大家回來後，室領導當即和同誌們商量對策，總部要求人和儀器都要到達試驗基地，但是試驗室離試驗基地很遠，必須轉運。為了既不耽誤報到，又不耽誤運輸設備，室領導當即將同誌們分成兩批，一批負責到總部報到，室領導親自帶著其餘同誌到試驗室搬運儀器。
傍晚的時候，一準備就緒。總指揮和總設計師都來到了試驗基地。
這次試驗，意義非常重大。這完全是一次開創性的試驗，沒有任何經驗可借鑒，蘇聯和美國都研製過宇宙飛船，但是這樣的試驗他們也沒有做過，我國是第一個做艙段分離試驗的國家。試驗如果成功，就表明我國在宇宙飛船的研製方麵又跨進了一大步。所以，這次試驗在我國航天史上同樣具有舉足輕重的意義。
就在“神舟1號”的腳下，基地領導迅速召開一個簡短的動員大會。
時任“神舟”飛船總指揮兼設計師的戚發軔院士說：“連要連得可靠，斷要斷得幹脆。”
穿著軍裝的工作人員還麵對“神舟1號”作了鄭重宣誓。工作人員說：
“神舟1號”，我們絕不會辜負你對我們的期望，絕不會辜負祖國和人民對我們的期望。
最後的準備開始，各個部門馬上忙碌起來。男同誌都去搭建臨時試驗室，女同誌粘貼傳感器！
某室的領導帶著男同誌開始搭建臨時試驗室，這個試驗室是用來放置數據采集係統的。男同誌這邊，在幾個建築工人的幫助下，不到半天，臨時試驗室就建成了。儀器運過來的時候就被送到了臨時試驗室。
女同誌也不含糊，一個個幹勁十足地粘貼傳感器，鋪設、固定電纜，忙得不亦樂乎。一個女技師僅僅穿著一件毛衣就鑽進船艙，在那裏連續工作了5個多小時。等到她出來的時候，她的臉已經變成了青紫色，手指已經不能靈活地轉動了，寒風一吹，直打哆嗦。姐妹們心疼地幫她穿上大衣，稍稍暖和後，她又馬上開始了工作。
整個基地裏是沒有取暖設備的，隻有幾間臨時搭建的放置各種儀器的簡易房。就是在這種簡易房裏避避寒，大家也不敢呆太長的時間。
在野外，參試人員另一個非常重要的任務就是鋪設、固定各種電纜，電纜是要從地溝裏鋪設出來的。大家分成兩組，每組3個人，鑽進地溝，一個人負責讀數，一個人負責鋪設，一個人負責固定。
由於在地溝裏工作難度大，鋪設的時候必須趴在地上做。地溝裏冰涼冰涼的，6個人拽著重達千斤的電纜進了地溝，這道工作必須得在3小時內完成，所以隻能想盡辦法搶時間。
在開始接線的時候，地溝裏早已經布滿了電纜線。電纜係統要想暢通無阻就必須得注意避免與其他的電纜線糾纏在一起，避免引起短路。
為了確保能夠百分之百地獲取數據，連線工作人員隻能臨時再在裏麵搭構一條通道，這無疑又給他們的工作增加了不少難度。
線鋪好了，大家也都累得筋疲力盡了，一群從全國各校畢業的研究生，高才生，已經磨煉得像建築工人一樣。盡管已經非常累了，但是大家還是不能放鬆，試驗馬上就要正式進行了，他們得把儀器的專用電源裝上。
當所有一切做完以後，就是正式試驗了。經過3次重複實驗，結果均表明正常。艙段分離試驗終於結束，大家可以暫時舒一口氣了。
“神舟1號”被裝上了氣墊車，緩緩離去，二室的工作人員也將與“神舟1號”告別。
四、實現飛天
●“神舟1號”發射基地指揮部再次召開緊急會議，商討確切發射窗口時間為11月20日6時30分，並將之上報。
●1999年11月20日6時30分，酒泉衛星發射控製中心指揮大廳裏傳來零號指揮員的聲音：“1分鍾準備！”“10、9、8、7……3、2、1，點火！”
●在參觀完返回艙後，江澤民說：“我代表黨中央、國務院向你們致以親切的慰問和衷心的感謝！”
● 實現飛天明確發射飛行保障
1999年5月18日，在首都北京召開了載人航天工程第二次發射場合練暨第一次飛行任務工作會。
