3月12日，在這次全國宣傳工作會議上，毛澤東還發表重要講話。他用很長的篇幅講了貫徹“雙百”方針的問題。
毛澤東說：
百花齊放是一種發展藝術的方法，百家爭鳴是一種發展科學的方法。“百花齊放、百家爭鳴”這個方針不但是使科學和藝術發展的好方法，而且推而廣之，也是我們進行一切工作的好方法。這個方法可以使我們少犯錯誤。他又說：我們主張放的方針，現在還是放得不夠，不是放得過多。不要怕放，不要怕批評，也不要怕毒草。馬克思主義是科學真理，不怕批評，他是批評不倒的。共產黨、人民政府也是這樣，也不怕批評，也批評不倒。
在講話中，毛澤東著重講了知識分子問題和加強黨的思想工作的問題。
同時，毛澤東宣布：
中央做出決定，準備黨內在今年開始整風，主要是批評主觀主義、官僚主義、宗派主義。
毛澤東還強調：
“百花齊放、百家爭鳴”，這是一個基本性的，同時也是長期性的方針，不是一個暫時的方針，不能收，隻能放。
4月10日，按照毛澤東講話的精神，《人民日報》發表題為《繼續放手，貫徹“百花齊放、百家爭鳴”的方針》的社論，強調“百花齊放、百家爭鳴”並不是一時的、權宜的手段，而是為發展文化和科學所必要的長時期的方針。黨的任務是要繼續放手，堅持貫徹“百花齊放、百家爭鳴”的方針。
社論說：
到現在為止，黨內還有不少同誌對於“百花齊放、百家爭鳴”的方針實際上是不同意的，因此他們就片麵地收集了一些消極的現象，加以渲染和誇大，企圖由此來證明這一方針的“危害”，由此來“勸告”黨趕快改變自己的方針。但是，黨不能接受他們的這種“勸告”，因為他們的方針並不是馬克思主義，而是反馬克思主義的教條主義和宗派主義。
在黨中央、毛澤東等領導人的直接關懷與鼓勵下，科學文化領域的各界知識分子積極投入到貫徹“雙百”方針的大潮中，為祖國建設的各項事業做出自己的貢獻。毛澤東深化內涵
1957年4月29日，《光明日報》刊登北京大學遺傳學教授李汝琪的《從遺傳學談百家爭鳴》的文章。
李汝琪在文章中說：
在學術方麵，是非曲直，唯有通過爭辯才能搞得清清楚楚，所謂真理愈辯愈明就是這個道理。
他還說：
在過去學習蘇聯的過程中，隻許一家獨鳴，這在遺傳學方麵表現得最為突出，其後果如何是大家所熟悉的。一家獨鳴隻能引起思想僵化……在不知不覺中就會變成思想懶漢。這種懶漢思想，在強調向科學進軍的領導，應該說是一種障礙，因為我們所需要的是獨立思考、獨出心裁。顯而易見，為了使科學家的思想開放，就必須把百家爭鳴繼續下去。
當時，毛澤東讀到這篇文章後，十分讚同，就建議《人民日報》轉載這篇文章，並把標題改為“發展科學的必由之路”，把原來的標題改為副標題。
毛澤東還代《人民日報》寫了一篇“編者按”作了說明：
這篇文章載在4月29日的《光明日報》，我們將原題改為副題，替作者換了一個肯定的題目，表示我們讚成這篇文章。我們歡迎對錯誤做徹底的批判，一切真正錯誤的思想和措施都應批判幹淨，同時提出恰當的建設性的意見來。
5月1日，《人民日報》轉發了這篇文章。
李汝祺是中國遺傳學奠基人之一。他知識淵博，學術造詣高深。在動物學、胚胎學、細胞學和遺傳學等廣泛領域內都有深入研究、多有建樹。
李汝祺生於天津市，早年就學於清華學校，1919年至1923年，在美國普渡大學就讀。畢業後，進入美國哥倫比亞大學動物學係研究院,師從摩爾根，1926年以優異的成績獲得博士學位，並回國任教。
