聽說飛船返回艙陀螺出現問題，所有專家的心幾乎都涼了半截。陀螺也安裝在返回艙底部的夾層中，如果要想取出陀螺，唯一的辦法也是拆開飛船的大底。
但開大底的風險實在太大，中國空間技術研究院的幾位專家再三討論，還是想避開這個故障。
一向沉穩的載人航天工程總設計師王永誌也猶豫了。開大底風險實在太大了，但帶著問題上天也不符合原則。對於拆不拆飛船大底的問題，在討論會上，各係統總設計師和總指揮一直爭論。
10月2日，時任載人航天工程副總指揮的沈榮駿等為此事趕到酒泉基地，但是，還是沒能定下來拆不拆大底。拆不拆都有很大的風險，所以領導也難以決斷。
為了這個問題，中國航天工業總公司原總經理王禮恒和副總經理張慶偉也專程趕到了基地。一入會場，看到在場人員意見分歧很大，王禮恒總經理說：
科學的真理，往往掌握在少數人的手上。拆不拆，也不好舉手表決。今天晚上，各位總設計師和總指揮再考慮幾個小時，明天作最後決定。
當晚，“神舟”飛船總設計師戚發軔來到時任飛船副總指揮的袁家軍房間。返回艙的各種圖紙鋪滿了袁家軍的床和地麵，他正在畫圖和複算拆大底帶來的風險。戚發軔說：“據工作人員回憶，這種液浮陀螺馬達相電流參數不穩定的情況，在唐家嶺航天城測試的時候曾經暴露過一次，請負責陀螺的人看了，他們說不要緊，隻要有輸出就行。以後的四個月都沒有問題，沒想到在這個節骨眼上冒了出來。怎麼拆的問題，你考慮了嗎？”
袁家軍說：“拆大底的14個風險中，有4個是致命的關鍵性風險。拆的過程中，如果碰到電器還可以測量，但如果是火工品、導爆索和非電傳爆產品，就沒有辦法測量出來。而且一旦哪一個爆炸，人員和產品都不安全，大家七年的心血就白費了。”
戚發軔明確態度說：“加倍小心，應該可以避免。”
為了掌握拆飛船大底的把握性有多大，時任中國航天科技集團公司副總經理的張慶偉找到張誌禮，仔細詢問其中的風險和可能遇到的問題。張誌禮多年從事飛船總裝工作，很有經驗。他以前總結過飛船開大底的50條風險和對策。
張誌禮實事求是地說：
我們已經找技術人員和老師傅一起研究過了，並打印下發了可能出現的風險，一一研究對策。就像醫生做手術一樣，不能把風險留給操作人員，必須在方案上做到萬無一失。我們會全力以赴，按工程總體的要求去做的。
晚上，曹剛川飛到酒泉衛星發射基地，召集指揮部人員開緊急會議，就飛船發生的問題作出決定。
在緊急會議上，大家把目光都集中在曹剛川身上。
我知道，你們現在都等著我發表意見。不拆大底，就不會捅出新的漏子，就會保證發射的進度。如果備用件在天上聽話，還能保證試驗飛船的試驗內容，上下全好交代。
不錯，保九，我喊得最多，用電性船改裝試驗船，也是我最終拍的板。現在飛船肚子疼，我們要讓它到天上去拉稀嗎？大家盼著我來，有盼著說一個字的，有盼著說兩個字的。我就說一個字，拆而且誰拆誰得立軍令狀，絕對不允許拆出問題。
在中國空間技術研究院試驗隊食堂，張慶偉、戚發軔、袁家軍召集張誌禮等20多位總裝人員開了一個簡短的會議，為參與拆大底的人員進行動員：
拆大底是有一定風險的。吊起返回艙後，頭重腳輕，左右晃動，火工品容易爆炸。但經過我們七天準備的預案，成功還是有把握的。你們大膽地去操作，每一步動作，手放在哪裏，腳放在哪裏，都要考慮清楚了。拆成了，功勞是你們的；出了問題，責任在我們。
張慶偉一邊交代拆大底的注意事項，一邊給操作人員減壓。拆返回艙大底的時候，現場人很多，但沒有一個說話的，現場顯得異常安靜。
