預算控製製度尚處於探索起步階段，需要不斷完善。高等級公路建設管理事業單位屬於自收自支型事業單位，近些年來才開始推行預算管理，預算編製過程中常出現漏項，與內控規範要求的內容完整、項目細化、數據準確尚有不小的差距，尚未建成全麵的預算體係。有些經濟事項雖事先有計劃安排，但在該經濟事項實際發生時卻沒有或較少體現計劃對實際支出管控，預算的剛性不強，執行率不高。
三、改進高等級公路建設管理事業單位內控的幾點思考
改進高等級公路建設管理事業單位內部控製製度不能有一揮而就的思想，需要持續探索實踐、不斷完善。改進高等級公路建設管理事業單位內控，需要作針對性調整或加強：
（一）針對內部牽製製度不夠完善，應持續改進完善
在議事決策機製、部門崗位設置及權責配置、業務流程等方麵就科學合理並符合內部牽製的要求，確保不同部門、崗位之間權責分明，相互製約、相互監督。在設置內控製度時從橫向要求完成某項工作需有相自相對獨立的兩個或兩個以上平行部門或人員共同協作才能完成，形成相互牽製、相互監督的機製。從縱向要求完成某項工作需經過互不隸屬的兩個或兩個以上的崗位和環節，從而使下級受上級監督，上級受下級牽製。
（二）針對授權審批控製製度事前控製不足之弱項，可增設事前控製製度
常規性事務如公務接待、召開會議、員工出差、車輛維保、員工培訓、固定資產購置等等經濟事項可增設事前審批製度。結合事中和事後經濟事項的內控製度，完成對經濟事項的全過程管控。俗話說，有再好的治傷藥，也不如不受傷。事前參與預控，可以最大限度地減少違規違紀現象的發生。事前審批，可以從源頭上把好相關法律法規以及本單位內控製度關，使相關審批人有充足的時間審核事項的合理合規性、科學性。
（三）增強預算控製在內部控製中的作用
應逐步建立健全預算內控製度。建立與工作計劃密切結合的全麵預算管理體係，合理設置崗位、明確相關崗位的職責權限、確保預算編製、審批、執行、評價等不相容的職務崗位相到分離。確保預算編製相關人員及時全麵把握預算編製有關政策。預算編製應基本全員參與，做到程序規範、方法科學、編製及時、內容完整、項目細化、數據準確。按照規定程序批複的預算在各部門間進行指標分解、審批下達。規範內部預算追加調整程序。建立預算執行情況分析評價製度，按月對各部門預算執行情況進行考評分析，強化預算對經濟活動的管控作用。
預算控製近些年在各高等級公路建設管理事業單位越來越獲得重視，尤其是在按上級主管部門的要求逐年大幅縮減“三公經費支出”管控方麵發揮很大的作用。
（四）要重視經濟事項管理業務流程設計
內部控製表現為流程、信息和管控。內部控製最終體現在經濟事項管理流程中，內部控製製度的好壞，由經濟事項管理業務流程細節決定。經對高等級公路建設管理事業單位主要業務進行梳理分類，可設置三個流程：一般流程、特別流程和特設流程。可在經濟事項管理業務流程設置預算審核環節，對某經濟事項是否屬經黨委/指揮辦公會議批準的年度經費使用預算範圍內，作專門的審評。以其審評結果來決定該經濟事項管理業務流程走向，預算內的日常性常規經濟事項設置走一般流程，審批權授予主管相關業務的副指揮；預算外的經濟事項以及那些未列入年初預算但確需執行的經濟事項和根據實際情況確需超出預算的經濟事項，走特別流程，實行單位領導班子集體決策審批製度，須經黨委/指揮辦公會議批準（原預算批準層級）。