二十三夜，郡中聞警，乃議昭虔、慎彝以城守，左營及安平水師兵守郡。傳穟與署台鎮趙裕、福中營遊擊楊俊督師援鳳山。許尚猶在府監，斬之而後行。時郡中訛言四起，人心震駭，紳士韓高揚、黃化鯉等入見傳穟請方略，傳穟曰：「鳳山雖一隅，距郡城百裏，賊朝發可夕至也，恐有奸宄應之，宜固根本。今郡城垣壞，漏夜築之，兩日可竣。城內外街市，多立木柵，君等率丁壯隨李令日夜親巡，城上分布兵勇；安平副將率水師六百人駐西城外螻蛄石，以衛商行為犄角；城內設勁兵三百人，環甲露宿，足為策應。各衙門及紳士家皆募鄉勇以收遊民，無使助賊。惟大兵南下，賊必潰走，當遏之勿使越入郡境。已飭台灣、嘉義營縣分屯兵勇，扼其要隘，且令各莊耆簡壯丁相為守援；土賊不得往應，則吾事濟矣！」或請閉郡八門，曰：「不可！南路難民避賊者日數千至，不能無納；且毋使北路謠傳郡城被圍，啟奸人心也。道試甫畢，各學官俱在，率兵役守門，稽出入而已。」眾悅，守備遂嚴。
二十四日，鎮將兵起；傳穟部署畢。二十五日，亦以兵二百、鄉勇二百繼之，經何公店，南北適中地也，民居頗稠，留兵勇二百人，使訓導謝代塤駐之，以扼其衝，道乃通。二十六日至埤頭，撤功傑，使紹祁回任，署鎮亦撤其參將，以朝龍代。傳穟乃督民夫增補竹圍，繞圍浚深溝，中插竹簽。招撫逃民，諭各鄉守莊捕賊。其先受賊約，能自首者免罪。紹祁更募鄉勇八百名，以四百人守埤頭，四百人偕官兵捕賊。縣役中有通賊者，不敢動，而頗自危，紹祁大度示之，不複窮究，反側遂安。賊自埤頭走黃梨山，豎旗招眾。鎮將初至，不測賊眾寡，又以負險，頗患之，未遽擊。既而各路兵屯鄉莊受府縣約束，阻守要隘甚密，所在匪民觀望待起者不下數千，賊不能通，至是竟無敢應者。嘉義賊將自內山潛至，扼於王李二令，皆散走。吳賜至郡城，為慎彝彝誅。新授台灣鎮蔡萬齡亦至。良斌見眾不集，大懼，其黨乃離。兵勇進攻之，遂潰。傳穟、紹祁亟懸重賞捕賊，王曾、李川、蔡雙弼以下全獲，伏誅。良斌駕小舟入海，逃至彰化，縣令李振青獲之，送郡，南路遂平。
是役也，自許尚起及竣事，僅一月，不煩內兵，不使賊蹂躪閭閻。南路辦賊，北路宴如。凡用餉銀數萬，皆籌款補給，不費帑金者，郡縣得人之效也。奏入，上大嘉之，曰：「方傳穟總司籌辦，悉協機宜，特賞花翎；鎮道以下，各從優議敘。」明年，乃建鳳山縣城於舊治。