宋哲宗元元年（公元1086年），在北宋王朝的支持下，首次把曹洞禪法傳入嵩山。報恩禪師融會三教，又借助北宋權貴的支持，在少林寺傳法數年，使曹洞宗風在嵩山各寺院大行其道。金末元初，我國北方曹洞禪法大宗師萬鬆行秀和他的弟子們，使得曹洞禪法在嵩山弘揚光大。元世祖忽必烈於公元1245年欽依雪庭福裕住持嵩山少林寺。雪庭福裕從萬鬆行秀參禪十年，住持少林寺時，大大振興了嵩山佛教。他還在太原、西安、和林、燕京、薊縣另外建造了五座少林寺，並排定了少林曹洞弟子的七十個輩號。嵩山廣大僧眾稱讚他“曠複嵩山，如祖師再出世”，故稱之為中興之祖，認為其功可比開山祖師。雪庭福裕住持少林，開辟了嵩山地區佛教發展的第二個黃金時期。
明洪武年間，太祖朱元璋為諸王（子）選僧師，宗泐薦嵩山法王寺僧道衍為燕王朱棣師。建文元年（公元1399年），僧道衍積極策動燕王朱棣發動“靖難之師”。朱棣即帝位，論功行賞，道衍居首。嵩山佛教在明代始終保持穩定興盛的原因，除此原因外，還有後來一些高僧能夠應天順民有直接關係。小山宗書、幻休常潤、無言正道和寒灰慧喜，還有月空、邊澄等參與戍邊平倭的少林武僧，他們都“以武參政，強兵護國”，從而得到明王朝的支持，明朝對少林寺住持的人選和任用也非常慎重。嘉靖三十二年（公元1498年），倭寇大舉進犯我國東南沿海一帶，朝廷征調少林寺僧兵參加平倭戰爭。時隔四年之後，嘉靖皇帝欽依釋儒兼備的小山宗書為少林寺曹洞正宗第二十四代方丈。他在少林寺大開法席，四方學徒蜂擁而至，聽其講經說法的擠滿了法堂，嗣其法不計其數。後來無言正道禪師住持少林，共住持少林三十一年，被稱為“僧中之傑”，不僅名動京闕，還成為北方禪宗的首領。正是因為這些名僧在嵩山地區講經說法，有明一代，佛教才在嵩山地區持續繁榮。
清朝時，少林寺在政治上失去了最高統治者的支持。康熙五年（公元1666年），少林寺第二十八代方丈彼岸寬禪師圓寂，繼任者也未得到清廷的任職文牒，少林曆史上傳承了數百年的“欽命住持”製度至終止。雍正十三年（公元1735年），清廷撥款重修了嵩山少林寺。
乾隆之後，少林寺的衰落更加明顯，往日統領天下禪宗的“天下第一名刹”的地位也不斷下降，唇亡齒寒，嵩山其他寺院也繁華不再。
道教文化
道教的形成和嵩山也有很大關係。為世界道教主流———全真派聖地，嵩山地區就有很多神仙活動。嵩山東部的浮戲山有個山洞，叫神仙洞，古代稱為“崆山洞”，相傳是神仙廣成子居住之處，軒轅黃帝曾來此向廣成子問道。東周靈王太子姬晉因不滿父親的政策，居別宮修道，後被浮丘公接引上嵩山，後在嵩山北麓緱山駕鶴升仙。秦代宮女毛女得道，往來於嵩華之間，常棲於嵩山。早期道教五鬥米道始祖張道陵在嵩山修煉“黃帝九鼎，太清丹經”，後來才入蜀創立五鬥米道，從一定意義上說，嵩山也是道教的發祥地。
二千年來，嵩山地區是道教傳播的重鎮。嵩山是道教的第六小洞天，嵩山的附屬山脈緱山是道教的第三十二福地，嵩山的北翼邙山是道教的第七十福地。曆史上大多著名道士都曾在嵩山修煉，浮丘公、王子晉、李八百、張道陵、成公興、寇謙之、王遠知、潘師正、司馬承禎、嵩山吳筠、劉道合、邱處機、王常月等，有的長期在嵩山修道，有的先在嵩山修道後成就了一番道業。北魏時，嵩山道士寇天師自稱太上老君親授他天師之位，要他“宣吾新科，清整道教”，於是他改革了五鬥米道，增加了一些新科儀，稱為“新天師道”。隋唐時，道教上清道茅山宗移居嵩山傳道，其第十代傳人潘師正還多次受到唐高宗和武則天的召見。
金朝時，王重陽的弟子邱處機來到嵩山傳道，當時道徒朝拜者絡繹不絕，邱處機開創了道教叢林製度，使全真道在嵩山地區占據了統治地位。清代嵩山道士王常月在全真教門日衰的情況下，重振教門雄風，成為全真教創教以來公開傳教的第一人，被後世道徒譽為全真道“中興之主”。
道教在嵩山的重要道場有中嶽廟、老君洞、崇唐觀、三官廟、峻極宮、九龍聖母廟等。
漢魏兩晉時期，嵩山道教有兩支，即張道陵創立的天師道和張角創立的太平道。傳說二張都是輔佐漢高祖劉邦開創漢業立有汗馬功勞張良的後世子孫。張道陵的天師道，源於嵩山，創於巴蜀，後又在嵩山得到傳播和發展。張角初信黃老，熹平年間創立太平道，徒眾達數十萬人，後來發動了黃巾起義。