這次會議由總裝備部組織舉行，中國載人航天工程的全體高層人員與參加飛船首飛試驗的七大係統總師參加了這次會議。
中國載人航天工程副總指揮沈榮駿，在大會上宣布了“長征2號F”火箭和“神舟1號”試驗飛船發射飛行試驗的目的，並列出了第一次飛行任務的重大節點。
此次發射是“長征2號F”火箭研製階段的首次飛行試驗，借這次機會發射一艘飛船，進行返回技術試驗。為了完成第一次飛行試驗任務，各係統的工作目標和進度要求是：
1999年7月26日，飛船專列進入酒泉衛星發射基地；
1999年8月10日，火箭專列進入酒泉衛星發射基地；
1999年9月上旬，“遠望號”測量船隊陸續出航；
1999年9月25日前，火箭和飛船進行合練與測試；
1999年年底前，完成著陸場搜索、回收和演練；
1999年11月5日至7日，船箭塔聯合體轉運；
1999年11月8日至12日，擇機發射“神舟1號”試驗飛船。
在這次會議上，還明確了各相關單位的後勤保障任務。
載人航天工程總指揮曹剛川上將作了重要講話。他神情莊重地對大家說：
50周年大慶、澳門回歸、飛船首飛，這是今年中央提名的三件國家大事。“神舟”飛船首次飛行試驗，隻能成功，不能失敗！
會議結束後，各有關部門開始加緊行動，為“神舟1號”飛天做準備。拆開大底排除隱患
7月23日，“神舟1號”飛船專列從北京開出，3天後抵達酒泉基地。中國航天科技集團公司工作組、“神舟”飛船總指揮兼總設計師戚發軔、“神舟”飛船副總指揮袁家軍和飛船試驗隊也同時到達了酒泉基地。
8月15日，“長征2號F”火箭裝車出廠。王永誌、胡世祥、張慶偉特意來到北京南苑的火箭專列站台，為火箭試驗隊送行。
“神舟1號”飛船和“長征2號F”火箭終於要見麵了。
“神舟1號”飛船由於是由電性船改裝的，之前沒有同運載火箭和發射場磨合過，一些本應在北京完成的程序編製和調試工作，也轉移到發射場上進行。所有問題，都要在發射場做最終解決。
飛船到達酒泉衛星發射基地後，前來參加載人航天工程指揮部會議的曹剛川再三叮嚀，發射前的各項測試要十分嚴謹，組織要非常嚴密。要一步一個腳印，一定要把任務抓好，確保質量安全和產品安全，確保試驗成功。
就在這個時候，飛船係統在進行發射準備階段地電測時出現了問題：測試人員在對飛船的數據處理裝置和返回艙加電時，連加幾次也加不上。
如果要解決這個問題，就必須拆開飛船的防熱大底，對裏麵的所有設備一一檢查。但是，拆開飛船防熱大底可不是一件小事。不到萬不得已是不可能進行這一步的。稍不留神，就可能對封在大底裏麵的設備造成損害，甚至是毀掉一艘飛船。
有專門機構曾對拆開飛船大底損毀的幾率進行了計算，結果是拆開大底，有963％的幾率會產生新的損毀。
也正因為如此，總裝人員在對飛船進行合大底之前都會一遍一遍地問：“還有問題沒有，還有問題沒有，會不會有什麼問題……”
現在飛船出了問題，到底開不開大底？戚發軔問質量控製小組的意見，質量控製小組的負責人說：
沒有別的辦法，隻能拆開返回艙的防熱大底，對裏麵的所有設備，一一重新檢查。
也有人有不同意見，他們認為“神舟1號”飛船本來就是電性船改裝的，大底開壞了，整個飛船就廢了，發射也就泡了湯；環控生保係統的設備這一次不是關鍵設備，不會影響這次發射的成敗。
然而，不幸很快又發生了，環控生保係統的問題還沒有解決，在接下來的測試中，飛船又發現了重大問題，返回艙慣性測量組件液浮陀螺出現故障。這可是飛船GNC分係統的核心部件，如果出現故障，將直接影響到飛船的正常返回。