李汝祺是中國遺傳學奠基人之一。他是最早研究遺傳學和胚胎學交叉領域，探索遺傳與發育統一規律的中國科學家。他一貫認為，細胞、胚胎和遺傳是不可分割的整體，基因的作用貫徹始終。因此，研究基因作用，脫離細胞學和胚胎學是不可能有全麵深入理解的。
1948年，李汝祺赴英國倫敦大學訪問期間得知摩爾根學派在蘇聯受到不公正的對待。1949年夏天，李汝祺出於對祖國的熱愛，他還是回到中國。
當時，在國內生物學界，也出現對摩爾根學派的壓製。當時，李汝祺的遺傳學教學與科研工作中斷了，改教畜牧學，但是，李汝祺作為一個正直的科學家，不苟同李森科學派的偽科學的看法，他在教畜牧學的同時，進行胚胎學研究。
在黨中央提出在學術界實行百家爭鳴的方針後，李汝祺非常興奮，他參加了1956年的青島遺傳學座談會。在會上，他闡述了自己的觀點，與許多遺傳學家一起，澄清了對摩爾根學派學術上的錯誤思想。
1957年4月29日，《光明日報》刊登了他的《從遺傳學談百家爭鳴》的文章，並由《人民日報》轉載。
這篇文章的發表，對推動我國遺傳學事業的發展起了積極作用，對於科學地闡明百家爭鳴做了貢獻。在黨的雙百方針的指導下，我國遺傳學界出現了生機勃勃的景象。
李汝祺教授主持了北京大學遺傳學教學和科研工作，培養了一大批遺傳學人才。
他還先後擔任中國遺傳學會理事長兼《遺傳學報》主編以及中國科學院動物研究所學術委員、兼任中國遺傳研究所研究員和《中國百科全書》遺傳學編委會主編等職務。
李汝祺為我國遺傳事業的發展做出了很大的貢獻。
在1957年，毛澤東在黨內外各種場合，多次就“雙百”方針的背景、內涵、意義進行闡述，並對“雙百”方針的應用範疇作了新的延伸和擴展。
第一，“雙百”方針是在承認社會主義社會仍然存在各種矛盾的基礎上提出來的。
社會主義社會雖然消滅了剝削製度，但依然存在著各種各樣的社會矛盾。這些矛盾，必然會在科學文化中得到反映。
有人懷疑“雙百”方針，重要原因之一是怕放出“毒草”，怕引起思想混亂。
針對這種顧慮，毛澤東生動地說：
中國6億人口，農民有5億，手工業者1000多萬，小商小販、地主富農、資產階級大概有5000多萬人，這是一個客觀存在。你要這些人都不發表意見，統統口上打個封條，隻有吃飯時開一下，吃了飯就封起來，那怎麼行呢。口有兩個作用，一為吃飯，二為說話，把他堵住那是難辦到的。資產階級、小資產階級，他們的思想意識是一定要反映出來的，一定要在政治問題和思想問題上，用各種辦法頑強地表現他們自己。要他們不反映不表現，是不可能的。我們不應當用壓製的辦法，不讓他們表現，而是在他們表現的時候，和他們辯論，進行適當批評。
但這種批評不應當是教條主義的，不應當用形而上學方法，應當力求用辯證方法。要有科學分析，要有充分說服力。
單靠行政命令的辦法，禁止人接觸錯誤思想和醜惡現象是不能解決問題的，錯誤東西的存在並不奇怪，也用不著害怕，這可以使人們更好地同他作鬥爭，在大風大浪中發展。
第二，“雙百”方針符合辯證法，符合真理發展規律。
毛澤東認為：
正確的東西總是在同錯誤的東西作鬥爭的過程中發展起來的，真善美的東西總是在同假惡醜的東西相比較而存在、相鬥爭而發展的。當某一種錯誤的東西被人類普遍地拋棄，某一種真理被人類普遍地接受的時候，更加新的真理又在同新的錯誤意見作鬥爭。這種鬥爭永遠不會完結。這是真理發展的規律。
如果禁止人們跟謬誤、醜惡、敵對以及唯心主義、形而上學的東西見麵，會導致人們的思想衰退，見不得世麵。唯物主義和唯心主義，辯證法和形而上學，是對立統一的，一講哲學就少不了這兩個對子。
