壓抑合理的意見，仍然是常有的事。不是由於有意壓抑，隻是由於鑒別不清，也會妨礙新生事物的成長。因此，對於科學上、藝術上的是非，應當保持慎重的態度，提倡自由討論，不要輕率地作結論。我們認為，采取這種態度可以幫助科學和藝術得到比較順利的發展。
３月２日，在最高國務會議結束的時候，毛澤東作了結束語。其中再次提到了“百花齊放、百家爭鳴”的方針，回答了馬克思主義能不能批評的提問。
毛澤東認為：
馬克思主義是不怕批評的，馬克思主義如果能夠批評倒，能夠證明馬克思主義不是真理，那麼這個東西就不行了，所以不存在馬克思主義可不可以批評的問題。
毛澤東還表示讚成出版蔣介石的全集，供研究曆史的人參考。
為了解決科學領域存在的問題，貫徹“雙百”方針，統一全黨的思想，經毛澤東提議，中央召開全國宣傳工作會議。
在3月6日至13日，全國宣傳工作會議在北京召開。參加會議的有中央和省、市兩級黨的宣傳、文教部門的負責人380多人。
此外，還有科學、教育、文學、藝術、新聞出版等部門的黨外人士100多人參加了會議。
這次會議傳達和討論了毛澤東《關於正確處理人民內部矛盾的問題》的講話。
3月8日，毛澤東還邀請茅盾、老舍、巴金、周信芳等文藝界代表進行座談，聽取他們對“雙百”方針的意見，同時回答了代表們所關心的問題。
有人問：“作家對官僚主義者恨得不得了，能不能把他們的結局寫成失敗，寫成死？”
毛澤東說：
官僚主義當然應該批評。有個電影叫《榮譽屬於誰》，裏麵有一個鐵路局長，是個官僚主義者，可是他的局長還照樣當，這樣的幹部應該撤職。為了治病救人，可以送他去學習。這部電影裏那樣寫這個局長，叫作不徹底，缺乏徹底性，反官僚主義應該徹底。
毛澤東還說：
我們主張百花齊放，有的人很怕百花，現在百花齊放的環境還沒有造成。我們采取有領導的“百花齊放、百家爭鳴”。現在還沒有造成放的環境，還是放得不夠，是百花想放而不敢放，是百家想鳴而不敢鳴。
過了兩天，毛澤東又邀請鄧拓、金仲華、徐鑄成、趙超構等新聞界人士座談，主題是如何辦報。他要求把報紙搞得活潑，登些琴棋書畫之類，群眾來信可以登一些出來，政府和有關的業務部門有不同意見，報館可以和他們研究商量一下，在報上加以解釋，再看結果如何。
在全國宣傳工作會議期間，毛澤東還接見了摩爾根學派的遺傳學家談家楨。
當陸定一把談家楨介紹給毛澤東時，毛澤東和藹地笑著，伸出他那隻有力的手，緊握談家楨的手，親切地說：“哦，你就是遺傳學家談先生啊！”
毛澤東笑問談家楨，對貫徹“雙百”方針、對遺傳學研究工作，有些什麼意見。毛澤東耐心地傾聽談家楨的意見，不住地點頭。
當談家楨談到青島座談會的情況時，毛澤東鼓勵他說：“你們青島會議開得很好嘛！要堅持真理，不要怕，一定要把遺傳學研究搞起來。”
毛澤東又說：“過去我們學習蘇聯，有些地方不很對頭。現在大家搞嘛，可不要怕。”
毛澤東的鼓勵使談家楨深受鼓舞，也促進了遺傳學領域的百家爭鳴。