嵩山地區的潁川是黃巾起義的發源地之一，黃巾起義失敗後，嵩山道教徒涉嫌慘遭迫害，劉根被殺害，左慈被追殺得脫後逃往東吳，在天柱山省悟道妙，傳道於葛玄，葛玄傳道於鄭隱，鄭隱又傳道於葛洪。西晉時，著名道士鮑靚曾官至南海太守，晉惠帝永康中在嵩山石室中修道，後在石壁在發現天文大字，此文後為《太上洞神經》所本。北魏太平真君年間（公元440—450年），嵩山道士寇謙之在崇信道教的魏太武帝和宰相崔浩的共同支持下，自稱奉太上老君的意旨，“清整道教，除去三張（張陵、張衡、張魯）為法”，製訂樂章誦誡新法，“專以禮度為首”，佐國扶命，代張陵為天師，被稱為北天師道。這些改革使官方道教從形式到內容都逐步得以健全和充實。
隋唐之時，嵩山成為道教的中心。茅山派第十代宗師王遠知對其弟子潘師正說：“嵩山乃汝修真之地，當亟還也。”於是潘師正就在嵩山逍遙穀隱居傳道。潘師正清靜寡欲，隱居嵩山逍遙穀修道二十餘年。上元三年（676年），唐高宗幸東都，禮嵩嶽，召見了潘師正。調露二年（680年）高宗又幸逍遙穀潘師正居所，敕於此建隆唐觀。永淳元年（682年），潘師正羽化於嵩山隆唐觀，時年九十八歲，“高宗及天後追思不已，贈太中大夫，諡體元先生。”唐聖曆二年（696年），由司功王適撰寫，司馬承禎書丹和《唐默仙中嶽體元先生太中大夫潘尊師碣》刻立在嵩嶽逍遙穀隆唐觀中，此碣文石刻至今尚存。潘師正有弟子18人，司馬承禎和吳筠皆開元名道。與潘師正同時隱居嵩嶽的還有著名道士劉道合。唐高宗聞其名，敕令於其隱所置太乙觀以居之，並召入宮中，以禮尊之。
華夏第一塔——北魏嵩嶽寺塔
宋代時，嵩山道教持續發展，雖比唐代較為遜色，但也是曆史上的興盛時期。
宋太祖乾德元年（公元963年），趙匡胤為中嶽神製作衣、冠、劍、履，中嶽神著衣戴冠的風俗一直相沿至今。開寶六年（公元973年），宋太祖敕修中嶽廟，還下詔讓縣令兼任廟丞，政教合一，一定程度上加快了嵩山道教的發展。太平興國八年（公元983年），宋太宗趙光義贈五嶽奉號，名中嶽之神為“中天崇聖帝”，帝後號“正明”，並命翰林、禮官詳定儀注及冕服製度，並按時派遣官員致祭。經過唐宋兩代的大加修整，中嶽神規模宏大，曾有“飛甍映日，傑閣聯雲”之稱。
中嶽廟和供奉真宗禦容像的崇福宮遂成為宋代嵩山地區道教的兩大重鎮。
南宋與金對峙時期，道教內部宗派紛起，金大定七年（公元1167年），王重陽創立了以道教為主、兼融儒釋的全真道。金末元初，全真道傳入嵩山地區。王重陽的弟子、嵩陽世族丘處機曾在嵩山地區傳教，崇福宮有通碑刻記錄了他在嵩山傳教的史實。元代時，丘長春的弟子尹誌平和李誌常，順應時勢，派遣著名道士喬誌嵩到中嶽嵩山，以應蒙古利用宗教教化中原漢民之意。喬誌嵩來到嵩山，入居邱祖曾修道過的崇福宮，他一邊修道傳教，一邊重建崇福宮。於是全真道風大盛，有徒眾數百，嵩山大崇福宮恢複成了名副其實的道教叢林。
明洪武年間（1368—1398），國家加強了對宗教的管理，設道會司於崇福宮，管理嵩山道教事務。成化八年（1437年），道會司改設在中嶽廟，這時僅嵩山南麓就有道徒近千人。清代統治者重視佛教，對道教采取了抑製政策。嵩山道教也因隨著時代的發展受到了極大冷落。
儒學是以孔子為宗師，以四書五經為經典，以仁義禮智信為基本思想的學術體係。春秋戰國時，嵩山地區盛行的主要是法家文化。登封人管仲，是法家學說的先聲人物。管仲的思想也為儒家所稱道。他和鮑叔牙的交誼被稱為“管鮑之交”，被後世儒家當作“義”的典範。
實際上，嵩山地區早就醞釀發酵了儒學思想。在儒學產生之前，堯、舜、禹、湯、周公等先賢在嵩山地區有大量敬天保民的活動，而這些人物正是儒學推崇的“道統”聖人。春秋初期，鄭國潁穀封人、潁考叔被稱為“純孝伯”，一直被後世儒家所推崇，登封境內還有很多考叔廟、考叔祠。
儒學在嵩山地區取得真正的正統地位是在宋代，宋代極力想恢複儒學的權威地位，以儒家的倫理綱常為核心內容，為封建統治服務。宋明理學自稱是孔孟後學，但在其哲學體係的建構過程中，不僅有儒學的正統思想，而且也有佛道思想的痕跡；韓愈的道統說、李翱的複性說是理學的重要思想來源。