他告誡黨員和黨的知識分子，不僅要懂得唯物主義和辯證法，還要補學一點他的對立麵，唯心主義和形而上學。毛澤東說：
我勸在座的同誌，你們假如懂得唯物主義和辯證法，那就還需要補學一點他的對立麵唯心主義和形而上學。康德和黑格爾的書，孔子和蔣介石的書，這些反麵的東西，需要讀一讀。
第三，尊重藝術和科學發展的特殊規律。
毛澤東指出：
藝術和科學中的是非問題，應當通過藝術界、科學界的自由討論和實踐去解決。
他以哥白尼的太陽係學說、達爾文的進化論為例，說明為了判斷正確的東西和錯誤的東西，常常需要有考驗的時間。曆史上新的正確的東西，在開始的時候常常得不到多數人承認，隻能在鬥爭中曲折地發展。對於科學和藝術上的是非問題，應當保持慎重的態度，提倡自由討論，不輕率地做結論。
他反對利用行政力量，強製推行一種學派、風格，禁止另一種學派、風格，主張藝術上不同的形式和風格可以自由發展，科學上不同的學派可以自由討論。
第四，“雙百”方針是進行一切工作的好方法，是領導國家的基本方針。
毛澤東說：
“百花齊放，百家爭鳴”這個方針，不但是使科學和藝術發展的好方法，而且推而廣之，也是我們進行一切工作的好辦法。這個方法可以使我們少犯錯誤。有許多事情我們不知道，因此不會解決，在辯論中間，在鬥爭中間，我們就會明了這些事情，就會懂得解決問題的方法。各種不同意見辯論的結果，就能使真理得到發展。
他還提出：
領導我們國家可以采取兩種不同的方針，就是放和收。放，就是放手讓大家講意見，使人們敢於說話，敢於批評，敢於爭論。不怕錯誤的議論，不怕有毒素的東西。發展各種意見之間的相互爭論和相互批評，既容許批評的自由，也容許批評批評者的自由。對於錯誤的意見，不是壓服，而是說服，以理服人。收，就是不許人家說不同意見，不許人家發表錯誤的意見，發表了就一棍子打死。放有百利而無一害，而收是錯誤的，不是解決矛盾的辦法，而是擴大矛盾的辦法。
毛澤東這一深刻的見解，表現了他博大的氣魄和胸懷。實行“放”的方針，實質上是采用民主的方法解決人民內部的是非問題，是實行最廣泛的人民民主。
第五，實行“雙百”方針，並不會削弱馬克思主義在思想界的領導地位，相反，還會加強他的這種地位。在貫徹“雙百”方針過程中，有人提出馬克思主義可不可以批評，也有人擔心會削弱馬克思主義的領導地位。
針對這些問題，毛澤東在黨內外會議上多次說明：
在我們國家裏，馬克思主義雖然已經被多數人承認為指導思想，但仍然可以批評。馬克思主義是一種科學真理，他是不怕批評的。如果馬克思主義害怕批評，可以批評倒，那麼馬克思主義就沒有用了。所以不存在馬克思主義可不可以批評的問題。
在1957年3月召開的全國宣傳工作會議期間，中宣部印發了《有關思想工作的一些問題的彙集》，供會議代表參閱。
毛澤東在這份材料上做了若幹批注，如有人認為“黨校有特殊性，不能容許非馬列主義的思想爭鳴”，毛澤東寫道：
似乎不很對，何必怕爭鳴。
有人認為經典著作不許懷疑，對這個問題旁邊，毛澤東批道：“不許懷疑嗎”。
黨員在理論上懷疑或反對馬列主義的個別原理是否允許，如果根本懷疑馬列主義的哲學、經濟學或科學社會主義理論可否留在黨內這個問題旁邊，毛澤東批道：“前者是肯定的，後者是否定的”。
在“如何克服馬列主義教學中的教條主義”這個問題旁邊，毛澤東寫道：
就是允許批評，爭論。
毛澤東的批語真實地反映出他對待馬克思主義的科學態度。也使雙百方針在各個領域，正確全麵地貫徹實施，促進了科學文藝工作的繁榮昌盛。