拆大底，關鍵在於返回艙起吊。吊起來，返回艙不晃動，就算大功告成；如果有晃動，產品肯定要受到破壞，人員也可能有傷亡。操作人員雖然做了充分的準備，但還是有點膽戰心驚。起吊的過程中，大家都目不轉睛地盯著返回艙大底，領導們也顯得有點緊張。
1毫米、2毫米、3毫米，一直吊到360毫米，直到操作人員把所有的墊框都墊上，大家才算鬆了一口氣。
大底打開後，發現有一根信號線在合大底時被壓斷了。原來環控生保係統的儀器問題出在這裏。大家都倒吸了一口涼氣：“天哪，幸虧開了大底！”
飛船拆大底成功，排除故障的工作取得了滿意的結果，大家心裏都踏實多了。第二輪的測試基本順利，船、箭、塔聯試終於過關。“神舟”飛船首次試飛隻待擇定發射日期，加注燃料後就可發射升空了。確定發射窗口時間
“神舟1號”飛船的發射時間原定在1999年的11月8日至12日，由於飛船開大底，原定的發射日程也跟著往後延遲。此時，計算發射飛船的窗口時間，就成了一個焦點。
發射衛星、飛船等航天器，對發射時機有特殊的要求。這個適合飛船發射的時間範圍，專業術語叫“發射窗口”。
“神舟1號”飛船的發射窗口時間由中國空間技術研究院負責計算。由於11月15日至17日有降溫，高空風速超過了每秒45米，各種條件不是很理想，但18日到22日之間，都有合適的發射窗口時間。
曹剛川說，發射就暫定於20日，但我們照著18日的目標做，爭取提前兩天發射。
正在大家緊張準備之時，從北京氣象部門又傳來一個壞消息：
根據天文預測，11月18日太空將有流星雨出現，不宜發射航天器。
流星雨是航天器的最大“天敵”，一塊核桃大的隕石打到飛船上，就有可能將飛船擊穿。
指揮部再次召開了緊急會議，商討確切的發射窗口時間。
會上，專家預報流星雨隻發生在18日當天，以後幾天沒有。如果定在20日，這一天肯定沒有流星雨，氣溫也沒有太大的變化，遠洋測量船也會有兩天的緩衝時間。
於是，發射窗口時間就定為11月20日6時30分，並將之上報。
發射前一天晚上，曹剛川又同指揮部人員碰了個頭，他重申載人航天工程首次發射的重大意義。
“遠望1號”測量船終於到達指定地點，各測量船、測量站準備完畢。
發射基地上，火箭係統燃料全部加注完畢，整流罩通風調溫情況良好，各分係統進入發射前準備狀態。飛船係統燃料加注完畢，火工品測試正常，8個分係統檢查正常。巨大的船、箭、塔組合體像一個即將出征的勇士，靜靜地矗立在一望無際的西北大戈壁灘上，等待點火的莊嚴一刻。
空軍、海軍、蘭州軍區、成都軍區協調完畢，準備參加應急回收的傘兵部隊已在機場待命。神舟一號順利飛天
1999年11月20日6時30分，酒泉衛星發射控製中心指揮大廳裏傳來零號指揮員的聲音：“1分鍾準備！”
曹剛川、李繼耐、沈榮駿、胡世祥、王禮恒、張慶偉，眼睛都緊緊地盯著大屏幕。王永誌向前傾了傾身子，張建啟屏著呼吸，戚發軔目不轉睛，施金苗捂住了胸口，劉竹生攥起了拳頭，黃春平左手按著太陽穴……
零號指揮員開始讀秒：“10、9、8、7……3、2、1，點火！”
橘紅色火焰從火箭尾部急速噴射出來，伴隨著震耳欲聾的巨大轟鳴聲，火箭攜帶著“神舟1號”飛船迅速升空，呼嘯而去。發射場上，觀看人群發出激動的歡呼聲。
程序轉彎！
火箭起飛12秒！
一切正常！
逃逸塔分離！
助推器分離！
一級火箭分離！