1987年1月，國務院召開全國經濟工作會議，提出要深化企業改革，關鍵在於推行多種形式的承包經營責任製，決定全麵推行企業承包經營責任製。
受國務院委托，國家經委召開了全國企業承包經營責任製座談會，研究部署實行企業承包經營責任製。
從此，承包經營責任製在國有大中型企業中，得到普遍實行。
1987年8月31日，國家經委、國家體改委，發出《關於深化企業改革完善承包經營責任製的意見》，提出堅持“包死基數、確保上交、超收多留、欠收自補”的原則，合理確定承包要素，招標選聘經營者，投資主體逐步轉向企業，控製工資獎金過快增長等要求。
為了完善承包經營責任製，依法保障企業承包經營責任製規範運行。1988年2月27日，國務院頒布《全民所有製工業企業承包經營責任製暫行條例》，對承包經營責任製的內容和形式、承包合同、承包經營合同雙方的權利和義務等，做出了規定。
企業承包經營責任製的內涵是：包上交國家利潤，包完成技術改造任務，實行工資總額與經濟效益掛鉤。在此基礎上，不同企業根據實際情況，確定其他承包內容。
為了推動、規範中小企業租賃經營，1988年6月5日，國務院發布了《全民所有製小型企業租賃經營暫行條例》，主要規定了出租方與承租方的權利和義務，收益分配及債權債務處理，承租收入等內容。
1988年4月13日，七屆人大一次會議通過的《全民所有製工業企業法》，確立了國有企業的法律地位，明確規定企業實行廠長、經理負責製；中國共產黨在企業中的基層組織，對黨和國家方針、政策在本企業的貫徹執行實行保證監督；企業通過職工代表大會和其他形式，實行民主管理。
《企業法》提出，企業可以采取承包、租賃等經營責任製形式。企業必須加強和改善經營管理，實行經濟責任製，從而使推行承包經營責任製，有了法律依據和法律保障。
1992年7月23日，國務院發布《全民所有製工業企業轉換經營機製條例》，根據《企業法》的精神對企業經營自主權，做出具體規定。
企業享有的經營權包括：生產經營決策權；產品勞務定價權；產品銷售權；物資采購權；進出口權；投資決策權；留用資金支配權；資產處置權；聯營、兼並權；勞動用工權；人事管理權；工資、獎金分配權；內部機構設置權；拒絕攤派權。
企業經營權受法律保護，任何部門、單位和個人不得幹預和侵犯。對於非法幹預和侵犯企業經營權的行為，企業有權向政府和政府有關部門申訴、舉報，或者依法向人民法院起訴。
國有企業普遍實行了承包經營責任製，擴大企業經營自主權，調動了企業和職工的積極性。
進行政企分開的機構改革
1984年10月，黨的十二屆三中全會通過的《關於經濟體製改革的決定》中指出：
增強企業活力，特別是增強全民所有製的大、中型企業的活力，是以城市為重點的整個經濟體製改革的中心環節。
《決定》提出了政企分開和所有權與經營權分離的改革原則。改革的出發點是，企業有權選擇靈活多樣的經營方式，有權安排企業產供銷活動，有權擁有和支配自留資金，有權依照規定自行任免、聘用和選舉企業的工作人員，有權自行決定用工辦法和工資獎勵方式，有權在國家允許的範圍內確定本企業的產品價格。
改革的落腳點是，政府不再經營企業，使企業實現自主經營、自負盈虧，具有自我積累、自我改造、自我發展能力，成為市場主體和法人實體。
1988年，時任國務委員的宋平，在七屆全國人大一次會議上表示，由於經濟體製改革全麵展開，現有機構的弊端愈益突出，主要表現在：政企不分，結構不合理，在職能上微觀管得過多，宏觀調控不力；政府工作人員的素質和結構不適應經濟的、法律的間接管理方式等。
在1988年全國人大頒布的《全民所有製工業企業法》中，首次明確了我國國有企業的法律地位，使企業享有的自主權有了法律保障。
這次機構改革，組建了新的國家計劃委員會，機構改革方案將其定位為國務院管理國民經濟和社會發展的綜合部門，不再承擔微觀管理與行業管理的職能，是一個高層次的宏觀管理機構。
此次機構改革之後，還出現了幾個“部級”的公司，石油部撤銷，組成中國石油天然氣總公司。核工業部撤銷，組建中國核工業總公司。
這次機構改革，給現代政府管理留下了最寶貴的遺產，即公務員製度。
1992年，黨的十四大明確經濟體製改革目標是，建立社會主義市場經濟體製。
在1993年3月召開的八屆人大一次會議上，政企不分，再次出現在機構改革的必要性中。
時任國務院秘書長的羅幹表示：
這次機構改革和以往機構改革的不同，就是把適應社會主義市場經濟發展的要求作為改革的目標。
針對政企不分的問題，羅幹提出，要堅決把屬於企業的權力放給企業，把應該由企業解決的問題，交由企業自己去解決。
部委改公司，在這次改革中再次出現，航空航天工業部撤銷，分別組建了航空工業總公司和航天工業總公司。
正如中國的市場化之路是摸著石頭過河，這也體現在機構改革中。
羅幹說：
從經濟體製改革和機構改革的長過程來說，目前這個方案還帶有一定的過渡性，有的還帶有試點性質。今後，還要繼續深入進行行政管理體製和機構改革。
這次機構改革，直指前兩輪改革都未能根治的頑症，即政企不分，將9個專業經濟部門一次撤銷或降格。改革之後，電力部、煤炭部、化工部等9個部委，成為曆史。
1998年3月，九屆全國人大一次會議召開。麵對數千的全國人大代表，羅幹說：
政府機構存在的諸多問題雖經多次改革仍未得到根本性的解決，機構設置與社會主義市場經濟發展的矛盾日益突出。
這次改革，國家計委更名為國家發展計劃委員會，其主要職責為，保持經濟總量平衡，抑製通貨膨脹，優化經濟結構，實現經濟持續快速健康發展；健全宏觀調控體係，完善經濟、法律手段，改善宏觀調控機製。
2003年3月6日，國務委員兼國務院秘書長王忠禹，向十屆全國人大一次會議，作了國務院機構改革方案的說明。
王忠禹說：
隨著經濟體製改革的深入和加入世界貿易組織新形勢的發展，現行政府機構還存在著一些不適應的問題，必須通過深化改革加以解決。
這輪改革帶來了一些新名詞，叫了幾十年的國家計委成為曆史，其新名字是國家發展和改革委員會，職能更加強調宏觀調控。
中國國有企業所取得的成就，與這輪改革設立的國資委密切相關。
企業采取兼並後重組再生
企業兼並是在20世紀80年代初，企業整頓中實行關、停、並、轉的基礎上，通過發展橫向聯合和租賃製，自然出現的。
河北省保定市促成企業兼並的工作，是1985年開始的。時任保定市市長田福庭認為，如何實現社會生產要素的重新優化組合，使盈利企業得到扶持，虧損企業得到改造，是經濟管理工作亟待解決的問題。
田福庭說，企業兼並的思路產生於企業“關停並轉”中的“合並”方式。與此不同的是，一是對企業虧損有主要責任的領導者不能再易地做官；二是變企業對等合並為優勢企業“吃掉”虧損企業；三是主管部門牽線搭橋，對優勢企業引導、協商，對虧損企業采取一定行政手段，促成兼並。
時任保定市委書記韓立成說，在社會主義有計劃商品經濟條件下，企業兼並可以成為貫徹產業政策和搞活企業的有效手段。
在兼並之前，被“吃掉”的一方要經過清產核資，然後按不同所有製，采用不同的方式，實現財產有償轉移。再有就是，兼並一般在基礎技術條件相近的企業間進行。
實行企業兼並，使社會生產要素、技術組合結構發生有益變化，要做到調整產品結構、投資少、見效快，企業經濟效益大幅度提高。
兼並前，保定市優勢企業一批有前途的產品，由於受到場地、人員和設備的限製，不能及時擴大生產規模。
如保定市鍋爐廠，占地隻有15萬平方米，生產的工業鍋爐一直供不應求。而有較大場地的風機廠，由於產品質量低劣，難以為繼。
兼並後，他們隻用較少投資，就使工業鍋爐生產能力提高兩倍，同時還使失去用戶的礦山風機得以改造，重新投放市場。
保定市在調整產品結構中，僅利用虧損企業固定資產和節約購地費兩項，就節省資金3000萬元，並形成了防水卷材、建築鋼窗、特種變壓器等一批拳頭產品。
保定市實行企業兼並以來，不僅有效地改造了一批長期虧損、瀕於破產的企業，財政因此每年減少負擔200多萬元，而且，重新造就了一支職工隊伍。
劣勢企業被兼並後，幹部職工安置在新的崗位上，工資獎金有保障，思想情緒很快穩定下來；優勢企業按本廠的廠規廠法嚴格要求，嚴格管理。有的企業還對職工進行全員培訓，精神麵貌煥然一新。
隨後，在其他一些省市，也相繼發生了企業兼並的事例，總的趨勢是企業兼並的數量逐漸增多，兼並方式日趨多樣化，其效果也十分顯著。
在商品經濟條件下，各個企業在市場上環繞價格進行激烈的競爭。為了在競爭中能站住腳並更多獲利，企業必須力爭采用效率最高的生產方法，以便把成本壓縮到最低點。
為此，企業一方麵要不斷謀求新技術，開發新市場，擴大經營，另一方麵要追求規模經濟的效益。這樣就使企業有一種擴張的內在衝動，隻要可能，企業總想謀求在競爭中取得有利的地位。而實現這一過程的手段之一，就是兼並別的企業。因此，企業兼並是商品經濟條件下企業的一種內在機製。
兼並的方式種類有許多。
第一類，兼並所有權，一是在不同所有製或不同隸屬關係的企業之間，按照工藝相近、雙方需要、生產要素互補的原則實行兼並。二是以抵押的方式實行兼並。主要是在資不抵債的集體所有製企業與其最大債權人之間進行。
第二類是兼並經營權，有3種做法：
一是同一資產集團內部，經營權由劣勢企業集中到優勢企業，取消被兼並企業的法人資格。這種形式是當時國有企業兼並的主要形式。
二是通過法人承包、租賃形式向優勢企業轉讓經營權。實行這種兼並形式的，主要在工藝相近、技術與管理水平差異較大的企業之間，本著發展係列產品和規模經濟的原則進行。